More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1397 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
501 aa  968    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2741  NADH dehydrogenase (quinone)  79.88 
 
 
482 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405496  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1281  NADH dehydrogenase (quinone)  55.67 
 
 
493 aa  484  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2663  NADH dehydrogenase (quinone)  51.79 
 
 
479 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1001  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.26 
 
 
494 aa  327  3e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.629716 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1037  NADH dehydrogenase (quinone)  47.64 
 
 
497 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0301781 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0813  NADH dehydrogenase (quinone)  48.35 
 
 
487 aa  299  6e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.461981  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01560  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  42.34 
 
 
493 aa  292  8e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0743  NADH dehydrogenase (quinone)  54.69 
 
 
475 aa  281  3e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1582  NADH dehydrogenase (quinone)  42.98 
 
 
501 aa  263  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  31.48 
 
 
499 aa  231  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  37.26 
 
 
501 aa  229  6e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  33.65 
 
 
486 aa  224  3e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.2 
 
 
492 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.15 
 
 
492 aa  210  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.33 
 
 
507 aa  207  3e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.43 
 
 
502 aa  206  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30 
 
 
492 aa  202  8e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0179  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.51 
 
 
491 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.490475  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.34 
 
 
488 aa  198  2.0000000000000003e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.33 
 
 
513 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  28.89 
 
 
506 aa  196  7e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0121  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.25 
 
 
491 aa  194  3e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.21 
 
 
501 aa  194  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2863  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.86 
 
 
498 aa  194  4e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.845476  normal  0.745609 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  27.32 
 
 
500 aa  193  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  31.99 
 
 
480 aa  186  9e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  30.3 
 
 
505 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  33.74 
 
 
1264 aa  183  6e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.48 
 
 
565 aa  182  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  30.87 
 
 
480 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.13 
 
 
545 aa  180  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  33.05 
 
 
500 aa  180  5.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  31.96 
 
 
498 aa  178  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.21 
 
 
538 aa  178  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.21 
 
 
538 aa  177  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.87 
 
 
500 aa  177  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1431  NADH dehydrogenase (quinone)  33.96 
 
 
498 aa  177  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352854  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3229  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.51 
 
 
488 aa  176  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.121013 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3447  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.91 
 
 
541 aa  175  9.999999999999999e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.209361  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.23 
 
 
535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.23 
 
 
535 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  28.69 
 
 
501 aa  173  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.23 
 
 
535 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2286  NADH dehydrogenase (quinone)  33.24 
 
 
437 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2712  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.85 
 
 
574 aa  173  6.999999999999999e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  30.25 
 
 
1265 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  30.46 
 
 
525 aa  172  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.45 
 
 
535 aa  172  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.355386 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.98 
 
 
503 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.43 
 
 
523 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3455  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.04 
 
 
488 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112327  normal  0.0281996 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  31.07 
 
 
500 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.86 
 
 
503 aa  170  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  29.04 
 
 
498 aa  170  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.54 
 
 
501 aa  170  6e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  30.71 
 
 
505 aa  169  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  31.45 
 
 
502 aa  169  9e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.65 
 
 
472 aa  169  1e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.58 
 
 
495 aa  168  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.29 
 
 
525 aa  168  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  28.69 
 
 
504 aa  168  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  28.64 
 
 
476 aa  167  2.9999999999999998e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.33 
 
 
538 aa  168  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  28.87 
 
 
504 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  31.47 
 
 
1245 aa  167  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  30.05 
 
 
1265 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.4 
 
 
526 aa  165  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1110  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.22 
 
 
512 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.73 
 
 
543 aa  164  3e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14770  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.74 
 
 
510 aa  164  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.18278  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  31.22 
 
 
511 aa  164  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  27.97 
 
 
500 aa  164  5.0000000000000005e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3628  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.92 
 
 
487 aa  163  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.2 
 
 
540 aa  163  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5153  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.08 
 
 
548 aa  163  6e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.939463  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  29.36 
 
 
498 aa  163  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1205  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.93 
 
 
471 aa  163  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.425489  normal  0.0100074 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3954  NADH dehydrogenase (quinone)  31.86 
 
 
497 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.95 
 
 
552 aa  160  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  30.79 
 
 
470 aa  161  3e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0867  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.99 
 
 
519 aa  161  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335998  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0844  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.06 
 
 
548 aa  161  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.639175  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1731  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.94 
 
 
505 aa  160  5e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.494392  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  30.92 
 
 
473 aa  160  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3716  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.09 
 
 
559 aa  159  8e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.79 
 
 
503 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2437  NADH dehydrogenase (quinone)  30.23 
 
 
530 aa  158  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.366515 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6653  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  29.07 
 
 
529 aa  158  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0648  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.04 
 
 
498 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0663  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.04 
 
 
498 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000080828  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  28.43 
 
 
499 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  31.59 
 
 
488 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3667  NADH dehydrogenase (quinone)  31.71 
 
 
496 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.02 
 
 
506 aa  156  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3285  NADH dehydrogenase (quinone)  30.73 
 
 
496 aa  156  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0676667  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.8 
 
 
496 aa  156  8e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3145  NADH dehydrogenase (quinone)  33.16 
 
 
462 aa  156  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0694322  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3717  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.99 
 
 
539 aa  156  9e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.33 
 
 
540 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>