More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3254 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3512  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  74.15 
 
 
559 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523861  hitchhiker  0.00169463 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2228  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  74.15 
 
 
559 aa  811    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3473  monovalent cation/proton antiporter, MnhD/PhaD subunit  95.88 
 
 
558 aa  1034    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3254  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
561 aa  1108    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0445777  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3312  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  78.61 
 
 
559 aa  797    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1851  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  74.33 
 
 
559 aa  810    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.059579 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  74.33 
 
 
559 aa  792    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.260298  normal  0.224731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1384  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  58.6 
 
 
578 aa  595  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0617713  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2476  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  58.41 
 
 
578 aa  593  1e-168  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.100188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  53.58 
 
 
598 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.840154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1522  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  55.83 
 
 
573 aa  571  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0664995  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3291  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  56.42 
 
 
601 aa  547  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.433006  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3907  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  56.14 
 
 
572 aa  531  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.818542  normal  0.0779546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.3 
 
 
568 aa  521  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0502  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.4 
 
 
542 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.321339  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0437  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.4 
 
 
542 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0958706  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3533  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.34 
 
 
543 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2656  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.36 
 
 
535 aa  444  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.810394 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1008  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.27 
 
 
535 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.757465  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.42 
 
 
541 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.85253  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2808  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.28 
 
 
539 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.333483 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5266  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.03 
 
 
543 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0032  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.71 
 
 
540 aa  419  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3713  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.3 
 
 
540 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3447  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  48.3 
 
 
540 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3130  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.18 
 
 
544 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3623  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.25 
 
 
539 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0168629  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5079  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45 
 
 
551 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.793582 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1589  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.6 
 
 
554 aa  388  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4614  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.63 
 
 
561 aa  388  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354108  hitchhiker  0.00768927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1287  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.34 
 
 
576 aa  365  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.592615  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.41 
 
 
540 aa  352  1e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5154  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.01 
 
 
534 aa  347  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0674  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.44 
 
 
511 aa  323  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.602815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2851  NADH dehydrogenase (quinone)  39.93 
 
 
505 aa  322  9.999999999999999e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.55 
 
 
511 aa  316  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.16 
 
 
506 aa  315  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.27 
 
 
503 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.12 
 
 
503 aa  311  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0580  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.74 
 
 
510 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0135154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0150  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.7 
 
 
511 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1102  NADH dehydrogenase (quinone)  41.96 
 
 
507 aa  302  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.164573  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.71 
 
 
503 aa  300  5e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0994  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.58 
 
 
503 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.949709  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.99 
 
 
511 aa  294  3e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.78206  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2654  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.17 
 
 
503 aa  293  8e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0901  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.91 
 
 
503 aa  292  9e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0699  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.41 
 
 
530 aa  289  8e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0061  NADH dehydrogenase (quinone)  40.08 
 
 
508 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.56 
 
 
505 aa  282  9e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04211  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.28 
 
 
516 aa  282  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3717  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.12 
 
 
539 aa  279  8e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50710  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.09 
 
 
499 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564704 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1128  NADH dehydrogenase (quinone)  40.99 
 
 
540 aa  270  5.9999999999999995e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.556203  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1680  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.18 
 
 
511 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.962527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4322  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.3 
 
 
499 aa  259  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891162  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19550  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.48 
 
 
499 aa  254  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0216033  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0495  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.71 
 
 
504 aa  241  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.63 
 
 
501 aa  240  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0476084  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  31.22 
 
 
500 aa  229  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.98 
 
 
500 aa  226  7e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  30.55 
 
 
501 aa  221  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.08 
 
 
502 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  31.35 
 
 
500 aa  215  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  30.56 
 
 
504 aa  212  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  30.45 
 
 
498 aa  211  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  29.55 
 
 
505 aa  211  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  29.62 
 
 
505 aa  209  8e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  29.3 
 
 
500 aa  206  8e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  30.33 
 
 
498 aa  206  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.97 
 
 
538 aa  205  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.45 
 
 
501 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  30.98 
 
 
502 aa  203  7e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  29.65 
 
 
525 aa  202  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  29.04 
 
 
498 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.14 
 
 
540 aa  202  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  29.72 
 
 
504 aa  200  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.81 
 
 
538 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.76 
 
 
539 aa  199  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.8 
 
 
538 aa  197  5.000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2341  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.97 
 
 
504 aa  196  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.99 
 
 
565 aa  196  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  29.65 
 
 
511 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0867  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.51 
 
 
493 aa  195  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.704502 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.1 
 
 
535 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  28.33 
 
 
499 aa  191  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.1 
 
 
535 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.1 
 
 
535 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.27 
 
 
525 aa  186  9e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1110  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.17 
 
 
512 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.84 
 
 
543 aa  184  4.0000000000000006e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.82 
 
 
562 aa  184  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.89 
 
 
495 aa  184  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.54 
 
 
545 aa  183  6e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1431  NADH dehydrogenase (quinone)  30.71 
 
 
498 aa  183  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352854  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6653  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  29.24 
 
 
529 aa  182  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0403  sodium/proton antiporter protein  28.75 
 
 
499 aa  181  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  29.41 
 
 
490 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.74 
 
 
552 aa  180  7e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.53 
 
 
526 aa  179  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>