More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3666 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
492 aa  975    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  91.87 
 
 
492 aa  889    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  87.4 
 
 
492 aa  856    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  53.69 
 
 
501 aa  513  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.81 
 
 
502 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  49.09 
 
 
507 aa  436  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2286  NADH dehydrogenase (quinone)  47.09 
 
 
437 aa  371  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0179  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.63 
 
 
491 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.490475  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0121  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.96 
 
 
491 aa  347  4e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.39 
 
 
488 aa  344  2e-93  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  41.45 
 
 
501 aa  316  5e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.52 
 
 
496 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2863  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.26 
 
 
498 aa  298  2e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.845476  normal  0.745609 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.02 
 
 
499 aa  272  8.000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3447  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.89 
 
 
541 aa  271  2e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.209361  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5153  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.92 
 
 
548 aa  269  8.999999999999999e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.939463  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.43 
 
 
522 aa  249  9e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  32.19 
 
 
500 aa  248  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1281  NADH dehydrogenase (quinone)  33.82 
 
 
493 aa  239  8e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  33.93 
 
 
486 aa  236  7e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0844  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.28 
 
 
548 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.639175  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.35 
 
 
525 aa  221  3e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0706  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase family protein  33.49 
 
 
458 aa  217  4e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.409683  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.82 
 
 
472 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.1 
 
 
513 aa  207  3e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.83 
 
 
562 aa  205  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.08 
 
 
523 aa  202  8e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  31.85 
 
 
500 aa  199  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0949  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.89 
 
 
498 aa  198  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0968  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.89 
 
 
498 aa  198  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1037  NADH dehydrogenase (quinone)  32.18 
 
 
497 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0301781 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  29.23 
 
 
501 aa  195  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3229  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.13 
 
 
488 aa  191  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.121013 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.22 
 
 
539 aa  191  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  29.72 
 
 
504 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2663  NADH dehydrogenase (quinone)  34.63 
 
 
479 aa  191  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.73 
 
 
545 aa  190  4e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0535  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30 
 
 
498 aa  190  5e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0663  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.43 
 
 
498 aa  189  9e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000080828  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3401  F420H2 dehydrogenase subunit N  32.8 
 
 
481 aa  189  9e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.280357  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0648  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.43 
 
 
498 aa  189  9e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  34.26 
 
 
490 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  32.47 
 
 
506 aa  189  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  31.2 
 
 
501 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  28.75 
 
 
511 aa  189  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  28.43 
 
 
504 aa  188  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2741  NADH dehydrogenase (quinone)  32.34 
 
 
482 aa  187  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405496  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  28.92 
 
 
498 aa  187  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
473 aa  186  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.77 
 
 
500 aa  186  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2712  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.58 
 
 
574 aa  186  8e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.45 
 
 
538 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.34 
 
 
523 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  30.34 
 
 
505 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.88 
 
 
605 aa  184  3e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  29.35 
 
 
500 aa  184  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.94 
 
 
538 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  28.69 
 
 
498 aa  183  7e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  29.6 
 
 
505 aa  182  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.33 
 
 
495 aa  182  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  31.58 
 
 
525 aa  181  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  32.1 
 
 
1265 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.69 
 
 
540 aa  179  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.33 
 
 
543 aa  179  1e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0890  NADH dehydrogenase subunit M  30.58 
 
 
613 aa  178  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.514114  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.26 
 
 
535 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.26 
 
 
535 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.26 
 
 
535 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.99 
 
 
499 aa  177  5e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3530  NADH dehydrogenase (quinone)  33.77 
 
 
470 aa  176  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  30.66 
 
 
1265 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  29.78 
 
 
498 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  29.73 
 
 
502 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.85 
 
 
565 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.22 
 
 
535 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.355386 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  33.05 
 
 
497 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01560  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.37 
 
 
493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0348  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.18 
 
 
547 aa  173  5e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0328119  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.41 
 
 
505 aa  173  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3455  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.88 
 
 
488 aa  173  6.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112327  normal  0.0281996 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  31.02 
 
 
476 aa  172  7.999999999999999e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  32.86 
 
 
496 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.05 
 
 
566 aa  172  1e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479761  normal  0.594337 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.52 
 
 
552 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  31.56 
 
 
483 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175572  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  33.06 
 
 
497 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.85 
 
 
501 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.72 
 
 
698 aa  171  3e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1741  NADH dehydrogenase subunit M  30.81 
 
 
604 aa  170  4e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.56797  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1606  NADH dehydrogenase subunit M  32.17 
 
 
626 aa  170  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6669  NADH dehydrogenase subunit N  33.53 
 
 
527 aa  170  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  34.51 
 
 
1264 aa  169  8e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.13 
 
 
538 aa  169  9e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0563  NADH dehydrogenase (quinone)  32.7 
 
 
539 aa  169  1e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.850315  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1287  F420H2 dehydrogenase subunit N  31.79 
 
 
480 aa  169  1e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000180971  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6653  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  29.03 
 
 
529 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3285  NADH dehydrogenase (quinone)  32.58 
 
 
496 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0676667  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  33.71 
 
 
488 aa  168  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  27.96 
 
 
500 aa  168  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  31.78 
 
 
499 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>