More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0314 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  100 
 
 
505 aa  989    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1185  NADH dehydrogenase (quinone)  44.39 
 
 
479 aa  309  8e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4573  hydrogenase 4 subunit D  43 
 
 
479 aa  309  8e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1192  hydrogenase 4 subunit D  44.39 
 
 
450 aa  309  9e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2631  hydrogenase 4 subunit D  44.15 
 
 
479 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.960654  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1283  hydrogenase 4 subunit D  44.01 
 
 
479 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0280034  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02376  hydrogenase 4 membrane subunit  44.69 
 
 
449 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3706  hydrogenase 4 subunit D  44.15 
 
 
479 aa  306  7e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.897531  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2710  hydrogenase 4 subunit D  42.37 
 
 
479 aa  299  8e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00960  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  41.38 
 
 
484 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2187  hydrogenase 4 subunit D  41.67 
 
 
480 aa  276  5e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0180  hydrogenase 4 subunit D  39.36 
 
 
457 aa  268  2e-70  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.210029  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26701  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  37.75 
 
 
670 aa  216  7e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.72 
 
 
656 aa  215  9.999999999999999e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0582  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  37.15 
 
 
966 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.041044 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3695  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.58 
 
 
782 aa  213  5.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0132  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.7 
 
 
788 aa  213  7e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  37.05 
 
 
620 aa  213  7e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0538  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.33 
 
 
801 aa  212  1e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1515  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  37.25 
 
 
668 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.78 
 
 
790 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.63 
 
 
630 aa  211  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01641  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.34 
 
 
667 aa  210  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.124159  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4992  NADH dehydrogenase subunit L  37.44 
 
 
620 aa  210  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02211  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.97 
 
 
668 aa  209  9e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.292389  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4974  NADH dehydrogenase subunit L  37.2 
 
 
620 aa  209  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5090  NADH dehydrogenase subunit L  37.2 
 
 
620 aa  209  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1535  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.13 
 
 
691 aa  209  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5383  NADH dehydrogenase subunit L  37.2 
 
 
620 aa  209  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.0362e-16 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0293  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.69 
 
 
669 aa  208  2e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5534  NADH dehydrogenase subunit L  37.15 
 
 
604 aa  208  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  37.15 
 
 
620 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.73 
 
 
624 aa  207  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  35.34 
 
 
480 aa  207  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5468  NADH dehydrogenase subunit L  37.35 
 
 
620 aa  207  5e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4024  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.83 
 
 
693 aa  207  5e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0660  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.17 
 
 
687 aa  207  5e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4062  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.83 
 
 
691 aa  207  5e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.697145  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  36.7 
 
 
695 aa  206  6e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.949191  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1112  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.24 
 
 
911 aa  206  6e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.726371  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2400  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.69 
 
 
669 aa  206  7e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5417  NADH dehydrogenase subunit L  36.97 
 
 
620 aa  206  9e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  35.82 
 
 
620 aa  206  9e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0074  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  37.12 
 
 
765 aa  205  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0870  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.58 
 
 
775 aa  203  6e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.867337 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1746  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.03 
 
 
696 aa  203  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.275907  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0281  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.89 
 
 
800 aa  202  8e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.305042  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  37.2 
 
 
620 aa  202  9e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.23 
 
 
642 aa  202  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.69 
 
 
654 aa  202  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5217  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  36.7 
 
 
693 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3405  NADH dehydrogenase subunit L  37.23 
 
 
617 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  37.53 
 
 
792 aa  201  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0645  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.08 
 
 
800 aa  201  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0660  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.08 
 
 
800 aa  201  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0122576  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01681  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.69 
 
 
673 aa  201  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.38 
 
 
781 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1289  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.91 
 
 
959 aa  200  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01661  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.41 
 
 
670 aa  200  6e-50  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1082  NADH dehydrogenase (quinone)  34.78 
 
 
624 aa  199  9e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.047689  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  34.57 
 
 
654 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_802  NADH:quinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)  34.57 
 
 
654 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1977  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  37.07 
 
 
665 aa  199  1.0000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  32.8 
 
 
480 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.52 
 
 
622 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.37 
 
 
634 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  34.69 
 
 
768 aa  197  3e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0151  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  35.41 
 
 
673 aa  197  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3743  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.87 
 
 
651 aa  197  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3247  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.14 
 
 
678 aa  197  4.0000000000000005e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0500  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.23 
 
 
972 aa  197  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438717  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1741  NADH dehydrogenase (quinone)  36.84 
 
 
624 aa  197  5.000000000000001e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.449294  normal  0.713661 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.47 
 
 
645 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.23 
 
 
969 aa  196  7e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  33.97 
 
 
636 aa  196  8.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3982  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.64 
 
 
932 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.728427 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.42 
 
 
758 aa  195  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03270  NADH dehydrogenase subunit L  34.99 
 
 
632 aa  196  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1433  NADH dehydrogenase (quinone)  40.42 
 
 
906 aa  195  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.548118  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  32.02 
 
 
688 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.94 
 
 
769 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0435  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.98 
 
 
970 aa  195  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.305696  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3531  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.98 
 
 
971 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.18 
 
 
631 aa  194  4e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2874  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.77 
 
 
799 aa  194  4e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000289402  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0891  NADH dehydrogenase (quinone)  36.25 
 
 
493 aa  194  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.158004  normal  0.070736 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0094  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  38.06 
 
 
765 aa  194  4e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.527296  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.6 
 
 
654 aa  193  7e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.259071  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1606  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.58 
 
 
610 aa  193  7e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.483904  normal  0.915409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.21 
 
 
642 aa  193  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  33.93 
 
 
470 aa  192  1e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5269  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.25 
 
 
967 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.88 
 
 
759 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3293  NADH dehydrogenase subunit L  37.38 
 
 
617 aa  192  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4733  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.46 
 
 
689 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0478983  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.06 
 
 
762 aa  192  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1130  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.01 
 
 
943 aa  192  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1601  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.06 
 
 
499 aa  191  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.17 
 
 
628 aa  190  5e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0350  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.3 
 
 
982 aa  189  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>