134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1306 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 175 aa  359  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0873  nuclease (SNase-like)  51.03 
 
 		 178 aa  148  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  46.71 
 
 		 168 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  38.67 
 
 		 205 aa  88.6  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  38 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  31.68 
 
 		 174 aa  84.7  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  39.13 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  34.64 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  35.53 
 
 		 162 aa  78.2  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  38.36 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  32.74 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  33.33 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  31.61 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  27.44 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  33.12 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  28.05 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  27.44 
 
 		 175 aa  74.7  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  34.3 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  31.84 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  34.4 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  35.14 
 
 		 175 aa  70.9  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  34.53 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  26.17 
 
 		 153 aa  70.9  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  35 
 
 		 171 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  37.09 
 
 		 169 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  32.3 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2029  nuclease (SNase-like)  41.35 
 
 		 161 aa  69.3  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  32.67 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  37.74 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  35.67 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  32.26 
 
 		 157 aa  65.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  28.14 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  36.62 
 
 		 158 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  29.3 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  38.13 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  35.67 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  37.89 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  29.01 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  33.33 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  35.88 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  32.03 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  30.95 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  31.71 
 
 		 227 aa  62  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  34.38 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  29.41 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  34.29 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  31.54 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  33.33 
 
 		 153 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  33.33 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  37.31 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  30.57 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  37.7 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3683  nuclease  34.56 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  31.68 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  35.46 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51840  nuclease  29.8 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4558  nuclease (SNase domain protein)  35.71 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  31.01 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1456  nuclease (SNase domain protein)  26.32 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  31.58 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1190  nuclease  27.83 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0870678  normal  0.0174729 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2219  nuclease (SNase domain protein)  40.22 
 
 		 205 aa  54.3  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  30.25 
 
 		 241 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4945  nuclease  36.59 
 
 		 170 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.377656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  35.92 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  28.97 
 
 		 358 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  34.78 
 
 		 189 aa  52.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  31.9 
 
 		 171 aa  53.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0658  nuclease (SNase domain protein)  29.87 
 
 		 171 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  34.78 
 
 		 189 aa  52.8  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  38.24 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2235  nuclease (SNase domain protein)  28.99 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.197015 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  32.77 
 
 		 242 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2800  nuclease  30.81 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0144279 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0143  putative nuclease  29.68 
 
 		 193 aa  52  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  unclonable  0.000000000478675  hitchhiker  0.000499621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  32.33 
 
 		 161 aa  52  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1985  nuclease (SNase domain protein)  27.22 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.242918  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  33.56 
 
 		 242 aa  51.6  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  29.65 
 
 		 168 aa  51.6  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5158  hypothetical protein  33.03 
 
 		 147 aa  51.2  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.275699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41180  nuclease  30.66 
 
 		 138 aa  51.2  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.804446  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2776  nuclease (SNase-like)  32.45 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  32.21 
 
 		 171 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0448  nuclease  26.9 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0938967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  32.37 
 
 		 177 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  30 
 
 		 221 aa  50.1  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  32.37 
 
 		 177 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0516  nuclease  26.8 
 
 		 189 aa  49.3  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439646  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2354  nuclease (SNase-like)  36.73 
 
 		 164 aa  48.9  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.527166  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0389  nuclease  27.97 
 
 		 183 aa  48.9  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  30.25 
 
 		 167 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  30.28 
 
 		 172 aa  48.5  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0156  nuclease (SNase-like)  30.93 
 
 		 228 aa  48.1  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0216151  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  30.77 
 
 		 221 aa  48.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  34.33 
 
 		 226 aa  47.8  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  33.58 
 
 		 214 aa  47.8  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  31.91 
 
 		 157 aa  47.8  0.00009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  28.85 
 
 		 226 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  26.92 
 
 		 161 aa  47.4  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>