More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4506 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  70.51 
 
 		 1265 aa  1697    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 1265 aa  2487    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  44.73 
 
 		 1264 aa  879    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  43.46 
 
 		 1253 aa  878    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  43.28 
 
 		 1245 aa  675    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  33.92 
 
 		 500 aa  233  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  28.71 
 
 		 748 aa  209  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  36.92 
 
 		 531 aa  206  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  33.48 
 
 		 672 aa  200  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.16 
 
 		 472 aa  200  1.0000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  33.48 
 
 		 672 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  33.48 
 
 		 672 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  33.48 
 
 		 672 aa  199  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  33.48 
 
 		 672 aa  199  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  35.08 
 
 		 499 aa  196  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  34.08 
 
 		 671 aa  196  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.61 
 
 		 513 aa  196  3e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  33.11 
 
 		 672 aa  195  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  33.41 
 
 		 673 aa  192  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  31.7 
 
 		 674 aa  189  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  33.7 
 
 		 679 aa  189  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  33.51 
 
 		 497 aa  189  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1398  NADH dehydrogenase (quinone)  33.25 
 
 		 498 aa  188  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1741  NADH dehydrogenase subunit M  31.53 
 
 		 604 aa  186  2.0000000000000003e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.56797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  33.82 
 
 		 609 aa  187  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.63 
 
 		 698 aa  186  3e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0890  NADH dehydrogenase subunit M  31.49 
 
 		 613 aa  186  3e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.514114  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2966  NADH dehydrogenase (quinone)  35.97 
 
 		 501 aa  184  7e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.278298 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  28.75 
 
 		 480 aa  184  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.44 
 
 		 499 aa  184  7e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  28.67 
 
 		 480 aa  184  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0812  NADH dehydrogenase (quinone)  33.86 
 
 		 503 aa  184  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.114491  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  31.96 
 
 		 687 aa  183  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.51 
 
 		 605 aa  182  2.9999999999999997e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  35.96 
 
 		 655 aa  181  5.999999999999999e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  35.67 
 
 		 655 aa  181  5.999999999999999e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  32.09 
 
 		 673 aa  181  7e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.48 
 
 		 672 aa  181  8e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  31.89 
 
 		 683 aa  181  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.1 
 
 		 492 aa  180  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.58 
 
 		 656 aa  181  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01550  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  34.16 
 
 		 505 aa  178  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.68 
 
 		 501 aa  177  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1287  F420H2 dehydrogenase subunit N  31.44 
 
 		 480 aa  177  9.999999999999999e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000180971  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.33 
 
 		 492 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1606  NADH dehydrogenase subunit M  30.5 
 
 		 626 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 669 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.87 
 
 		 790 aa  176  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.92 
 
 		 492 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  29.71 
 
 		 488 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3401  F420H2 dehydrogenase subunit N  30.02 
 
 		 481 aa  175  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.280357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  31.94 
 
 		 737 aa  175  5e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.68 
 
 		 566 aa  174  7.999999999999999e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.93 
 
 		 523 aa  174  1e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0744  NADH dehydrogenase (quinone)  34.31 
 
 		 504 aa  173  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 		 662 aa  173  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  28.6 
 
 		 662 aa  173  2e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  29.68 
 
 		 644 aa  172  3e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  32.75 
 
 		 506 aa  172  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  32.55 
 
 		 620 aa  171  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  33.16 
 
 		 666 aa  171  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  30.48 
 
 		 644 aa  170  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.2 
 
 		 624 aa  170  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  35.4 
 
 		 672 aa  170  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  34.48 
 
 		 672 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  32.72 
 
 		 681 aa  169  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1601  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.1 
 
 		 499 aa  169  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  33 
 
 		 667 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  30.07 
 
 		 617 aa  169  4e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  29.44 
 
 		 476 aa  169  4e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0790  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 		 500 aa  168  8e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3729  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.99 
 
 		 943 aa  168  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4834  NADH dehydrogenase (quinone)  30.91 
 
 		 585 aa  167  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.69 
 
 		 522 aa  167  9e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.5 
 
 		 661 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1000  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.52 
 
 		 507 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.827251 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  33.42 
 
 		 792 aa  166  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.47 
 
 		 525 aa  166  3e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5468  NADH dehydrogenase subunit L  33.07 
 
 		 620 aa  166  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4974  NADH dehydrogenase subunit L  32.81 
 
 		 620 aa  166  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  31.25 
 
 		 669 aa  166  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3531  NADH dehydrogenase (quinone)  33.66 
 
 		 610 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  31.65 
 
 		 501 aa  165  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0284  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  32.12 
 
 		 517 aa  165  6e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000106102 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5417  NADH dehydrogenase subunit L  32.81 
 
 		 620 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4992  NADH dehydrogenase subunit L  32.55 
 
 		 620 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  31.62 
 
 		 497 aa  164  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  32.55 
 
 		 620 aa  164  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5534  NADH dehydrogenase subunit L  32.55 
 
 		 604 aa  164  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  32.27 
 
 		 505 aa  164  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.08 
 
 		 969 aa  164  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5090  NADH dehydrogenase subunit L  32.81 
 
 		 620 aa  164  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3293  NADH dehydrogenase subunit L  33.68 
 
 		 617 aa  164  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5383  NADH dehydrogenase subunit L  32.55 
 
 		 620 aa  164  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.0362e-16 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0751  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.74 
 
 		 542 aa  163  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.39135 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  28.69 
 
 		 484 aa  162  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  32.81 
 
 		 620 aa  162  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2662  NADH dehydrogenase (quinone)  30.17 
 
 		 503 aa  162  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.72 
 
 		 622 aa  161  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3950  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.83 
 
 		 956 aa  161  8e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0588976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>