More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2585 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
402 aa  830  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  70.99 
 
 
418 aa  580  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.74 
 
 
408 aa  346  4e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  45.06 
 
 
400 aa  334  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.73 
 
 
392 aa  330  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  47.47 
 
 
394 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.91 
 
 
421 aa  319  5e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  45.34 
 
 
402 aa  313  4e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  46.67 
 
 
398 aa  311  1e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  47.46 
 
 
396 aa  309  7e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.26 
 
 
397 aa  295  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.3 
 
 
400 aa  292  7e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.3 
 
 
400 aa  292  7e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  42.2 
 
 
413 aa  289  5e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.18 
 
 
405 aa  279  6e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.91397e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.1 
 
 
373 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.79 
 
 
392 aa  244  2e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.06 
 
 
403 aa  240  3e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.37 
 
 
388 aa  238  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.2 
 
 
362 aa  238  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.37 
 
 
411 aa  174  3e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  31.14 
 
 
484 aa  171  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.29 
 
 
416 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.05 
 
 
428 aa  170  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.77 
 
 
411 aa  168  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.79 
 
 
431 aa  167  3e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.74 
 
 
410 aa  165  1e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.93 
 
 
415 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.82 
 
 
429 aa  163  5e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.13 
 
 
415 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  30.68 
 
 
453 aa  160  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.95 
 
 
402 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.36 
 
 
430 aa  157  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.12 
 
 
416 aa  156  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.25 
 
 
408 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.26 
 
 
410 aa  155  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.67 
 
 
419 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  31.87 
 
 
402 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.38 
 
 
413 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  34.35 
 
 
415 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  34.35 
 
 
415 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  34.35 
 
 
415 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  32.66 
 
 
414 aa  150  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.74 
 
 
412 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  31.86 
 
 
414 aa  149  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  32.2 
 
 
414 aa  147  4e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32.32 
 
 
414 aa  147  4e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
434 aa  147  4e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  32.04 
 
 
414 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  33.62 
 
 
414 aa  145  9e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.56 
 
 
414 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  32.04 
 
 
414 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.81 
 
 
418 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  30.66 
 
 
414 aa  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.91 
 
 
402 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.82467e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  31.11 
 
 
414 aa  142  1e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.17 
 
 
409 aa  141  2e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  28.65 
 
 
399 aa  142  2e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.98 
 
 
404 aa  140  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.21 
 
 
417 aa  140  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  30.66 
 
 
414 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  30.11 
 
 
419 aa  139  8e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  30.56 
 
 
415 aa  139  8e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.31 
 
 
412 aa  139  8e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.26 
 
 
404 aa  139  9e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  33.04 
 
 
415 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  31.2 
 
 
415 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.82 
 
 
442 aa  137  3e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.58 
 
 
408 aa  137  3e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  29.89 
 
 
416 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
423 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 
417 aa  135  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  30.84 
 
 
414 aa  135  1e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  29.57 
 
 
415 aa  135  1e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
421 aa  135  1e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  27.59 
 
 
407 aa  135  1e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  28.65 
 
 
420 aa  135  1e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  4.50016e-08 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  29.26 
 
 
451 aa  135  2e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  28.21 
 
 
402 aa  134  2e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  30.15 
 
 
420 aa  134  2e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  26.13 
 
 
401 aa  135  2e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
427 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 
427 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  28.21 
 
 
402 aa  134  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  2.31454e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  28.06 
 
 
421 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  29.75 
 
 
423 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  28.1 
 
 
420 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  27.57 
 
 
414 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  29.06 
 
 
443 aa  134  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 
427 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  29.39 
 
 
423 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  28.08 
 
 
445 aa  134  4e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  8.69616e-09  hitchhiker  1.88674e-05 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  28.21 
 
 
402 aa  134  4e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  26.89 
 
 
447 aa  133  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>