More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0151 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0151  phage integrase  100 
 
 		 429 aa  877    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4522  phage integrase  97.67 
 
 		 429 aa  832    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.292224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0580  putative phage integrase  47.33 
 
 		 438 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1675  Phage integrase  46.93 
 
 		 419 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  45.07 
 
 		 390 aa  349  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  44.95 
 
 		 400 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  43.41 
 
 		 403 aa  347  3e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0409  putative phage integrase  45.08 
 
 		 411 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1604  phage integrase family protein  43.13 
 
 		 459 aa  331  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1896  putative integrase prophage protein  45.98 
 
 		 411 aa  330  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.240804  normal  0.815259 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0341  integrase family protein  42.92 
 
 		 436 aa  327  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4142  integrase family protein  43.75 
 
 		 401 aa  319  6e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2480  integrase family protein  43.78 
 
 		 397 aa  311  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1142  integrase family protein  42.46 
 
 		 399 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441894  hitchhiker  0.0000269765 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  41.88 
 
 		 410 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0275  phage integrase family protein  43.43 
 
 		 407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0410  putative phage integrase  43.8 
 
 		 397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.980223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2203  integrase family protein  42.89 
 
 		 404 aa  301  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3983  integrase family protein  44.66 
 
 		 391 aa  300  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2389  integrase  41.36 
 
 		 415 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.557961  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2283  integrase family protein  41.01 
 
 		 417 aa  299  8e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3334  phage integrase family protein  42.34 
 
 		 398 aa  296  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0244  integrase family protein  41.97 
 
 		 408 aa  293  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1348  phage integrase family protein  40.24 
 
 		 391 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0637  phage integrase family protein  41.25 
 
 		 411 aa  290  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102856 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1063  integrase family protein  45.36 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1070  integrase family protein  45.36 
 
 		 365 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2013  integrase  42.11 
 
 		 409 aa  282  9e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0417759  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6554  integrase family protein  40.85 
 
 		 411 aa  276  7e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000624371  hitchhiker  0.00796568 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1496  phage integrase  43.21 
 
 		 343 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  0.0288639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3606  integrase family protein  39.26 
 
 		 420 aa  271  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0253  integrase family protein  41.75 
 
 		 412 aa  268  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0966  phage integrase  39.9 
 
 		 410 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0357996 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1116  phage integrase family protein  38.84 
 
 		 434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0425544  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5109  integrase family protein  39.26 
 
 		 420 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1500  phage integrase family protein  38.1 
 
 		 432 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00572573  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2749  P4 family integrase  40.04 
 
 		 439 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5029  phage integrase family protein  38.37 
 
 		 450 aa  249  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440555  normal  0.789511 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5749  integrase family protein  39.23 
 
 		 407 aa  249  7e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.857054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0970  phage integrase family protein  39.82 
 
 		 406 aa  247  3e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0847  phage integrase  36.99 
 
 		 403 aa  242  9e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.237314  normal  0.433067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1022  putative phage integrase  43.31 
 
 		 279 aa  237  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02454  integrase  46.53 
 
 		 228 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2277  phage integrase family site specific recombinase  36.82 
 
 		 402 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0249375  normal  0.0747113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1298  integrase  35.57 
 
 		 400 aa  193  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.64566  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0239  phage integrase  34.06 
 
 		 384 aa  171  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0229  phage integrase  33.1 
 
 		 401 aa  169  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  34.68 
 
 		 436 aa  167  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  34.68 
 
 		 409 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  34.68 
 
 		 409 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2541  putative CP4-like integrase  30.21 
 
 		 412 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4951  putative prophage integrase  28.81 
 
 		 408 aa  163  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  33.66 
 
 		 402 aa  163  7e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  32.87 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  30.04 
 
 		 413 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1546  phage integrase  33.33 
 
 		 387 aa  156  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226246  normal  0.34056 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  30.32 
 
 		 414 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  29.82 
 
 		 415 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  31.36 
 
 		 421 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  30.35 
 
 		 409 aa  150  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  32.86 
 
 		 429 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  31.05 
 
 		 413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  28.54 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  30 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  30.62 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  29.48 
 
 		 422 aa  146  8.000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  30.1 
 
 		 404 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  30.49 
 
 		 412 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  29.5 
 
 		 394 aa  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  31.08 
 
 		 397 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  31.5 
 
 		 404 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  29.5 
 
 		 394 aa  145  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  30.17 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  30.5 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  30.12 
 
 		 416 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  29.04 
 
 		 391 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  27.67 
 
 		 422 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  29.13 
 
 		 418 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  30.2 
 
 		 438 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  28.95 
 
 		 411 aa  143  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  30.69 
 
 		 425 aa  142  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  28.02 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  28.46 
 
 		 399 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  29.26 
 
 		 410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  29.22 
 
 		 419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  28.24 
 
 		 418 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  28.61 
 
 		 402 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  29.37 
 
 		 417 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 411 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  29.57 
 
 		 403 aa  139  7e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  31.16 
 
 		 406 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  29.44 
 
 		 391 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.32 
 
 		 394 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.57 
 
 		 394 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  27.64 
 
 		 404 aa  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  29.1 
 
 		 415 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  29.13 
 
 		 396 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  28.26 
 
 		 409 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  26.54 
 
 		 404 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  29.97 
 
 		 404 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>