More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1815 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  79.73 
 
 		 532 aa  890    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  65.28 
 
 		 538 aa  685    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 532 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  54.25 
 
 		 528 aa  571  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  53.61 
 
 		 526 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  52.39 
 
 		 527 aa  558  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  51.87 
 
 		 526 aa  538  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  46.73 
 
 		 523 aa  476  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  46.73 
 
 		 523 aa  475  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  44.87 
 
 		 528 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  45.06 
 
 		 528 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  44.44 
 
 		 526 aa  438  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  44.25 
 
 		 526 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  44.36 
 
 		 528 aa  431  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  42.44 
 
 		 544 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  42.91 
 
 		 531 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  41.96 
 
 		 528 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  43.29 
 
 		 526 aa  394  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  43.24 
 
 		 527 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  43.38 
 
 		 527 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 		 527 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 524 aa  371  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 		 531 aa  372  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 		 520 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  37.67 
 
 		 517 aa  363  5.0000000000000005e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 526 aa  363  6e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  41.3 
 
 		 528 aa  362  7.0000000000000005e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 530 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  38.97 
 
 		 529 aa  358  9.999999999999999e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  40.77 
 
 		 460 aa  355  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  41.08 
 
 		 556 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  38.78 
 
 		 595 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  36.56 
 
 		 514 aa  309  6.999999999999999e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  36.27 
 
 		 516 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 520 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  35.89 
 
 		 520 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 		 526 aa  302  8.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 		 528 aa  284  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  34.9 
 
 		 542 aa  281  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  34.91 
 
 		 517 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  34.52 
 
 		 519 aa  276  6e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  34.58 
 
 		 518 aa  273  7e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 520 aa  270  5.9999999999999995e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  35.3 
 
 		 531 aa  269  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 535 aa  269  8e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 514 aa  269  8e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 		 525 aa  268  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  33.97 
 
 		 509 aa  266  8.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  35.78 
 
 		 532 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  35.78 
 
 		 532 aa  257  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 535 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  32.51 
 
 		 533 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  33.83 
 
 		 528 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 544 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  32.51 
 
 		 533 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  31.87 
 
 		 514 aa  251  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.51 
 
 		 530 aa  249  7e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  30.42 
 
 		 537 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.74 
 
 		 516 aa  232  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.74 
 
 		 516 aa  230  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  29.83 
 
 		 512 aa  229  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  31.13 
 
 		 526 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  31.14 
 
 		 522 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.38 
 
 		 521 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 		 521 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  32.03 
 
 		 525 aa  212  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 		 505 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  31.45 
 
 		 515 aa  208  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 549 aa  202  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 		 497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  30.51 
 
 		 524 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  29.42 
 
 		 534 aa  189  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.81 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.81 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.81 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.23 
 
 		 521 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  30.91 
 
 		 531 aa  179  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 		 534 aa  177  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 		 499 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 		 532 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.66 
 
 		 535 aa  170  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.77 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 509 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  26.19 
 
 		 527 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 495 aa  161  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.84 
 
 		 504 aa  161  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  29.18 
 
 		 532 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  29.77 
 
 		 535 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.77 
 
 		 535 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  29.77 
 
 		 535 aa  159  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.66 
 
 		 524 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0252  extracellular solute-binding protein family 5  27.36 
 
 		 546 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.93 
 
 		 532 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>