More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3488 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3488  rare lipoprotein A  100 
 
 		 265 aa  547  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000216134 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3711  rare lipoprotein A  80.15 
 
 		 264 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000309694  hitchhiker  0.000358046 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3152  rare lipoprotein A  78.28 
 
 		 260 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2938  rare lipoprotein A  73.06 
 
 		 265 aa  392  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000804744  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0696  rare lipoprotein A  60.52 
 
 		 270 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0852  rare lipoprotein A  63.49 
 
 		 297 aa  322  4e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569682  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2872  rare lipoprotein A  53.9 
 
 		 281 aa  314  8e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232155  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3278  rare lipoprotein A  52.52 
 
 		 277 aa  307  9e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396769  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3456  rare lipoprotein A  52.52 
 
 		 277 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000968437  normal  0.0261535 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3320  rare lipoprotein A  52.16 
 
 		 277 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103615  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1089  rare lipoprotein A  52.16 
 
 		 277 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000493551  hitchhiker  0.00000747193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2591  rare lipoprotein A  55.22 
 
 		 278 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00126384  normal  0.496007 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0988  rare lipoprotein A  58.68 
 
 		 280 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000365675  normal  0.010381 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1053  rare lipoprotein A  58.68 
 
 		 280 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000568388  hitchhiker  0.00641376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0992  rare lipoprotein A  58.68 
 
 		 280 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257721  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1165  rare lipoprotein A  58.68 
 
 		 283 aa  300  2e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004224  rare lipoprotein A precursor  53.46 
 
 		 267 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1133  rare lipoprotein A  50.77 
 
 		 260 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0478677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0983  rare lipoprotein A  53.33 
 
 		 269 aa  259  5.0000000000000005e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.327643  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0471  putative rare lipoprotein A  51.24 
 
 		 263 aa  258  8e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420345  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01215  hypothetical protein  51.92 
 
 		 267 aa  256  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1713  putative rare lipoprotein A  46.26 
 
 		 293 aa  241  9e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01654  rare lipoprotein A  44.48 
 
 		 322 aa  235  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000527551  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1548  rare lipoprotein A  41.54 
 
 		 290 aa  219  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2845  rare lipoprotein A  45.28 
 
 		 311 aa  219  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000926657  hitchhiker  0.0000043303 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1557  rare lipoprotein A  43.42 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000368198  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2411  rare lipoprotein A  40.88 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2708  rare lipoprotein A  42.91 
 
 		 285 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0175  rare lipoprotein A  43.58 
 
 		 324 aa  195  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1971  rare lipoprotein A  36.55 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3338  sugar fermentation stimulation protein  37.8 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000024991  normal  0.0181355 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1518  hypothetical protein  45.61 
 
 		 273 aa  185  7e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1465  hypothetical protein  45.61 
 
 		 273 aa  183  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0265  rare lipoprotein A  43.12 
 
 		 286 aa  181  8.000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0973741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08420  Rare lipoprotein, RlpA family  38.23 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.108645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12090  RlpA family lipoprotein  46.4 
 
 		 341 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.751179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2633  rare lipoprotein A  41.44 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1386  rare lipoprotein A  57.04 
 
 		 415 aa  174  9e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.166682  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0952  rare lipoprotein A family protein  38.8 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1060  rare lipoprotein A  38.8 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1316  rare lipoprotein A  57.04 
 
 		 417 aa  174  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250086  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1109  putative lipoprotein  53.22 
 
 		 342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4362  rare lipoprotein A  61.54 
 
 		 342 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0440112  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4822  lipoprotein, rlpA family  60.84 
 
 		 342 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3447  rare lipoprotein A  42.73 
 
 		 423 aa  169  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5161  rare lipoprotein A  54.32 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4967  rare lipoprotein A  60.84 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3795  rare lipoprotein A  50 
 
 		 337 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.443521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1268  rare lipoprotein A  34.48 
 
 		 284 aa  166  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.149494  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2496  rare lipoprotein A  35.79 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0617  rare lipoprotein A  43.17 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0426495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4857  rare lipoprotein A  49.72 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04283  rare lipoprotein A  44.72 
 
 		 471 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4679  rare lipoprotein A  49.18 
 
 		 333 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362563  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4804  rare lipoprotein A family  48.63 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2537  rare lipoprotein A  39.46 
 
 		 243 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.875468  normal  0.18015 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1548  rare lipoprotein A  42.51 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.64973 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1011  rare lipoprotein A  49.03 
 
 		 352 aa  157  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3528  putative lipoprotein  51.8 
 
 		 331 aa  156  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.257959 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0111  rare lipoprotein A  43.65 
 
 		 333 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0241  rare lipoprotein A  50.35 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812141  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0315  rare lipoprotein A  41.12 
 
 		 394 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1470  rare lipoprotein A  36.97 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00612022  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0519  rare lipoprotein A  37.67 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.986094  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2968  rare lipoprotein A  35.25 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1224  lipoproteins  36.5 
 
 		 254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1244  rare lipoprotein A  48.55 
 
 		 409 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.069168 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2235  rare lipoprotein A  38.91 
 
 		 249 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3581  rare lipoprotein A  53.33 
 
 		 468 aa  143  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0743436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0458  30S ribosomal protein S16 (BS17)  48.55 
 
 		 270 aa  142  4e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1988  drug/metabolite exporter (DME) family protein  43.3 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2298  rare lipoprotein A  41.27 
 
 		 238 aa  141  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3699  rare lipoprotein A  52.5 
 
 		 455 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3390  rare lipoprotein A  52.5 
 
 		 474 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.728179 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2153  rare lipoprotein A  54.4 
 
 		 382 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3300  rare lipoprotein A  36.45 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.650023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1179  rare lipoprotein A  41.01 
 
 		 375 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00815633  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0662  rare lipoprotein A  39.15 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2675  rare lipoprotein A  36.27 
 
 		 249 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4106  hypothetical protein  53.97 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322542  normal  0.202617 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1466  rare lipoprotein A  52.9 
 
 		 279 aa  138  8.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2712  rare lipoprotein A  52.38 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.824805 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3152  rare lipoprotein A  39.67 
 
 		 370 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00554597  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3111  rare lipoprotein A  42.94 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.829805  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0655  rare lipoprotein A  37.94 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0270867  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2701  rare lipoprotein A  43.89 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2012  rare lipoprotein A  46.39 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3341  putative lipoprotein  39.89 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0362998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1579  rare lipoprotein A  54.1 
 
 		 408 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00357969  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1081  rare lipoprotein A  56.35 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.95704  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2676  rare lipoprotein A  44.58 
 
 		 314 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1506  rare lipoprotein A  50 
 
 		 442 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0428333  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0749  rare lipoprotein A  55.56 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0714634  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1353  rare lipoprotein A  55.56 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.582482  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0674  rare lipoprotein A  55.56 
 
 		 266 aa  135  9e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.391975  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0990  rare lipoprotein A family protein  53.12 
 
 		 421 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0958  rare lipoprotein A family protein  53.12 
 
 		 419 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.138105  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4315  rare lipoprotein A  42.05 
 
 		 200 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2322  rare lipoprotein A  34.1 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260351  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1456  rare lipoprotein A  38.42 
 
 		 322 aa  133  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.12367  normal  0.0142155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>