More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3130 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3130  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
544 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1008  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  61.34 
 
 
535 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.757465  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2656  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  60.71 
 
 
535 aa  580  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.810394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3533  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  61.64 
 
 
543 aa  553  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0502  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  58.87 
 
 
542 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.321339  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0437  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  58.68 
 
 
542 aa  547  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0958706  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5266  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  57.84 
 
 
543 aa  537  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2808  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  59.29 
 
 
539 aa  531  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.333483 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0032  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.66 
 
 
540 aa  495  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.41 
 
 
541 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.85253  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1384  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.1 
 
 
578 aa  491  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0617713  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2476  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.1 
 
 
578 aa  491  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.100188 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3447  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.15 
 
 
540 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471673 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2228  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.75 
 
 
559 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3713  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  53.77 
 
 
540 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1851  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.38 
 
 
559 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.059579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  49.28 
 
 
598 aa  478  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.840154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1522  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.02 
 
 
573 aa  472  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0664995  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3254  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.18 
 
 
561 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0445777  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4614  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.17 
 
 
561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354108  hitchhiker  0.00768927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5079  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.98 
 
 
551 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.793582 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3473  monovalent cation/proton antiporter, MnhD/PhaD subunit  50 
 
 
558 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3512  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.66 
 
 
559 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523861  hitchhiker  0.00169463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3291  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.9 
 
 
601 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.433006  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3623  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.93 
 
 
539 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0168629  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3907  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.83 
 
 
572 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.818542  normal  0.0779546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  49.54 
 
 
559 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.260298  normal  0.224731 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1589  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.04 
 
 
554 aa  448  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3312  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.01 
 
 
559 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  49.54 
 
 
568 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1287  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.18 
 
 
576 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.592615  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5154  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  50.95 
 
 
534 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.62 
 
 
506 aa  349  9e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.89 
 
 
503 aa  323  6e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.63 
 
 
540 aa  316  7e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3717  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.04 
 
 
539 aa  313  6.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1102  NADH dehydrogenase (quinone)  43.97 
 
 
507 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.164573  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3731  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.48 
 
 
511 aa  310  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.78206  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0994  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.61 
 
 
503 aa  310  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.949709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2851  NADH dehydrogenase (quinone)  38.69 
 
 
505 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04211  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.18 
 
 
516 aa  308  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2654  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.41 
 
 
503 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.69 
 
 
503 aa  306  5.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  39.55 
 
 
503 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.9 
 
 
511 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0674  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.7 
 
 
511 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.602815 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0699  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.53 
 
 
530 aa  295  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  37.78 
 
 
505 aa  292  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1128  NADH dehydrogenase (quinone)  35.98 
 
 
540 aa  290  3e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.556203  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0580  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  38.68 
 
 
510 aa  288  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0135154 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1680  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.89 
 
 
511 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.962527  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0150  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.46 
 
 
511 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0061  NADH dehydrogenase (quinone)  37.92 
 
 
508 aa  277  3e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19550  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.37 
 
 
499 aa  267  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0216033  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0901  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  40.28 
 
 
503 aa  264  3e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.43 
 
 
501 aa  260  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0476084  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50710  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.13 
 
 
499 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564704 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0495  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  42.48 
 
 
504 aa  257  4e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4322  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.04 
 
 
499 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891162  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  31.44 
 
 
505 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  33.68 
 
 
500 aa  216  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  33.6 
 
 
525 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.27 
 
 
538 aa  214  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.22 
 
 
495 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  29.8 
 
 
500 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.05 
 
 
565 aa  210  6e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2486  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.03 
 
 
502 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.8 
 
 
538 aa  208  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.74 
 
 
501 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.35 
 
 
540 aa  204  2e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.72 
 
 
500 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.82 
 
 
525 aa  204  3e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  30.56 
 
 
505 aa  204  3e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  32.16 
 
 
498 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  29.61 
 
 
501 aa  202  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  31.92 
 
 
490 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  31.07 
 
 
504 aa  200  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  30.73 
 
 
504 aa  200  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2437  NADH dehydrogenase (quinone)  31.96 
 
 
530 aa  200  7e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.366515 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  31.26 
 
 
502 aa  200  7e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.63 
 
 
538 aa  199  7.999999999999999e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 
545 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.92 
 
 
535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.92 
 
 
535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.92 
 
 
535 aa  199  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0535  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.19 
 
 
498 aa  196  1e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.99 
 
 
552 aa  195  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0949  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.37 
 
 
498 aa  194  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.74 
 
 
539 aa  194  3e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0968  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.37 
 
 
498 aa  194  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.94 
 
 
562 aa  190  7e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  31.27 
 
 
500 aa  189  8e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.31 
 
 
543 aa  189  8e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2712  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.87 
 
 
574 aa  189  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  29.21 
 
 
498 aa  188  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.38 
 
 
523 aa  188  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  32.22 
 
 
511 aa  187  5e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3534  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.7 
 
 
532 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.336988 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  30.96 
 
 
498 aa  183  7e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3185  NADH dehydrogenase (quinone)  34.33 
 
 
552 aa  182  1e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>