More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3038 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3038  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
936 aa  1907    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0749319  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3749  histidine kinase  62.89 
 
 
935 aa  1098    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59800  kinase sensor protein  46.79 
 
 
931 aa  680    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000197458  hitchhiker  2.65975e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3015  kinase sensor protein  47.27 
 
 
936 aa  715    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 
925 aa  555  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  50.95 
 
 
1084 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3017  RcsC  50.62 
 
 
1083 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3751  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.03 
 
 
1070 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0736  Hpt sensor hybrid histidine kinase  48.15 
 
 
1074 aa  487  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3040  histidine kinase  47.56 
 
 
1053 aa  473  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0526469  normal  0.364658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3080  histidine kinase  42.77 
 
 
1088 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169759  normal  0.77184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3078  histidine kinase  39.33 
 
 
774 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.398115 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3018  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.47 
 
 
955 aa  371  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0433784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1040  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.86 
 
 
934 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1106  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.57 
 
 
951 aa  360  6e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.615004  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3210  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.53 
 
 
951 aa  359  9.999999999999999e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  35.01 
 
 
1122 aa  353  8.999999999999999e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2798  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33 
 
 
949 aa  349  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000245809  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.62 
 
 
948 aa  349  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.62 
 
 
948 aa  349  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.62 
 
 
948 aa  349  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2844  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.92 
 
 
957 aa  349  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.436473  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.62 
 
 
948 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.62 
 
 
915 aa  348  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2765  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.92 
 
 
949 aa  348  3e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.266073  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1308  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.92 
 
 
949 aa  348  3e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00392012  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  32.91 
 
 
949 aa  345  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3358  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.91 
 
 
949 aa  345  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00504503  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.91 
 
 
949 aa  345  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1432  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.91 
 
 
949 aa  345  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0516926  hitchhiker  0.00218938 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2359  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.91 
 
 
949 aa  345  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000333746  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02145  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.91 
 
 
933 aa  344  4e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02104  hypothetical protein  32.91 
 
 
933 aa  344  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2519  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.77 
 
 
949 aa  343  9e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000827535  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.77 
 
 
949 aa  343  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3268  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.82 
 
 
957 aa  342  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00176531  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5151  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.24 
 
 
1022 aa  301  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  39.92 
 
 
951 aa  290  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1622  capsular synthesis two-component sensor kinase and response regulator transcription regulator protein  33.65 
 
 
1098 aa  283  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.609482 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2224  putative two-component regulatory system, sensor kinase protein  32.54 
 
 
1082 aa  281  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2077  sensor histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 
1082 aa  282  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.981024  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2021  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 
1082 aa  282  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2882  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.47 
 
 
1032 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6941  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
1169 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0447401  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5219  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
1029 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
1363 aa  275  3e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 
833 aa  273  9e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.64 
 
 
752 aa  269  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0141  two-component system sensor protein  35.09 
 
 
952 aa  265  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 
993 aa  265  4e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5153  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.3 
 
 
1002 aa  261  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437111  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0159  response regulator/sensor histidine kinase  35.19 
 
 
1032 aa  259  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636877  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0180  response regulator/sensor histidine kinase  35.19 
 
 
1014 aa  259  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.696748  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  36.66 
 
 
1177 aa  258  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3985  signal transduction histidine protein kinase  30.06 
 
 
1156 aa  258  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0386149 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  34.94 
 
 
1135 aa  258  4e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
745 aa  258  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1627  two-component system sensor protein  34.98 
 
 
988 aa  257  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0255919  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  36.33 
 
 
847 aa  256  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5216  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 
1001 aa  255  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.2 
 
 
787 aa  255  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  37.27 
 
 
785 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.96 
 
 
923 aa  254  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  32.65 
 
 
1763 aa  254  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 
682 aa  254  7e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  37.42 
 
 
785 aa  254  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
1202 aa  253  8.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
1767 aa  252  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3285  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 
1034 aa  251  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.347424  normal  0.554381 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3666  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30.68 
 
 
1129 aa  251  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 
909 aa  251  5e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
1266 aa  251  6e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  33.71 
 
 
1014 aa  251  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.02 
 
 
1767 aa  250  9e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  37.32 
 
 
785 aa  250  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.02 
 
 
1767 aa  250  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
1131 aa  248  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  37.32 
 
 
785 aa  248  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 
784 aa  248  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0066  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 
721 aa  247  6.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  34.44 
 
 
855 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4693  histidine kinase  32.19 
 
 
1120 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.027571  hitchhiker  0.0000750184 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
1768 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 
1765 aa  245  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 
964 aa  245  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
1436 aa  244  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
1771 aa  244  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.05 
 
 
1316 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
1303 aa  243  9e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 
1042 aa  243  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 
782 aa  243  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 
1064 aa  241  5.999999999999999e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  35.47 
 
 
778 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3937  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
976 aa  240  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.972695  normal  0.0890412 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.72 
 
 
1313 aa  241  6.999999999999999e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4222  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.87 
 
 
1002 aa  240  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.480663  normal  0.970552 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  32.58 
 
 
1021 aa  240  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.4 
 
 
796 aa  239  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2331  sensor histidine kinase/response regulator  38.96 
 
 
779 aa  239  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 
1436 aa  239  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>