More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1540 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
540 aa  1063    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  59.34 
 
 
506 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  59.84 
 
 
503 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0994  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  62.17 
 
 
503 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.949709  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0699  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  57.66 
 
 
530 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2654  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  62.17 
 
 
503 aa  548  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3717  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  57.54 
 
 
539 aa  538  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1102  NADH dehydrogenase (quinone)  58.87 
 
 
507 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.164573  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.12 
 
 
511 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0674  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  55.29 
 
 
511 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.602815 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0150  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  55.1 
 
 
511 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2851  NADH dehydrogenase (quinone)  48.28 
 
 
505 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.75 
 
 
503 aa  428  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.9 
 
 
503 aa  422  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.65 
 
 
505 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0061  NADH dehydrogenase (quinone)  46.11 
 
 
508 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0901  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.13 
 
 
503 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0580  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.97 
 
 
510 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0135154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19550  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.64 
 
 
499 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0216033  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1128  NADH dehydrogenase (quinone)  41.87 
 
 
540 aa  373  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.556203  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0495  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.56 
 
 
504 aa  372  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04211  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.52 
 
 
516 aa  363  3e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.63 
 
 
511 aa  359  9e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.78206  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3254  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.41 
 
 
561 aa  353  5e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0445777  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.39 
 
 
502 aa  350  3e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50710  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.26 
 
 
499 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3473  monovalent cation/proton antiporter, MnhD/PhaD subunit  40.21 
 
 
558 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1851  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.32 
 
 
559 aa  339  8e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.059579 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1680  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.92 
 
 
511 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.962527  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.1 
 
 
501 aa  333  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0476084  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2228  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.43 
 
 
559 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4322  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.47 
 
 
499 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891162  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.86 
 
 
559 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.260298  normal  0.224731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3512  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.79 
 
 
559 aa  325  9e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523861  hitchhiker  0.00169463 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1522  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.72 
 
 
573 aa  325  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0664995  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2476  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.22 
 
 
578 aa  325  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.100188 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.99 
 
 
568 aa  324  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1384  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.04 
 
 
578 aa  324  3e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0617713  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.65 
 
 
598 aa  320  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.840154 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1008  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.05 
 
 
535 aa  318  2e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.757465  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2808  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.24 
 
 
539 aa  315  9e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.333483 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2656  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.44 
 
 
535 aa  315  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.810394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5079  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.09 
 
 
551 aa  312  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.793582 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4614  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.28 
 
 
561 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354108  hitchhiker  0.00768927 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0502  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.11 
 
 
542 aa  309  6.999999999999999e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.321339  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3907  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.61 
 
 
572 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.818542  normal  0.0779546 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0437  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.93 
 
 
542 aa  308  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0958706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3312  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.46 
 
 
559 aa  307  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3291  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.01 
 
 
601 aa  306  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.433006  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1589  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.95 
 
 
554 aa  301  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3533  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.14 
 
 
543 aa  300  7e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.86 
 
 
541 aa  298  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.85253  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1287  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.44 
 
 
576 aa  290  6e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.592615  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  36.78 
 
 
500 aa  289  8e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3447  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.42 
 
 
540 aa  287  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471673 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3713  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.23 
 
 
540 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0032  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.98 
 
 
540 aa  282  1e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.8 
 
 
539 aa  280  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  38.12 
 
 
504 aa  281  3e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3130  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.5 
 
 
544 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  37.65 
 
 
501 aa  278  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  36.28 
 
 
504 aa  278  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3623  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.38 
 
 
539 aa  278  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0168629  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.42 
 
 
565 aa  277  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  35.88 
 
 
505 aa  276  7e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.88 
 
 
501 aa  276  9e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  38.2 
 
 
540 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  34.56 
 
 
500 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.49 
 
 
523 aa  274  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5266  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.72 
 
 
543 aa  272  9e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.16 
 
 
525 aa  269  8.999999999999999e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.54 
 
 
562 aa  268  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  36.96 
 
 
500 aa  266  5.999999999999999e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  38.78 
 
 
498 aa  266  8.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  35.96 
 
 
502 aa  264  2e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  35.71 
 
 
498 aa  264  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5154  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.04 
 
 
534 aa  263  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  36.03 
 
 
498 aa  261  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  33.27 
 
 
505 aa  259  7e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  35.85 
 
 
511 aa  256  5e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0348  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.34 
 
 
547 aa  256  6e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0328119  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.6 
 
 
552 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.45 
 
 
495 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4628  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.23 
 
 
511 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  37.81 
 
 
525 aa  255  1.0000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0968  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.87 
 
 
498 aa  254  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0949  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.87 
 
 
498 aa  254  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.38 
 
 
538 aa  253  6e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.82 
 
 
500 aa  253  6e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.77 
 
 
545 aa  250  4e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.13 
 
 
513 aa  250  6e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.06 
 
 
538 aa  248  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2437  NADH dehydrogenase (quinone)  37.02 
 
 
530 aa  247  3e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.366515 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  33.2 
 
 
499 aa  247  4.9999999999999997e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.45 
 
 
535 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  35.71 
 
 
526 aa  246  9e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.45 
 
 
535 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.45 
 
 
535 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.51 
 
 
538 aa  246  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.28 
 
 
543 aa  244  1.9999999999999999e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>