More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3078 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3078  histidine kinase  100 
 
 
774 aa  1551    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.398115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3038  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 
936 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0749319  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3749  histidine kinase  39.05 
 
 
935 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.39 
 
 
925 aa  377  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3015  kinase sensor protein  37.27 
 
 
936 aa  369  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59800  kinase sensor protein  37.19 
 
 
931 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000197458  hitchhiker  2.65975e-17 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3751  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
1070 aa  348  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0736  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.58 
 
 
1074 aa  345  1e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  37.25 
 
 
1084 aa  328  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3040  histidine kinase  38.17 
 
 
1053 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0526469  normal  0.364658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3080  histidine kinase  35.55 
 
 
1088 aa  313  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169759  normal  0.77184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3017  RcsC  37.42 
 
 
1083 aa  310  5e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1308  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.67 
 
 
949 aa  300  5e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00392012  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2844  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.67 
 
 
957 aa  300  6e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.436473  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2765  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.67 
 
 
949 aa  300  6e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.266073  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3018  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.23 
 
 
955 aa  298  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0433784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.4 
 
 
949 aa  290  8e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  31.4 
 
 
949 aa  290  9e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.5 
 
 
949 aa  290  9e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02145  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.4 
 
 
933 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02104  hypothetical protein  31.4 
 
 
933 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1432  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.4 
 
 
949 aa  289  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0516926  hitchhiker  0.00218938 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2359  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.4 
 
 
949 aa  289  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000333746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3358  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.4 
 
 
949 aa  288  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00504503  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2519  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.25 
 
 
949 aa  287  5e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000827535  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1040  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.32 
 
 
934 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3210  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.33 
 
 
951 aa  283  8.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  32.36 
 
 
1122 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1106  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.05 
 
 
951 aa  281  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.615004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2798  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.16 
 
 
949 aa  280  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000245809  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.18 
 
 
948 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.18 
 
 
948 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.18 
 
 
948 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.18 
 
 
948 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.18 
 
 
915 aa  275  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  33.09 
 
 
1014 aa  257  6e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  33.56 
 
 
1200 aa  253  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  36.57 
 
 
951 aa  249  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 
816 aa  248  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.28 
 
 
1234 aa  243  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
1238 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2882  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
1032 aa  242  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
1238 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
921 aa  242  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1238 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
1188 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
1238 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
1230 aa  241  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
1236 aa  239  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  32.06 
 
 
852 aa  239  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 
1340 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
1236 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
1236 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
1316 aa  239  1e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 
833 aa  239  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
1245 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2077  sensor histidine kinase/response regulator  31.96 
 
 
1082 aa  236  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.981024  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2224  putative two-component regulatory system, sensor kinase protein  31.96 
 
 
1082 aa  236  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2021  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.96 
 
 
1082 aa  236  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  33.93 
 
 
855 aa  236  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
1236 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
1436 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.3 
 
 
1255 aa  236  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  35.08 
 
 
727 aa  235  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  34.02 
 
 
858 aa  234  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 
1128 aa  233  8.000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 
738 aa  231  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1434  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
1186 aa  231  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3079  composite two component sensor histidine kinase and response regulator hybrid transcription regulator protein  36.19 
 
 
994 aa  230  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0449118  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 
790 aa  229  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.71 
 
 
1480 aa  227  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.83 
 
 
1303 aa  226  9e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 
1767 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 
1767 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  33.15 
 
 
1177 aa  224  7e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  33.4 
 
 
923 aa  224  7e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  31.2 
 
 
1030 aa  223  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0501  histidine kinase  33.72 
 
 
955 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3666  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  29.26 
 
 
1129 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 
993 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
1485 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.74 
 
 
1490 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1771 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.27 
 
 
1266 aa  222  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1622  capsular synthesis two-component sensor kinase and response regulator transcription regulator protein  28.97 
 
 
1098 aa  221  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.609482 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.12 
 
 
932 aa  221  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3985  signal transduction histidine protein kinase  29.7 
 
 
1156 aa  221  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0386149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
1310 aa  221  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4626  two-component regulatory system sensor kinase  33.91 
 
 
983 aa  221  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185559  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5151  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.74 
 
 
1022 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  32.58 
 
 
785 aa  220  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  32.4 
 
 
785 aa  220  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 
1767 aa  220  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  31.38 
 
 
1287 aa  219  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0909  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
1333 aa  219  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257325  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1250  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.72 
 
 
936 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0909  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
876 aa  219  2e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.138917  normal  0.894742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 
1303 aa  218  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  41.85 
 
 
982 aa  218  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1009 aa  218  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>