More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0980 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  65.32 
 
 
500 aa  652    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
502 aa  983    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  63.15 
 
 
505 aa  629  1e-179  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  56 
 
 
504 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  55.91 
 
 
501 aa  555  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  52.88 
 
 
505 aa  530  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  54.78 
 
 
501 aa  529  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  54.51 
 
 
500 aa  528  1e-149  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  55.73 
 
 
498 aa  526  1e-148  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  54.11 
 
 
500 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  51.7 
 
 
504 aa  511  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2341  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  55.65 
 
 
504 aa  501  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.7 
 
 
500 aa  478  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  49.8 
 
 
498 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  50 
 
 
511 aa  461  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  48.66 
 
 
499 aa  458  1e-127  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0403  sodium/proton antiporter protein  48.87 
 
 
499 aa  453  1.0000000000000001e-126  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  48.8 
 
 
498 aa  437  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2925  NADH dehydrogenase (quinone)  47.47 
 
 
505 aa  409  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0483803  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0867  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  51.45 
 
 
493 aa  392  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.704502 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3534  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.05 
 
 
532 aa  388  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.336988 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1431  NADH dehydrogenase (quinone)  49.6 
 
 
498 aa  381  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352854  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1110  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  52.5 
 
 
512 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  41.24 
 
 
490 aa  362  1e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.63 
 
 
495 aa  350  2e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.08 
 
 
539 aa  344  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0867  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.91 
 
 
519 aa  343  4e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335998  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  41.12 
 
 
540 aa  342  1e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.67 
 
 
545 aa  338  9e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.56 
 
 
538 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.97 
 
 
562 aa  338  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.83 
 
 
538 aa  333  5e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  40.9 
 
 
525 aa  331  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0968  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.2 
 
 
498 aa  330  4e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0949  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.2 
 
 
498 aa  330  4e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.96 
 
 
565 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0535  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.4 
 
 
498 aa  326  8.000000000000001e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.12 
 
 
525 aa  322  7e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  43.78 
 
 
552 aa  322  9.999999999999999e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0348  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.05 
 
 
547 aa  318  1e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0328119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0610  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.41 
 
 
520 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.76 
 
 
535 aa  317  3e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1282  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.88 
 
 
534 aa  317  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.819493  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.57 
 
 
535 aa  316  6e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.57 
 
 
535 aa  316  6e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.65 
 
 
543 aa  313  5.999999999999999e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6653  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  39.51 
 
 
529 aa  312  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  39.38 
 
 
526 aa  310  5e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2437  NADH dehydrogenase (quinone)  37.92 
 
 
530 aa  307  2.0000000000000002e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.366515 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.05 
 
 
538 aa  307  3e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.54 
 
 
523 aa  306  4.0000000000000004e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3716  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.61 
 
 
559 aa  306  7e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1003  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.74 
 
 
517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00150473  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3229  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.4 
 
 
488 aa  302  1e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.121013 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4628  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.52 
 
 
511 aa  301  3e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05170  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  37.92 
 
 
521 aa  300  4e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3816  NADH dehydrogenase (quinone)  41.98 
 
 
509 aa  300  6e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.818014  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.83 
 
 
513 aa  298  1e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0877  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.29 
 
 
517 aa  294  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0349434  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16780  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  38.76 
 
 
525 aa  290  3e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.234078  normal  0.0837109 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3185  NADH dehydrogenase (quinone)  38.4 
 
 
552 aa  284  3.0000000000000004e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2930  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.2 
 
 
519 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14770  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.97 
 
 
510 aa  283  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.18278  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3455  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.06 
 
 
488 aa  278  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112327  normal  0.0281996 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1731  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.01 
 
 
505 aa  271  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.494392  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2619  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  42.51 
 
 
484 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.77 
 
 
540 aa  266  8e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.18 
 
 
499 aa  265  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.17 
 
 
503 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0563  NADH dehydrogenase (quinone)  33.4 
 
 
539 aa  260  3e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.850315  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.77 
 
 
503 aa  259  7e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1102  NADH dehydrogenase (quinone)  37.53 
 
 
507 aa  258  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.164573  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2654  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.73 
 
 
503 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0648  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.33 
 
 
498 aa  257  4e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0663  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.33 
 
 
498 aa  257  4e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000080828  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0994  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.73 
 
 
503 aa  256  6e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.949709  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.77 
 
 
506 aa  254  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.76 
 
 
503 aa  254  4.0000000000000004e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.27 
 
 
505 aa  253  7e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0699  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.65 
 
 
530 aa  250  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.1 
 
 
511 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0580  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.31 
 
 
510 aa  246  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0135154 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1915  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.8 
 
 
521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.4 
 
 
535 aa  243  7e-63  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.355386 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2712  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.32 
 
 
574 aa  242  1e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26950  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  36.73 
 
 
528 aa  240  5e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49502  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0150  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.16 
 
 
511 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0901  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.02 
 
 
503 aa  237  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0061  NADH dehydrogenase (quinone)  32.75 
 
 
508 aa  233  9e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0674  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.07 
 
 
511 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.602815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2851  NADH dehydrogenase (quinone)  32.6 
 
 
505 aa  228  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1128  NADH dehydrogenase (quinone)  32.7 
 
 
540 aa  228  3e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.556203  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.18 
 
 
568 aa  219  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2228  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.7 
 
 
559 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3473  monovalent cation/proton antiporter, MnhD/PhaD subunit  30.62 
 
 
558 aa  212  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1851  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.52 
 
 
559 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.059579 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04211  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.46 
 
 
516 aa  212  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3717  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.68 
 
 
539 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1680  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.2 
 
 
511 aa  210  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.962527  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.02 
 
 
501 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0476084  normal  0.723243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>