More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3954 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3285  NADH dehydrogenase (quinone)  86.72 
 
 
496 aa  864    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0676667  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  87.32 
 
 
496 aa  855    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
497 aa  985    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2966  NADH dehydrogenase (quinone)  55.51 
 
 
501 aa  528  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.278298 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  52.6 
 
 
488 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0891  NADH dehydrogenase (quinone)  50.54 
 
 
493 aa  445  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.158004  normal  0.070736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1634  NADH dehydrogenase (quinone)  48.05 
 
 
490 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181583  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0751  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.67 
 
 
542 aa  394  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.39135 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0790  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  45.98 
 
 
500 aa  392  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3628  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.44 
 
 
487 aa  391  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0677  NADH dehydrogenase (quinone)  44.4 
 
 
496 aa  371  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0328  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  43.1 
 
 
489 aa  369  1e-101  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1601  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.79 
 
 
499 aa  368  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.31 
 
 
698 aa  354  2e-96  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46 
 
 
566 aa  328  2.0000000000000001e-88  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  44.93 
 
 
554 aa  327  4.0000000000000003e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5152  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.72 
 
 
651 aa  316  6e-85  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3446  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.49 
 
 
669 aa  311  2e-83  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1398  NADH dehydrogenase (quinone)  42.73 
 
 
498 aa  306  6e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.34 
 
 
498 aa  305  9.000000000000001e-82  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  44.78 
 
 
497 aa  302  9e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2662  NADH dehydrogenase (quinone)  43.6 
 
 
503 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1000  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  43.22 
 
 
507 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.827251 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  43.6 
 
 
499 aa  295  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01550  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  41.93 
 
 
505 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  37.4 
 
 
500 aa  285  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0744  NADH dehydrogenase (quinone)  40.88 
 
 
504 aa  272  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0563  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  39.31 
 
 
475 aa  270  7e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0812  NADH dehydrogenase (quinone)  39.54 
 
 
503 aa  263  6e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.114491  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
501 aa  190  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.9 
 
 
501 aa  187  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  31.15 
 
 
499 aa  186  9e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  31.21 
 
 
480 aa  180  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  33.25 
 
 
470 aa  178  2e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.05 
 
 
492 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  33.02 
 
 
748 aa  175  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  32.56 
 
 
505 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.11 
 
 
492 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.33 
 
 
642 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1606  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.07 
 
 
610 aa  172  9e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.483904  normal  0.915409 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.25 
 
 
656 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  29.04 
 
 
480 aa  171  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  31.03 
 
 
620 aa  167  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  29.62 
 
 
476 aa  166  9e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.2 
 
 
492 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  32.99 
 
 
1265 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  31.62 
 
 
1265 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  32.49 
 
 
654 aa  163  7e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.75 
 
 
654 aa  163  7e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  29.97 
 
 
506 aa  163  8.000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5468  NADH dehydrogenase subunit L  30.07 
 
 
620 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3774  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.6 
 
 
477 aa  161  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0888165  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5417  NADH dehydrogenase subunit L  29.63 
 
 
620 aa  160  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_802  NADH:quinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)  32.49 
 
 
654 aa  160  5e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4974  NADH dehydrogenase subunit L  29.72 
 
 
620 aa  159  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4992  NADH dehydrogenase subunit L  29.72 
 
 
620 aa  159  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5090  NADH dehydrogenase subunit L  30.57 
 
 
620 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.3 
 
 
624 aa  159  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  29.82 
 
 
620 aa  159  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  29.72 
 
 
620 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  31.2 
 
 
1264 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  30.33 
 
 
1253 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  31.33 
 
 
531 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5383  NADH dehydrogenase subunit L  29.5 
 
 
620 aa  158  3e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.0362e-16 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3805  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.49 
 
 
969 aa  157  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.761799 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3715  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.48 
 
 
952 aa  157  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.593151  normal  0.752355 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0877  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.57 
 
 
648 aa  157  6e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000848716  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5534  NADH dehydrogenase subunit L  31.09 
 
 
604 aa  156  7e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1959  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.54 
 
 
653 aa  156  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0502995 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  31.07 
 
 
486 aa  156  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  29.59 
 
 
620 aa  155  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2090  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.88 
 
 
770 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1289  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.79 
 
 
959 aa  154  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  29.78 
 
 
1245 aa  154  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3743  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.48 
 
 
651 aa  152  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.12 
 
 
687 aa  151  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2400  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.59 
 
 
669 aa  151  3e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1538  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.33 
 
 
953 aa  151  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0170317 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2035  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.55 
 
 
772 aa  150  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0475  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.83 
 
 
622 aa  150  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.230809 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1925  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.94 
 
 
691 aa  150  7e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0506649  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0762  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.54 
 
 
612 aa  150  7e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136316  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.54 
 
 
633 aa  149  8e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000430257  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0293  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  33.9 
 
 
669 aa  149  8e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0639  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.05 
 
 
639 aa  149  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.05 
 
 
639 aa  149  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.05 
 
 
639 aa  149  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0938  NADH dehydrogenase subunit L  30.75 
 
 
692 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  30.27 
 
 
473 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3950  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.69 
 
 
956 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0588976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.24 
 
 
502 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.21 
 
 
758 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0712  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.4 
 
 
680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.049091  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1185  NADH dehydrogenase (quinone)  27.44 
 
 
479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2631  hydrogenase 4 subunit D  27.23 
 
 
479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.960654  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0832  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.3 
 
 
686 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26701  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.26 
 
 
670 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1153  NADH dehydrogenase I chain L  29.62 
 
 
669 aa  148  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  31.05 
 
 
768 aa  147  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2220  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.18 
 
 
627 aa  148  3e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>