More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1420 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  41.47 
 
 		 1245 aa  732    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  43 
 
 		 1253 aa  894    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 1265 aa  2476    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  70.51 
 
 		 1265 aa  1696    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  44.1 
 
 		 1264 aa  883    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  35.5 
 
 		 500 aa  242  4e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  33.04 
 
 		 748 aa  218  8e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  34.16 
 
 		 480 aa  207  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.72 
 
 		 472 aa  202  3e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  34.28 
 
 		 480 aa  201  6e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2210  NADH dehydrogenase (quinone)  27.85 
 
 		 1047 aa  201  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.129844 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  37.37 
 
 		 531 aa  197  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  33.56 
 
 		 609 aa  197  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  33.41 
 
 		 674 aa  196  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  34.92 
 
 		 671 aa  192  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.95 
 
 		 605 aa  190  2e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1741  NADH dehydrogenase subunit M  31.48 
 
 		 604 aa  190  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.56797  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 		 672 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1606  NADH dehydrogenase subunit M  30.38 
 
 		 626 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  34.57 
 
 		 672 aa  186  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  34.29 
 
 		 672 aa  185  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  34.29 
 
 		 672 aa  185  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  34.29 
 
 		 672 aa  185  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.25 
 
 		 522 aa  185  6e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.07 
 
 		 513 aa  184  9.000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  34.29 
 
 		 672 aa  184  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  31.73 
 
 		 672 aa  183  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.91 
 
 		 499 aa  183  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0890  NADH dehydrogenase subunit M  29.7 
 
 		 613 aa  184  1e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.514114  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.25 
 
 		 523 aa  181  4.999999999999999e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1601  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.91 
 
 		 499 aa  181  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  31.55 
 
 		 497 aa  180  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0790  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.78 
 
 		 500 aa  180  2e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0812  NADH dehydrogenase (quinone)  33.59 
 
 		 503 aa  180  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.114491  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1287  F420H2 dehydrogenase subunit N  32.37 
 
 		 480 aa  178  6e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000180971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  30.96 
 
 		 488 aa  178  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3401  F420H2 dehydrogenase subunit N  32.03 
 
 		 481 aa  177  8e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.280357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  30.39 
 
 		 499 aa  177  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.44 
 
 		 525 aa  176  2.9999999999999996e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.66 
 
 		 492 aa  176  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3628  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.63 
 
 		 487 aa  175  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01550  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  34.16 
 
 		 505 aa  175  5e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3729  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.16 
 
 		 943 aa  175  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  32.31 
 
 		 506 aa  175  5.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  31.3 
 
 		 662 aa  174  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.69 
 
 		 501 aa  174  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2966  NADH dehydrogenase (quinone)  34.67 
 
 		 501 aa  173  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.278298 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  35.07 
 
 		 673 aa  173  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1634  NADH dehydrogenase (quinone)  31.64 
 
 		 490 aa  172  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181583  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  30.83 
 
 		 486 aa  172  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0751  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.93 
 
 		 542 aa  172  5e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.39135 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  32.7 
 
 		 505 aa  171  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  33.18 
 
 		 679 aa  171  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  33.72 
 
 		 526 aa  171  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  33.72 
 
 		 526 aa  171  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  30.45 
 
 		 476 aa  171  8e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 		 526 aa  171  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 		 526 aa  171  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.85 
 
 		 698 aa  170  1e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.66 
 
 		 656 aa  171  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  33.72 
 
 		 526 aa  171  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  30.31 
 
 		 484 aa  170  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1217  NADH dehydrogenase subunit M  29.59 
 
 		 614 aa  169  2e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  35.63 
 
 		 687 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  31.01 
 
 		 683 aa  170  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1398  NADH dehydrogenase (quinone)  31.02 
 
 		 498 aa  170  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  33.72 
 
 		 526 aa  169  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  33.72 
 
 		 521 aa  169  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  31.4 
 
 		 486 aa  169  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  33.08 
 
 		 501 aa  169  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  32.04 
 
 		 672 aa  169  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  34.65 
 
 		 655 aa  169  4e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  35.8 
 
 		 667 aa  169  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1000  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.23 
 
 		 507 aa  167  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.827251 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.76 
 
 		 790 aa  167  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  33.91 
 
 		 673 aa  167  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  30.59 
 
 		 470 aa  167  1.0000000000000001e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  30.26 
 
 		 486 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  30.16 
 
 		 644 aa  167  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  31.81 
 
 		 681 aa  166  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2662  NADH dehydrogenase (quinone)  32.23 
 
 		 503 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.55 
 
 		 492 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.77 
 
 		 566 aa  166  2.0000000000000002e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  30.9 
 
 		 486 aa  166  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  30.9 
 
 		 486 aa  166  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  30.9 
 
 		 486 aa  166  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3531  NADH dehydrogenase (quinone)  33.51 
 
 		 610 aa  166  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  32.36 
 
 		 496 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  32.99 
 
 		 497 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  27.67 
 
 		 486 aa  166  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0744  NADH dehydrogenase (quinone)  31.41 
 
 		 504 aa  166  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  34.24 
 
 		 637 aa  165  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  30.05 
 
 		 484 aa  164  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  30.75 
 
 		 644 aa  164  9e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0030  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.08 
 
 		 973 aa  164  1e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.96 
 
 		 492 aa  164  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  32.41 
 
 		 662 aa  164  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  30.16 
 
 		 617 aa  163  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  32.09 
 
 		 463 aa  163  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0328  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  28.88 
 
 		 489 aa  163  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>