112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1625 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  100 
 
 		 366 aa  752    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  50.14 
 
 		 372 aa  344  1e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  45.36 
 
 		 395 aa  320  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  49.56 
 
 		 355 aa  319  5e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  45.18 
 
 		 355 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  46.9 
 
 		 354 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  42.51 
 
 		 356 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  41.31 
 
 		 350 aa  255  9e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  39.59 
 
 		 357 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  35.03 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 372 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  31.91 
 
 		 404 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  32.19 
 
 		 370 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  29.01 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  28.49 
 
 		 394 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  29.08 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  27.92 
 
 		 383 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  30.38 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  28.84 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  30.58 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  27.11 
 
 		 365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  28.16 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  28.69 
 
 		 356 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  31.1 
 
 		 351 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  30.27 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  27.6 
 
 		 362 aa  100  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  28.67 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.46 
 
 		 342 aa  97.1  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  28.53 
 
 		 401 aa  97.1  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  26.54 
 
 		 346 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  26.1 
 
 		 391 aa  93.2  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  26.1 
 
 		 391 aa  93.2  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  27.65 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  27.35 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  27.67 
 
 		 347 aa  88.6  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.54 
 
 		 355 aa  87.8  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  25.97 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  27.94 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  24.56 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  30.32 
 
 		 370 aa  72.8  0.000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  25.09 
 
 		 347 aa  70.1  0.00000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  28.63 
 
 		 414 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  28.63 
 
 		 414 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  28.63 
 
 		 414 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  23.38 
 
 		 348 aa  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  25.57 
 
 		 363 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  26.57 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  27.33 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  25.73 
 
 		 375 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  31.43 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  22.13 
 
 		 392 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  24.92 
 
 		 359 aa  57  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  27.42 
 
 		 383 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0781  hypothetical protein  40.58 
 
 		 232 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.03 
 
 		 410 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  22.67 
 
 		 347 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  26.46 
 
 		 286 aa  53.1  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  34.62 
 
 		 270 aa  52.8  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 410 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 359 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 183 aa  51.6  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  29.69 
 
 		 255 aa  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  26.7 
 
 		 399 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  27.94 
 
 		 182 aa  49.7  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  32.76 
 
 		 177 aa  49.7  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  39.51 
 
 		 169 aa  49.3  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  24.14 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  23.68 
 
 		 386 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  34.33 
 
 		 147 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  28.28 
 
 		 370 aa  47.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  21.34 
 
 		 378 aa  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  42.37 
 
 		 129 aa  47.8  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2373  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 107 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  23.41 
 
 		 349 aa  47.4  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  26.87 
 
 		 257 aa  47  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  28.19 
 
 		 294 aa  46.6  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  19.64 
 
 		 388 aa  46.6  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  26 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1077  hypothetical protein  35.29 
 
 		 84 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  44.26 
 
 		 124 aa  45.8  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  20.07 
 
 		 392 aa  45.8  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0537  hypothetical protein  21.71 
 
 		 419 aa  46.2  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4601  hypothetical protein  26 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2449  protein of unknown function DUF955  32.04 
 
 		 165 aa  45.8  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1039  hypothetical protein  35.29 
 
 		 84 aa  45.4  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 105 aa  45.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1348  hypothetical protein  29.31 
 
 		 142 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  29.6 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 191 aa  44.3  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  22.86 
 
 		 378 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  29.13 
 
 		 385 aa  43.9  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 115 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0468  helix-turn-helix domain protein  32.73 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592204 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  34.21 
 
 		 182 aa  43.9  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2248  hypothetical protein  25.72 
 
 		 356 aa  43.5  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0302018  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3546  prophage LambdaBa01, repressor protein  30 
 
 		 142 aa  43.5  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3460  hypothetical protein  30 
 
 		 142 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0627917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>