More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1179 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1179  rare lipoprotein A  100 
 
 		 375 aa  754    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00815633  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3152  rare lipoprotein A  91.2 
 
 		 370 aa  671    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00554597  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2966  rare lipoprotein A  63.4 
 
 		 381 aa  480  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1090  rare lipoprotein A  62.44 
 
 		 388 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.499967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3023  rare lipoprotein A  63.44 
 
 		 360 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000107975  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1199  rare lipoprotein A  65.42 
 
 		 361 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.670363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2951  rare lipoprotein A  63.17 
 
 		 360 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1851  rare lipoprotein A  63.17 
 
 		 360 aa  450  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000580444  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2993  rare lipoprotein A  52.82 
 
 		 362 aa  338  9e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000212264  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0618  rare lipoprotein A  52.82 
 
 		 362 aa  337  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00356673  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00602  minor lipoprotein  52.55 
 
 		 362 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0208162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0653  rare lipoprotein A  52.55 
 
 		 362 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000226966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00591  hypothetical protein  52.55 
 
 		 362 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0164207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0658  rare lipoprotein A  52.55 
 
 		 362 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0721  rare lipoprotein A  52.55 
 
 		 362 aa  336  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000475341  normal  0.474734 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0685  rare lipoprotein A  52.55 
 
 		 362 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.7076e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3012  rare lipoprotein A  52.28 
 
 		 362 aa  335  9e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000245758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0680  rare lipoprotein A  52.33 
 
 		 377 aa  328  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000202974  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0740  rare lipoprotein A  52.33 
 
 		 377 aa  328  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012679  normal  0.997721 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0754  rare lipoprotein A  52.33 
 
 		 377 aa  328  9e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.169021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1168  rare lipoprotein A  52.79 
 
 		 365 aa  328  1.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.107629  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0798  rare lipoprotein A  52.07 
 
 		 377 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00108325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0694  rare lipoprotein A  51.8 
 
 		 377 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004224  rare lipoprotein A precursor  44.86 
 
 		 267 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01215  hypothetical protein  43.48 
 
 		 267 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1557  rare lipoprotein A  32.33 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000368198  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0471  putative rare lipoprotein A  51.49 
 
 		 263 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420345  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1133  rare lipoprotein A  42.37 
 
 		 260 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0478677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3488  rare lipoprotein A  41.01 
 
 		 265 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000216134 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2591  rare lipoprotein A  51.16 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00126384  normal  0.496007 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0983  rare lipoprotein A  47.76 
 
 		 269 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.327643  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3338  sugar fermentation stimulation protein  44 
 
 		 297 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000024991  normal  0.0181355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2938  rare lipoprotein A  45.93 
 
 		 265 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000804744  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0241  rare lipoprotein A  31.69 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812141  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3152  rare lipoprotein A  45.93 
 
 		 260 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3711  rare lipoprotein A  40.7 
 
 		 264 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000309694  hitchhiker  0.000358046 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0696  rare lipoprotein A  39.62 
 
 		 270 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0988  rare lipoprotein A  44.78 
 
 		 280 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000365675  normal  0.010381 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1053  rare lipoprotein A  44.78 
 
 		 280 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000568388  hitchhiker  0.00641376 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01654  rare lipoprotein A  28.42 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000527551  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0852  rare lipoprotein A  47.9 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569682  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0992  rare lipoprotein A  44.78 
 
 		 280 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257721  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1089  rare lipoprotein A  38.29 
 
 		 277 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000493551  hitchhiker  0.00000747193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3320  rare lipoprotein A  38.29 
 
 		 277 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103615  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3278  rare lipoprotein A  38.29 
 
 		 277 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1165  rare lipoprotein A  44.03 
 
 		 283 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3456  rare lipoprotein A  37.71 
 
 		 277 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000968437  normal  0.0261535 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1255  rare lipoprotein A  31.93 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.994921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2075  rare lipoprotein A  30.35 
 
 		 424 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0315  rare lipoprotein A  29.91 
 
 		 394 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3108  rare lipoprotein A  32.27 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66001  normal  0.467764 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1971  rare lipoprotein A  41.81 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1713  putative rare lipoprotein A  41.18 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2872  rare lipoprotein A  40.14 
 
 		 281 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2411  rare lipoprotein A  44.93 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0823  rare lipoprotein A  52.07 
 
 		 281 aa  122  7e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0647438  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0175  rare lipoprotein A  27.63 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1506  rare lipoprotein A  38.67 
 
 		 442 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0428333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2676  rare lipoprotein A  36.21 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1244  rare lipoprotein A  29.53 
 
 		 409 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.069168 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2712  rare lipoprotein A  42.42 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.824805 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4106  hypothetical protein  47.83 
 
 		 283 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322542  normal  0.202617 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0319  rare lipoprotein A  47.37 
 
 		 186 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000762425  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1705  rare lipoprotein A  33.01 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5161  rare lipoprotein A  47.93 
 
 		 391 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2845  rare lipoprotein A  37.02 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000926657  hitchhiker  0.0000043303 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3111  rare lipoprotein A  41.57 
 
 		 315 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.829805  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0990  rare lipoprotein A family protein  31.88 
 
 		 421 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2228  rare lipoprotein A  36.73 
 
 		 194 aa  119  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1109  putative lipoprotein  40.33 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6276  rare lipoprotein A  46.49 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6925  rare lipoprotein A  47.37 
 
 		 398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0552998  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1294  rare lipoprotein A  42.6 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.347531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1548  rare lipoprotein A  44.03 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2012  rare lipoprotein A  34.27 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127741  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1579  rare lipoprotein A  30.82 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00357969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4323  rare lipoprotein A  42.68 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2972  lipoprotein A domain-containing protein  47.27 
 
 		 143 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2708  rare lipoprotein A  45.14 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0545  rare lipoprotein A  48.25 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3581  rare lipoprotein A  43.41 
 
 		 468 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0743436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0958  rare lipoprotein A family protein  31.52 
 
 		 419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.138105  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2475  hypothetical protein  45.45 
 
 		 160 aa  116  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2624  hypothetical protein  45.05 
 
 		 160 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12090  RlpA family lipoprotein  39.23 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.751179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3699  rare lipoprotein A  42.11 
 
 		 455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3390  rare lipoprotein A  42.64 
 
 		 474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.728179 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0111  rare lipoprotein A  41.43 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2633  rare lipoprotein A  46.67 
 
 		 257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2700  rare lipoprotein A  47.93 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0617  rare lipoprotein A  48.21 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0426495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3447  rare lipoprotein A  53.54 
 
 		 423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340294 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2701  rare lipoprotein A  46.09 
 
 		 312 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3795  rare lipoprotein A  49.11 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.443521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2474  rare lipoprotein A  45.93 
 
 		 195 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.379574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1995  rare lipoprotein A  39.77 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.359065  normal  0.0392025 
 
 
-
 
NC_002978  WD0496  rare lipoprotein A, putative  50.45 
 
 		 224 aa  114  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1470  rare lipoprotein A  47.83 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00612022  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1807  rare lipoprotein A  39.2 
 
 		 364 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206051  hitchhiker  0.00189733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4857  rare lipoprotein A  47.32 
 
 		 333 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292191  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>