217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0902 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 382 aa  762    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  52.57 
 
 		 376 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  52.3 
 
 		 376 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  53.93 
 
 		 376 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  43.75 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  43.19 
 
 		 380 aa  290  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  45.77 
 
 		 371 aa  286  5.999999999999999e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  31.39 
 
 		 388 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  29.84 
 
 		 373 aa  143  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  28.65 
 
 		 398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  32.41 
 
 		 388 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  32.3 
 
 		 388 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  29.18 
 
 		 388 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  31.27 
 
 		 389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  30.9 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  32.19 
 
 		 388 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  27.6 
 
 		 389 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  28.3 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  28.3 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  28.09 
 
 		 405 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  29.38 
 
 		 396 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  29.9 
 
 		 388 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  29.57 
 
 		 388 aa  126  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  30.58 
 
 		 389 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  28.89 
 
 		 378 aa  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  26.52 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  26.17 
 
 		 396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  27.75 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  26.05 
 
 		 416 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  25.61 
 
 		 402 aa  96.7  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  27.87 
 
 		 386 aa  94  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  24.81 
 
 		 402 aa  92  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  24.62 
 
 		 402 aa  89  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  24.73 
 
 		 399 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  22.49 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  27.98 
 
 		 443 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  26.16 
 
 		 418 aa  78.6  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  24.32 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  24.33 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  27.37 
 
 		 371 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  25.27 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  25.27 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  25.27 
 
 		 370 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  25.27 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  25.9 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  26.35 
 
 		 392 aa  70.5  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  25.13 
 
 		 495 aa  68.6  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  24.91 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.49 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  24.11 
 
 		 442 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  24.67 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  25.28 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  24.67 
 
 		 370 aa  67  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2734  permease YjgP/YjgQ family protein  22.19 
 
 		 364 aa  66.6  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  25.19 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  22.9 
 
 		 444 aa  65.1  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0698  ribonuclease PH  26.01 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.782296  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  24.26 
 
 		 358 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  31.22 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1263  permease YjgP/YjgQ  25.09 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000160031  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  29.03 
 
 		 371 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2508  permease YjgP/YjgQ family protein  33.57 
 
 		 389 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.756055 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  24.23 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1198  permease  21.2 
 
 		 359 aa  62.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00112188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  24.44 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  29.03 
 
 		 371 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  25.65 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4679  permease YjgP/YjgQ family protein  23.14 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  22.9 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  24.28 
 
 		 478 aa  60.1  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2033  permease YjgP/YjgQ family protein  24.36 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.971288 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  26.16 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  22.67 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  24.61 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0501  hypothetical protein  23.13 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.183407 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  26.15 
 
 		 358 aa  57  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1307  permease YjgP/YjgQ family protein  21.48 
 
 		 356 aa  56.2  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4390  permease YjgP/YjgQ family protein  28.48 
 
 		 391 aa  55.8  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  29.26 
 
 		 372 aa  55.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  24.66 
 
 		 391 aa  55.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1407  permease YjgP/YjgQ family protein  32.59 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.185064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  25 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1948  permease, putative  27.6 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00215493  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  25.46 
 
 		 382 aa  55.5  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  24.05 
 
 		 388 aa  54.3  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  28.57 
 
 		 354 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  23.57 
 
 		 388 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  24.56 
 
 		 370 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  24.56 
 
 		 370 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  28.64 
 
 		 402 aa  53.1  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44330  permease YjgP/YjgQ family  23.98 
 
 		 357 aa  53.1  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504882  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  28.21 
 
 		 353 aa  53.1  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  33.61 
 
 		 374 aa  53.1  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  28.07 
 
 		 363 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0309  permease YjgP/YjgQ family protein  29.73 
 
 		 417 aa  52.8  0.000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  22.68 
 
 		 389 aa  53.1  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>