More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1398 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  84.91 
 
 
497 aa  821    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1398  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
498 aa  973    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  67.41 
 
 
499 aa  627  1e-178  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2662  NADH dehydrogenase (quinone)  63.45 
 
 
503 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1000  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  61.63 
 
 
507 aa  538  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.827251 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0744  NADH dehydrogenase (quinone)  59.88 
 
 
504 aa  521  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01550  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  54.47 
 
 
505 aa  476  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0812  NADH dehydrogenase (quinone)  57.11 
 
 
503 aa  465  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.114491  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  50.92 
 
 
554 aa  355  1e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0790  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  43.38 
 
 
500 aa  351  2e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  47.44 
 
 
488 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.48 
 
 
698 aa  332  1e-89  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3628  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.98 
 
 
487 aa  325  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.18 
 
 
566 aa  320  3e-86  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2966  NADH dehydrogenase (quinone)  44.44 
 
 
501 aa  313  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.278298 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  42.04 
 
 
496 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5152  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.28 
 
 
651 aa  309  6.999999999999999e-83  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3285  NADH dehydrogenase (quinone)  42.62 
 
 
496 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0676667  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1601  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.21 
 
 
499 aa  307  3e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  42.73 
 
 
497 aa  306  6e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3446  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.97 
 
 
669 aa  304  2.0000000000000002e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181891  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0751  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.18 
 
 
542 aa  302  8.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.39135 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0891  NADH dehydrogenase (quinone)  42.13 
 
 
493 aa  294  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.158004  normal  0.070736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1634  NADH dehydrogenase (quinone)  44.58 
 
 
490 aa  293  5e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181583  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  34.28 
 
 
500 aa  276  5e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0677  NADH dehydrogenase (quinone)  38.22 
 
 
496 aa  264  2e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0328  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  37.35 
 
 
489 aa  261  2e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.3 
 
 
498 aa  256  6e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0563  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  38.97 
 
 
475 aa  238  2e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.08 
 
 
499 aa  208  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  37.35 
 
 
501 aa  204  4e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  33.74 
 
 
1253 aa  190  5e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  33.25 
 
 
1265 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  34.04 
 
 
1245 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  33.78 
 
 
1264 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.82 
 
 
501 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  31.02 
 
 
1265 aa  170  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  30.34 
 
 
470 aa  168  2e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  34 
 
 
505 aa  164  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  31.66 
 
 
748 aa  163  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.22 
 
 
631 aa  160  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.89 
 
 
642 aa  159  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5269  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.63 
 
 
967 aa  158  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  36.56 
 
 
792 aa  157  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.98 
 
 
502 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0582  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.3 
 
 
966 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.041044 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3218  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.33 
 
 
767 aa  157  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1289  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.9 
 
 
959 aa  156  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2102  NADH dehydrogenase (quinone)  36.86 
 
 
793 aa  156  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  27.98 
 
 
480 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.78 
 
 
492 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.12 
 
 
624 aa  155  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  28.25 
 
 
609 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3950  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.26 
 
 
956 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0588976 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0030  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.11 
 
 
973 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3909  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.7 
 
 
975 aa  154  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0864607 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25200  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  33.78 
 
 
981 aa  154  4e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.58 
 
 
492 aa  154  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4380  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.89 
 
 
698 aa  154  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.28 
 
 
507 aa  154  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1524  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.53 
 
 
981 aa  154  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3743  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.75 
 
 
651 aa  153  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0918  NADH dehydrogenase (quinone)  30.07 
 
 
559 aa  153  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.12 
 
 
997 aa  153  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1605  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.72 
 
 
983 aa  153  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1386  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.53 
 
 
984 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0924669  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0435  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.46 
 
 
970 aa  152  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.305696  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2344  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.44 
 
 
764 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0500  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.46 
 
 
972 aa  151  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438717  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3531  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.61 
 
 
971 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  33.06 
 
 
671 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.89 
 
 
513 aa  152  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2474  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.53 
 
 
984 aa  152  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585409  normal  0.405301 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  32.14 
 
 
673 aa  151  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  28.3 
 
 
480 aa  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13177  NADH dehydrogenase subunit L  32.66 
 
 
633 aa  150  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14740  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  33.02 
 
 
796 aa  150  6e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413195  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1606  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.21 
 
 
610 aa  150  7e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.483904  normal  0.915409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  29.56 
 
 
473 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6655  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.72 
 
 
929 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624896  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1441  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.5 
 
 
930 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.963541 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.14 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3310  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.11 
 
 
966 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.90946  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  33.72 
 
 
672 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.71 
 
 
969 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  33.43 
 
 
672 aa  148  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5081  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.75 
 
 
979 aa  148  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3729  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.24 
 
 
943 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552072  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  33.43 
 
 
672 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4616  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.75 
 
 
979 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.641343  decreased coverage  0.000524948 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  33.43 
 
 
672 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5156  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32 
 
 
975 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  33.43 
 
 
672 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  33.43 
 
 
672 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3982  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.09 
 
 
932 aa  147  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.728427 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2863  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.21 
 
 
498 aa  147  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.845476  normal  0.745609 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3179  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.26 
 
 
625 aa  147  5e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1591  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.09 
 
 
1024 aa  147  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156246  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2705  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.61 
 
 
659 aa  147  5e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  26.85 
 
 
486 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>