158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1672 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 493 aa  1006    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.47 
 
 		 464 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  38.55 
 
 		 469 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  41.28 
 
 		 587 aa  250  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  34.72 
 
 		 495 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  35.73 
 
 		 501 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  53.49 
 
 		 236 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.26 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.8 
 
 		 477 aa  170  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  32.16 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.64 
 
 		 442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  61.61 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.42 
 
 		 471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.31 
 
 		 495 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  25.45 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  38.29 
 
 		 415 aa  117  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  44.76 
 
 		 351 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  27.36 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.37 
 
 		 373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  33.17 
 
 		 392 aa  113  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.33 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.97 
 
 		 492 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  31.55 
 
 		 444 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  27.13 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  34.46 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  25.83 
 
 		 538 aa  100  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  30.61 
 
 		 417 aa  99.8  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  32.47 
 
 		 397 aa  97.8  4e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  32.4 
 
 		 363 aa  94.4  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 511 aa  92.8  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.83 
 
 		 413 aa  88.2  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.53 
 
 		 388 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.6 
 
 		 477 aa  87.8  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  23.3 
 
 		 422 aa  87  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  27.99 
 
 		 479 aa  87  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  28.02 
 
 		 414 aa  86.7  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  31.61 
 
 		 390 aa  85.9  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 		 427 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 		 595 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 611 aa  83.6  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  33.33 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  29.11 
 
 		 547 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  31.01 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.95 
 
 		 205 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  21.83 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  30.12 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  30.12 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  29.05 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  29.21 
 
 		 364 aa  80.1  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  27.18 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  24.55 
 
 		 460 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.74 
 
 		 476 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 589 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 590 aa  73.9  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 374 aa  74.3  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  28.35 
 
 		 450 aa  73.6  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.11 
 
 		 556 aa  70.1  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  22.83 
 
 		 532 aa  70.1  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.86 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  23.27 
 
 		 633 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  27.12 
 
 		 439 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  21.86 
 
 		 577 aa  68.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.25 
 
 		 520 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  49.25 
 
 		 532 aa  68.6  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  22.45 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  30.13 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  23.98 
 
 		 557 aa  67.4  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  22.32 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 612 aa  66.6  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.99 
 
 		 528 aa  65.9  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2394  hypothetical protein  45.12 
 
 		 87 aa  65.1  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  26.04 
 
 		 490 aa  64.7  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  23.08 
 
 		 576 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.73 
 
 		 453 aa  63.2  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  23.03 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  29.26 
 
 		 429 aa  62  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  26.55 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  27.96 
 
 		 563 aa  61.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  27.96 
 
 		 561 aa  61.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  30.16 
 
 		 616 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  23.39 
 
 		 485 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  26.16 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  21.22 
 
 		 564 aa  57.4  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 		 561 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  31.45 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  22.32 
 
 		 461 aa  57  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 		 419 aa  56.6  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  31.76 
 
 		 91 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  22.53 
 
 		 388 aa  56.6  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.72 
 
 		 400 aa  55.8  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.97 
 
 		 413 aa  55.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  22.95 
 
 		 565 aa  55.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  32.99 
 
 		 1362 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  22.57 
 
 		 395 aa  54.7  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 237 aa  54.7  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.89 
 
 		 406 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  23.25 
 
 		 398 aa  54.7  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  21.13 
 
 		 557 aa  54.3  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>