More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3953 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  84.96 
 
 
492 aa  830    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
492 aa  976    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  87.4 
 
 
492 aa  876    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.62 
 
 
501 aa  523  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.61 
 
 
502 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.07 
 
 
507 aa  432  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2286  NADH dehydrogenase (quinone)  47.33 
 
 
437 aa  375  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.41 
 
 
488 aa  358  9.999999999999999e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0179  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.22 
 
 
491 aa  356  5e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.490475  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0121  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.3 
 
 
491 aa  350  3e-95  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  42.92 
 
 
501 aa  333  4e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.75 
 
 
496 aa  317  3e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2863  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.61 
 
 
498 aa  307  3e-82  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.845476  normal  0.745609 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.02 
 
 
499 aa  282  1e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5153  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.92 
 
 
548 aa  268  2e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.939463  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3447  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.78 
 
 
541 aa  258  2e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.209361  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
500 aa  250  4e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.3 
 
 
522 aa  248  2e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 
486 aa  246  8e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1281  NADH dehydrogenase (quinone)  34.24 
 
 
493 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0844  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.38 
 
 
548 aa  237  4e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.639175  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.15 
 
 
525 aa  230  3e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.48 
 
 
472 aa  226  7e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0706  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  34.17 
 
 
458 aa  221  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.409683  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.62 
 
 
523 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1037  NADH dehydrogenase (quinone)  35.41 
 
 
497 aa  209  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0301781 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0648  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.45 
 
 
498 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.53 
 
 
513 aa  204  3e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0663  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.45 
 
 
498 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000080828  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0968  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.32 
 
 
498 aa  203  6e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0949  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.32 
 
 
498 aa  203  6e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0535  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.7 
 
 
498 aa  198  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.92 
 
 
562 aa  198  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  31.45 
 
 
500 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  30.23 
 
 
511 aa  196  9e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.29 
 
 
539 aa  195  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2712  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.83 
 
 
574 aa  193  5e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  29.42 
 
 
498 aa  193  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  31.15 
 
 
501 aa  193  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  33.51 
 
 
473 aa  192  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  32.45 
 
 
506 aa  192  9e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  29.35 
 
 
501 aa  192  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.29 
 
 
545 aa  190  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3401  F420H2 dehydrogenase subunit N  32.01 
 
 
481 aa  189  8e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.280357  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.08 
 
 
538 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2663  NADH dehydrogenase (quinone)  33 
 
 
479 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.27 
 
 
605 aa  187  3e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.94 
 
 
538 aa  187  5e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2741  NADH dehydrogenase (quinone)  31.29 
 
 
482 aa  186  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405496  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  30.85 
 
 
505 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3530  NADH dehydrogenase (quinone)  33.94 
 
 
470 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0890  NADH dehydrogenase subunit M  29.37 
 
 
613 aa  184  4.0000000000000006e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.514114  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.63 
 
 
500 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3229  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.57 
 
 
488 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.121013 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  31.62 
 
 
540 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  29.84 
 
 
505 aa  183  7e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  35.11 
 
 
497 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  28.95 
 
 
498 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  28.89 
 
 
504 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  33.42 
 
 
490 aa  182  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  29.76 
 
 
476 aa  181  2.9999999999999997e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  35.88 
 
 
496 aa  181  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  32.35 
 
 
1265 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.61 
 
 
499 aa  179  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.18 
 
 
523 aa  179  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1205  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.11 
 
 
471 aa  179  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.425489  normal  0.0100074 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3285  NADH dehydrogenase (quinone)  34.83 
 
 
496 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0676667  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.75 
 
 
495 aa  177  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  28.23 
 
 
504 aa  177  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.87 
 
 
535 aa  176  8e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.355386 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  34.76 
 
 
1264 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.1 
 
 
565 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  30.15 
 
 
483 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175572  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  28.51 
 
 
500 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.76 
 
 
535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.32 
 
 
505 aa  174  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.34 
 
 
535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.34 
 
 
535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  30.24 
 
 
525 aa  173  5e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  32.5 
 
 
497 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.85 
 
 
552 aa  173  7.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3534  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.77 
 
 
532 aa  173  7.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.336988 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0348  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.27 
 
 
547 aa  172  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0328119  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.19 
 
 
566 aa  172  2e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.16 
 
 
538 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  30 
 
 
499 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2341  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.9 
 
 
504 aa  171  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.67 
 
 
543 aa  171  3e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.52 
 
 
501 aa  171  4e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  29.61 
 
 
500 aa  170  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  31.19 
 
 
1265 aa  170  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  33.94 
 
 
1245 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1606  NADH dehydrogenase subunit M  30.83 
 
 
626 aa  169  8e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  28.86 
 
 
502 aa  169  1e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  33.62 
 
 
488 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  29.41 
 
 
511 aa  168  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00934682  normal  0.437554 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0403  sodium/proton antiporter protein  30.43 
 
 
499 aa  169  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0790  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.61 
 
 
500 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1287  F420H2 dehydrogenase subunit N  31.44 
 
 
480 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000180971  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.73 
 
 
503 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>