114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1485 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1485  hypothetical protein  100 
 
 		 255 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0136  hypothetical protein  34.67 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0115  protein of unknown function DUF81  32.7 
 
 		 262 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117057  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4756  hypothetical protein  32.16 
 
 		 251 aa  87  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0050  hypothetical protein  27.92 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0211  hypothetical protein  30.28 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2748  hypothetical protein  24.07 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4254  hypothetical protein  32.13 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4058  hypothetical protein  28.57 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3833  protein of unknown function DUF81  39.62 
 
 		 267 aa  72.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3441  hypothetical protein  27.9 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0510  hypothetical protein  27.9 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3616  hypothetical protein  27.9 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0614  hypothetical protein  28.57 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0160  hypothetical protein  34.57 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4043  hypothetical protein  30.66 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1898  protein of unknown function DUF81  28.95 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1086  hypothetical protein  28.04 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0866441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3342  hypothetical protein  29.27 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321446  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1687  hypothetical protein  25.66 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2931  hypothetical protein  29.17 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1591  protein of unknown function DUF81  31.54 
 
 		 247 aa  65.1  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0129546  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3778  hypothetical protein  29.52 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0534  hypothetical protein  29.52 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1794  hypothetical protein  24.34 
 
 		 241 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0562  protein of unknown function DUF81  29.52 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1737  hypothetical protein  24.34 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.593381  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0558  hypothetical protein  29.05 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3658  hypothetical protein  25.22 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0506  hypothetical protein  33.33 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0953317  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1317  protein of unknown function DUF81  25.88 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1229  protein of unknown function DUF81  24.64 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1751  protein of unknown function DUF81  34.04 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3856  hypothetical protein  26.7 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.497532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1495  membrane protein  24.34 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1535  hypothetical protein  23.92 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.671723  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3036  protein of unknown function DUF81  27.87 
 
 		 261 aa  58.5  0.00000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1530  hypothetical protein  23.45 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1649  hypothetical protein  23.45 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1716  hypothetical protein  23.45 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1504  membrane protein  23.75 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000123127  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0354  protein of unknown function DUF81  25.11 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0518  hypothetical protein  26.34 
 
 		 246 aa  57  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0695  hypothetical protein  29.07 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1263  membrane protein  25.96 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4163  hypothetical protein  23.75 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3174  hypothetical protein  28.17 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.997879  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0558  hypothetical protein  29.02 
 
 		 243 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1857  hypothetical protein  31.19 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251618  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0154  hypothetical protein  26.11 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.418576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2506  hypothetical protein  34.81 
 
 		 239 aa  53.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000601102  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000279  hypothetical protein  28.34 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1803  hypothetical protein  25.54 
 
 		 242 aa  52.8  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  0.0717892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4346  hypothetical protein  27.78 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2275  hypothetical protein  29.41 
 
 		 235 aa  52  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.188651 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1940  hypothetical protein  29.26 
 
 		 284 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000335524  normal  0.789392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0620  hypothetical protein  30 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6207  hypothetical protein  29.29 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.449503  normal  0.698789 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2961  protein of unknown function DUF81  25.21 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.6614 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4297  hypothetical protein  26.61 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.147725  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0057  hypothetical protein  26.61 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0062  hypothetical protein  26.61 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33836  hitchhiker  0.00207124 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0613  hypothetical protein  26.54 
 
 		 244 aa  49.7  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2668  hypothetical protein  26.22 
 
 		 260 aa  50.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.161838 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05889  hypothetical protein  27.23 
 
 		 240 aa  49.7  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5325  hypothetical membrane protein  27.08 
 
 		 291 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.483179 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3173  hypothetical protein  30.81 
 
 		 245 aa  49.3  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0061  protein of unknown function DUF81  26.61 
 
 		 245 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3677  hypothetical protein  28.21 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6829  protein of unknown function DUF81  30.2 
 
 		 240 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.514518 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1702  hypothetical protein  33.03 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0934945  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1149  protein of unknown function DUF81  27.47 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702872 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6166  hypothetical protein  28.89 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00176051  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1995  hypothetical protein  25.39 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0416  hypothetical protein  29.96 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.0000000286057  normal  0.0207815 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1019  hypothetical protein  27.85 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.132736  normal  0.524557 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3894  hypothetical protein  28.89 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0181747 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1919  hypothetical protein  33.33 
 
 		 268 aa  46.6  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.28526  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3181  hypothetical protein  26.4 
 
 		 257 aa  47  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.721835  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2917  hypothetical protein  24.76 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.862692 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22430  protein of unknown function DUF81  31.14 
 
 		 238 aa  45.8  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.745875  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4518  hypothetical protein  25.39 
 
 		 255 aa  45.8  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.535232 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3681  hypothetical protein  30.07 
 
 		 240 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.488657 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2868  hypothetical protein  29.53 
 
 		 240 aa  45.4  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1831  hypothetical protein  26.42 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.15734  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3972  hypothetical protein  30.52 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.965925 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1865  hypothetical protein  35.58 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0062  hypothetical protein  25.32 
 
 		 245 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000018824 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4529  hypothetical protein  27.44 
 
 		 235 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2849  protein of unknown function DUF81  31.32 
 
 		 261 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0689  hypothetical protein  24.68 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309902  normal  0.362532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0060  hypothetical protein  25.32 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128142  decreased coverage  0.0000000546938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0058  hypothetical protein  25.32 
 
 		 245 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101674  hitchhiker  0.000370653 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3553  hypothetical protein  27.2 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.767129  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0676  hypothetical protein  25.85 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119238  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3491  hypothetical protein  27.19 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.401485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2637  hypothetical protein  25.88 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00351538  hitchhiker  0.00000000166181 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4367  protein of unknown function DUF81  27.15 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.688319 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2377  hypothetical protein  28.08 
 
 		 252 aa  43.9  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.191266  normal  0.04733 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0203  hypothetical protein  30.63 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>