More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0150 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0150  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
511 aa  975    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  82.58 
 
 
511 aa  781    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0674  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  86.89 
 
 
511 aa  803    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.602815 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  56.44 
 
 
503 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  56.18 
 
 
506 aa  510  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  55.1 
 
 
540 aa  508  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0994  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  56.22 
 
 
503 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.949709  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2654  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  56.43 
 
 
503 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1102  NADH dehydrogenase (quinone)  59.52 
 
 
507 aa  486  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.164573  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3717  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.01 
 
 
539 aa  457  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0699  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.38 
 
 
530 aa  449  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.71 
 
 
503 aa  448  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2851  NADH dehydrogenase (quinone)  48.29 
 
 
505 aa  438  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.33 
 
 
503 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0061  NADH dehydrogenase (quinone)  48.99 
 
 
508 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0580  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.74 
 
 
510 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0135154 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1128  NADH dehydrogenase (quinone)  46.55 
 
 
540 aa  392  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.556203  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0901  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.21 
 
 
503 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.25 
 
 
505 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0495  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.6 
 
 
504 aa  380  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19550  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.11 
 
 
499 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0216033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50710  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.12 
 
 
499 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4322  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.51 
 
 
499 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891162  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.45 
 
 
511 aa  350  4e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.78206  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04211  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.88 
 
 
516 aa  342  1e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.14 
 
 
568 aa  335  9e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3473  monovalent cation/proton antiporter, MnhD/PhaD subunit  40.33 
 
 
558 aa  331  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3254  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.7 
 
 
561 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0445777  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1680  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.29 
 
 
511 aa  329  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.962527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.31 
 
 
502 aa  329  6e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.29 
 
 
559 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.260298  normal  0.224731 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0502  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.13 
 
 
542 aa  326  7e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.321339  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3533  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.5 
 
 
543 aa  325  8.000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2228  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.53 
 
 
559 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0437  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.94 
 
 
542 aa  323  3e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0958706  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1851  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.65 
 
 
559 aa  324  3e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.059579 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1522  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.33 
 
 
573 aa  323  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0664995  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2476  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.21 
 
 
578 aa  323  7e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.100188 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1384  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.03 
 
 
578 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0617713  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1008  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.1 
 
 
535 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.757465  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2808  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.96 
 
 
539 aa  319  6e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.333483 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.79 
 
 
501 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0476084  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3512  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.77 
 
 
559 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523861  hitchhiker  0.00169463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.49 
 
 
598 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.840154 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2656  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.54 
 
 
535 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.810394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3312  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.89 
 
 
559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3623  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.9 
 
 
539 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0168629  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1589  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.59 
 
 
554 aa  304  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3291  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.48 
 
 
601 aa  300  5e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.433006  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3907  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.86 
 
 
572 aa  300  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.818542  normal  0.0779546 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3713  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.61 
 
 
540 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4614  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.04 
 
 
561 aa  296  7e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354108  hitchhiker  0.00768927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5079  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41 
 
 
551 aa  295  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.793582 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3447  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.42 
 
 
540 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471673 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0032  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.05 
 
 
540 aa  294  3e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.07 
 
 
541 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.85253  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5266  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.26 
 
 
543 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1287  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.73 
 
 
576 aa  283  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.592615  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3130  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.5 
 
 
544 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5154  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.76 
 
 
534 aa  258  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.93 
 
 
565 aa  257  3e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.44 
 
 
539 aa  256  6e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 
501 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  35.69 
 
 
504 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  33.07 
 
 
505 aa  253  7e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  33.4 
 
 
501 aa  251  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  34.77 
 
 
502 aa  249  8e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  35.81 
 
 
500 aa  249  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  33 
 
 
500 aa  249  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  34.67 
 
 
504 aa  246  6e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  35.51 
 
 
490 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.58 
 
 
495 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.14 
 
 
562 aa  243  7e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  34.63 
 
 
498 aa  242  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  35.69 
 
 
540 aa  240  5.999999999999999e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.51 
 
 
545 aa  238  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  34.81 
 
 
500 aa  238  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 
505 aa  238  2e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.45 
 
 
525 aa  237  3e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0563  NADH dehydrogenase (quinone)  36.41 
 
 
539 aa  234  4.0000000000000004e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.850315  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  34.96 
 
 
498 aa  231  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2925  NADH dehydrogenase (quinone)  36.17 
 
 
505 aa  230  5e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0483803  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.36 
 
 
523 aa  226  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  32.05 
 
 
498 aa  225  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2437  NADH dehydrogenase (quinone)  34.16 
 
 
530 aa  225  2e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.366515 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.74 
 
 
513 aa  225  2e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2712  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.71 
 
 
574 aa  224  4e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.26 
 
 
543 aa  223  4.9999999999999996e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  34.77 
 
 
526 aa  223  7e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  34.58 
 
 
511 aa  223  9e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0949  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.18 
 
 
498 aa  222  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0968  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.18 
 
 
498 aa  222  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  36.83 
 
 
525 aa  221  3e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.84 
 
 
500 aa  221  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  31.8 
 
 
499 aa  220  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0535  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.8 
 
 
498 aa  219  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4628  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.15 
 
 
511 aa  217  4e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.22 
 
 
538 aa  216  5.9999999999999996e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.84 
 
 
535 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1431  NADH dehydrogenase (quinone)  37.25 
 
 
498 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352854  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>