More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2288 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
488 aa  958    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2966  NADH dehydrogenase (quinone)  52.47 
 
 
501 aa  492  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.278298 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1634  NADH dehydrogenase (quinone)  55.41 
 
 
490 aa  478  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181583  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3285  NADH dehydrogenase (quinone)  52.73 
 
 
496 aa  476  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0676667  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  52.74 
 
 
497 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  52.31 
 
 
496 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0891  NADH dehydrogenase (quinone)  51.88 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.158004  normal  0.070736 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0790  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  50.23 
 
 
500 aa  427  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3628  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.82 
 
 
487 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0677  NADH dehydrogenase (quinone)  46.12 
 
 
496 aa  388  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0328  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  48.67 
 
 
489 aa  374  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1601  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.59 
 
 
499 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0751  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.84 
 
 
542 aa  371  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.39135 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.45 
 
 
698 aa  346  6e-94  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1398  NADH dehydrogenase (quinone)  47.44 
 
 
498 aa  341  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  46.78 
 
 
554 aa  341  2e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  47.27 
 
 
499 aa  337  3.9999999999999995e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  47.34 
 
 
497 aa  336  5e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.04 
 
 
498 aa  335  2e-90  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2662  NADH dehydrogenase (quinone)  46.11 
 
 
503 aa  325  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5152  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  45.16 
 
 
651 aa  318  1e-85  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0563  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  46.63 
 
 
475 aa  317  4e-85  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1000  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  43.81 
 
 
507 aa  317  4e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.827251 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3446  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.23 
 
 
669 aa  308  2.0000000000000002e-82  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181891  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.84 
 
 
566 aa  304  3.0000000000000004e-81  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0744  NADH dehydrogenase (quinone)  45.52 
 
 
504 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0812  NADH dehydrogenase (quinone)  44.33 
 
 
503 aa  291  2e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.114491  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01550  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  39.86 
 
 
505 aa  282  1e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  36.27 
 
 
500 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1606  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.92 
 
 
610 aa  193  5e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.483904  normal  0.915409 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  31.76 
 
 
499 aa  189  7e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  34.38 
 
 
501 aa  186  6e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  31.48 
 
 
748 aa  186  8e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  33.94 
 
 
505 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  28.18 
 
 
480 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.07 
 
 
501 aa  177  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  27.88 
 
 
480 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  32.79 
 
 
1265 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.41 
 
 
624 aa  175  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  31.54 
 
 
1265 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.22 
 
 
759 aa  173  5e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  35.71 
 
 
768 aa  171  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0475  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.17 
 
 
622 aa  171  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.230809 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.53 
 
 
770 aa  169  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.29 
 
 
758 aa  168  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.71 
 
 
492 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2400  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.2 
 
 
669 aa  168  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5468  NADH dehydrogenase subunit L  33.25 
 
 
620 aa  167  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.4 
 
 
762 aa  167  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0850  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.05 
 
 
750 aa  167  5.9999999999999996e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.30148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5417  NADH dehydrogenase subunit L  32.73 
 
 
620 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  30.6 
 
 
620 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3774  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.44 
 
 
477 aa  165  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0888165  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.87 
 
 
654 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  33.42 
 
 
620 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4974  NADH dehydrogenase subunit L  32.73 
 
 
620 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4992  NADH dehydrogenase subunit L  32.73 
 
 
620 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.32 
 
 
656 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5090  NADH dehydrogenase subunit L  32.39 
 
 
620 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5534  NADH dehydrogenase subunit L  32.99 
 
 
604 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  32.99 
 
 
620 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0293  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.71 
 
 
669 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3405  NADH dehydrogenase subunit L  32.99 
 
 
617 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5383  NADH dehydrogenase subunit L  32.47 
 
 
620 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.0362e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  32.99 
 
 
620 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.82 
 
 
492 aa  162  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3715  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30 
 
 
952 aa  161  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.593151  normal  0.752355 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  31.36 
 
 
1245 aa  162  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26701  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.96 
 
 
670 aa  161  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.33 
 
 
725 aa  161  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.540916 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2096  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.52 
 
 
726 aa  160  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  32.8 
 
 
1264 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0877  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.26 
 
 
648 aa  160  5e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000848716  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01661  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.62 
 
 
670 aa  160  5e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  31.23 
 
 
654 aa  160  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  29.71 
 
 
1253 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0642  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  34.2 
 
 
770 aa  159  7e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.05 
 
 
642 aa  160  7e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4573  hydrogenase 4 subunit D  32.94 
 
 
479 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3293  NADH dehydrogenase subunit L  30.77 
 
 
617 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_802  NADH:quinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)  31.47 
 
 
654 aa  159  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1112  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.7 
 
 
911 aa  159  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.726371  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0483  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.16 
 
 
798 aa  158  2e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.514379 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01681  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.37 
 
 
673 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.7 
 
 
769 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  31.89 
 
 
470 aa  158  2e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2220  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.78 
 
 
627 aa  158  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.62 
 
 
492 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3695  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.44 
 
 
782 aa  158  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0151  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.37 
 
 
673 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3531  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.99 
 
 
971 aa  157  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5217  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  30.46 
 
 
693 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01641  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  31.16 
 
 
667 aa  157  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.124159  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2090  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.48 
 
 
770 aa  157  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3743  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.82 
 
 
651 aa  157  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.42 
 
 
645 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  29.05 
 
 
636 aa  156  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.77 
 
 
733 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0459554 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  35.31 
 
 
792 aa  155  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0582  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.82 
 
 
966 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.041044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>