More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3106 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  100 
 
 		 618 aa  1285    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4983  Rhs element Vgr protein  68.4 
 
 		 614 aa  900    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  75.93 
 
 		 618 aa  969    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  65.3 
 
 		 613 aa  848    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  62.46 
 
 		 616 aa  803    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  55.32 
 
 		 853 aa  611  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  54.62 
 
 		 851 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  46.95 
 
 		 661 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  46.95 
 
 		 661 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  47.1 
 
 		 661 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  46.79 
 
 		 661 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  47.1 
 
 		 661 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  46.95 
 
 		 661 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  47.1 
 
 		 661 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  46.95 
 
 		 661 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  45.77 
 
 		 703 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  38.17 
 
 		 683 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  37.7 
 
 		 683 aa  423  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  39.34 
 
 		 741 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  40.65 
 
 		 907 aa  404  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  40.65 
 
 		 748 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  40.83 
 
 		 774 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  40.65 
 
 		 756 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  38.43 
 
 		 741 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  40.65 
 
 		 755 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  40.65 
 
 		 788 aa  398  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2047  Rhs element Vgr protein  40.83 
 
 		 572 aa  399  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  40.3 
 
 		 730 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  38.62 
 
 		 689 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3783  Rhs element Vgr protein  40.69 
 
 		 785 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.757692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1581  Rhs element Vgr protein  39.4 
 
 		 757 aa  392  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  37.89 
 
 		 689 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2808  Rhs element Vgr protein  38.41 
 
 		 734 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  37.4 
 
 		 794 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  39.15 
 
 		 777 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  39.23 
 
 		 778 aa  385  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  35.75 
 
 		 643 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  36.12 
 
 		 646 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2865  type VI secretion system Vgr family protein  41.01 
 
 		 780 aa  381  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  37.95 
 
 		 771 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1173  Rhs element Vgr protein  38.1 
 
 		 734 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0410  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.447319  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  36.12 
 
 		 731 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  36.76 
 
 		 731 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  37.01 
 
 		 875 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0698  type VI secretion system Vgr family protein  37.12 
 
 		 792 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  36.83 
 
 		 871 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  35.89 
 
 		 741 aa  372  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0322  Rhs-family protein  33.44 
 
 		 730 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0393811 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  36.9 
 
 		 869 aa  368  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3015  Rhs element Vgr protein  35.18 
 
 		 645 aa  365  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0310  Rhs family protein  33.44 
 
 		 729 aa  364  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261642  normal  0.473286 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0319  Rhs family protein  33.28 
 
 		 729 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.946115  normal  0.027027 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2840  Rhs element Vgr protein  38.88 
 
 		 838 aa  360  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.363054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0329  Rhs family protein  34.53 
 
 		 743 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312709  normal  0.985789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0481  Rhs element Vgr protein  38.68 
 
 		 841 aa  359  6e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3347  Rhs element Vgr protein  38.68 
 
 		 841 aa  360  6e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.57735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  37.22 
 
 		 754 aa  358  1.9999999999999998e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0497  Rhs element Vgr protein  38.48 
 
 		 841 aa  358  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  35.84 
 
 		 687 aa  357  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  36.07 
 
 		 692 aa  354  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  32.32 
 
 		 618 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  39.47 
 
 		 697 aa  353  5.9999999999999994e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2357  type VI secretion system Vgr family protein  34.74 
 
 		 619 aa  351  2e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116837 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  35.01 
 
 		 692 aa  350  4e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  37.08 
 
 		 712 aa  350  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  35.28 
 
 		 709 aa  350  4e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  37.06 
 
 		 796 aa  350  5e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  37.82 
 
 		 901 aa  347  4e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  37.5 
 
 		 1981 aa  346  7e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00004  Rhs element Vgr protein, putative  35.68 
 
 		 748 aa  345  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  35.27 
 
 		 754 aa  342  1e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  37.77 
 
 		 886 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  37.04 
 
 		 975 aa  340  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0129  Rhs element Vgr protein  33.63 
 
 		 872 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176404  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1901  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1613  Rhs element Vgr protein  33.68 
 
 		 858 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2174  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  36.35 
 
 		 910 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1199  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0143  Rhs element Vgr protein  33.68 
 
 		 896 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.420233  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0166  Rhs element Vgr protein  33.68 
 
 		 930 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275346  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0912  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1703  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0251  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.628249  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  35.64 
 
 		 714 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0342  Rhs element Vgr protein  36.55 
 
 		 775 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.795549  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1281  Rhs element Vgr protein  35.88 
 
 		 676 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  35.57 
 
 		 1048 aa  334  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3024  Rhs element Vgr protein  36.33 
 
 		 725 aa  332  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.130505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  33.95 
 
 		 668 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  33.49 
 
 		 678 aa  329  8e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  36.14 
 
 		 741 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  35.75 
 
 		 724 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  36.14 
 
 		 741 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>