More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0320 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 531 aa  1045    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  38.79 
 
 		 495 aa  261  2e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  39.72 
 
 		 512 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  42.93 
 
 		 499 aa  259  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  40.27 
 
 		 521 aa  248  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  40.78 
 
 		 526 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  40.5 
 
 		 526 aa  247  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  40.5 
 
 		 526 aa  247  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  40.5 
 
 		 526 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  40.5 
 
 		 526 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  40.5 
 
 		 526 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.06 
 
 		 495 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  36.08 
 
 		 486 aa  239  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  34.52 
 
 		 486 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  36.48 
 
 		 484 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  38.88 
 
 		 553 aa  238  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  36.2 
 
 		 487 aa  238  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  37.26 
 
 		 538 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  40.22 
 
 		 517 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  34.6 
 
 		 486 aa  234  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  33.7 
 
 		 484 aa  233  7.000000000000001e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  36.36 
 
 		 486 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  36.36 
 
 		 486 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  36.36 
 
 		 486 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  36.36 
 
 		 463 aa  229  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  37.03 
 
 		 533 aa  228  2e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  36.16 
 
 		 493 aa  224  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  36.34 
 
 		 488 aa  224  4e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  36.13 
 
 		 483 aa  224  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  36.24 
 
 		 483 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.62 
 
 		 489 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  33.58 
 
 		 484 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  36.73 
 
 		 483 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  35.12 
 
 		 480 aa  222  1.9999999999999999e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  37.39 
 
 		 482 aa  219  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  39.72 
 
 		 491 aa  218  2e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  35.36 
 
 		 493 aa  218  2.9999999999999998e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  35.2 
 
 		 491 aa  214  4.9999999999999996e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.67 
 
 		 489 aa  212  1e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  35.14 
 
 		 486 aa  210  6e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.43 
 
 		 537 aa  208  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  36.78 
 
 		 484 aa  207  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  36.78 
 
 		 484 aa  207  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  36.88 
 
 		 488 aa  205  2e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  37.07 
 
 		 1265 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  37.27 
 
 		 428 aa  203  6e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.25 
 
 		 513 aa  203  8e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  34.41 
 
 		 481 aa  200  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  30.99 
 
 		 499 aa  197  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  31.75 
 
 		 491 aa  198  3e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4834  NADH dehydrogenase (quinone)  35.2 
 
 		 585 aa  196  6e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  37.06 
 
 		 1265 aa  195  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  32.33 
 
 		 470 aa  192  1e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.41 
 
 		 538 aa  192  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  35.53 
 
 		 486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  37.37 
 
 		 737 aa  190  5e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  31.66 
 
 		 500 aa  189  9e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  33.92 
 
 		 476 aa  189  2e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.83 
 
 		 538 aa  187  3e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.05 
 
 		 472 aa  187  5e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  34.28 
 
 		 506 aa  183  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  33.99 
 
 		 644 aa  183  9.000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  35.33 
 
 		 671 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.03 
 
 		 672 aa  182  2e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.77 
 
 		 522 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  35.8 
 
 		 673 aa  179  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 		 1264 aa  179  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4573  hydrogenase 4 subunit D  35.01 
 
 		 479 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  36.41 
 
 		 687 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.9 
 
 		 628 aa  177  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  33.77 
 
 		 1245 aa  177  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  33.81 
 
 		 1253 aa  177  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.44 
 
 		 656 aa  176  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.08 
 
 		 525 aa  176  9.999999999999999e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  33.15 
 
 		 644 aa  176  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  36.74 
 
 		 674 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  34 
 
 		 655 aa  175  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1435  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.77 
 
 		 674 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.353757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  32.78 
 
 		 748 aa  174  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.69 
 
 		 538 aa  173  5.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.65 
 
 		 552 aa  173  7.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3530  NADH dehydrogenase (quinone)  32.11 
 
 		 470 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  32.06 
 
 		 655 aa  172  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  31.74 
 
 		 617 aa  172  2e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  33.81 
 
 		 477 aa  172  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.97 
 
 		 622 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  32.19 
 
 		 476 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  34.01 
 
 		 669 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  33.77 
 
 		 497 aa  171  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  32.05 
 
 		 620 aa  170  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  29.11 
 
 		 505 aa  170  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0348  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.42 
 
 		 547 aa  170  6e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0328119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.92 
 
 		 661 aa  169  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.98 
 
 		 492 aa  169  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.66 
 
 		 661 aa  169  8e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  31.7 
 
 		 476 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  31.7 
 
 		 476 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.99 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  29.68 
 
 		 498 aa  169  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  32.97 
 
 		 650 aa  169  1e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>