More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1684 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
235 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  97.87 
 
 
235 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  97.87 
 
 
235 aa  447  1e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  95.32 
 
 
235 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  91.81 
 
 
238 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  91.45 
 
 
235 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  91.38 
 
 
238 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  86.32 
 
 
235 aa  404  1e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  85.09 
 
 
233 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  83.77 
 
 
233 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  70.04 
 
 
239 aa  310  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  57.08 
 
 
225 aa  238  9e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  55.2 
 
 
219 aa  235  5e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  49.76 
 
 
212 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
212 aa  202  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  49.27 
 
 
212 aa  202  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
212 aa  202  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  49.76 
 
 
213 aa  202  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  49.27 
 
 
227 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
212 aa  197  9e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
212 aa  197  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
212 aa  197  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
239 aa  197  1e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  47.32 
 
 
213 aa  196  2e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
228 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
211 aa  195  4e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
212 aa  195  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  46.83 
 
 
214 aa  192  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  9.3152e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
210 aa  191  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  47.55 
 
 
211 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
215 aa  188  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  42.57 
 
 
207 aa  168  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
224 aa  167  9e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
215 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  40.29 
 
 
208 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  38.35 
 
 
214 aa  156  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
229 aa  143  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
238 aa  134  2e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  41.86 
 
 
222 aa  129  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  38.03 
 
 
210 aa  129  5e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  38.03 
 
 
210 aa  129  5e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
234 aa  121  1e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 
227 aa  119  4e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
316 aa  119  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
318 aa  119  4e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
318 aa  119  4e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
318 aa  119  4e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
318 aa  119  4e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
317 aa  119  4e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
316 aa  119  4e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
316 aa  119  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
273 aa  117  1e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
272 aa  117  1e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 
272 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
295 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 
276 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
273 aa  116  4e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
273 aa  116  4e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
273 aa  116  4e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  41.62 
 
 
290 aa  115  7e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  34.47 
 
 
354 aa  112  4e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  35.27 
 
 
288 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  34.47 
 
 
352 aa  111  1e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  35.17 
 
 
340 aa  110  2e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
313 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
335 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  37.16 
 
 
205 aa  106  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
220 aa  93.2  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 
209 aa  92.8  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  3.22137e-05 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  30.62 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
227 aa  90.1  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
207 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4603  TetR family transcriptional regulator  27.9 
 
 
240 aa  84  2e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
237 aa  81.3  1e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
218 aa  80.1  3e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
242 aa  78.6  7e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
227 aa  77.8  1e-13  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
223 aa  78.2  1e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  34.32 
 
 
220 aa  77.4  2e-13  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
291 aa  73.9  2e-12  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
221 aa  72.4  5e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  30.32 
 
 
221 aa  72  7e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
276 aa  71.6  9e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
224 aa  70.9  1e-11  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 
239 aa  68.9  7e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
242 aa  68.6  9e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
231 aa  67.8  1e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
254 aa  67.4  2e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  57.41 
 
 
235 aa  66.2  4e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  56.9 
 
 
216 aa  64.7  1e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
261 aa  64.3  1e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 
234 aa  63.5  3e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
222 aa  62.8  4e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 
240 aa  62.4  5e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 
220 aa  62  8e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  46.67 
 
 
208 aa  61.2  1e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
195 aa  61.2  1e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
213 aa  61.2  1e-08  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
234 aa  60.5  2e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 
242 aa  60.5  2e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>