More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3111 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3111  rare lipoprotein A  100 
 
 
315 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.829805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2676  rare lipoprotein A  78.12 
 
 
314 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2712  rare lipoprotein A  76.8 
 
 
314 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.824805 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2701  rare lipoprotein A  69.59 
 
 
312 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2012  rare lipoprotein A  71.03 
 
 
312 aa  420  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127741  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4106  hypothetical protein  69.97 
 
 
283 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322542  normal  0.202617 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1466  rare lipoprotein A  61.25 
 
 
279 aa  331  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4323  rare lipoprotein A  58.8 
 
 
314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6925  rare lipoprotein A  58.18 
 
 
398 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0552998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6276  rare lipoprotein A  58.37 
 
 
394 aa  245  8e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1506  rare lipoprotein A  60.91 
 
 
442 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0428333  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3699  rare lipoprotein A  59 
 
 
455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1579  rare lipoprotein A  62.78 
 
 
408 aa  232  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00357969  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3390  rare lipoprotein A  58.5 
 
 
474 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.728179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3581  rare lipoprotein A  57.5 
 
 
468 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0743436  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0545  rare lipoprotein A  51.82 
 
 
341 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1294  rare lipoprotein A  52.38 
 
 
346 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.347531  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0990  rare lipoprotein A family protein  50.84 
 
 
421 aa  222  6e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0958  rare lipoprotein A family protein  50.84 
 
 
419 aa  222  6e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.138105  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2075  rare lipoprotein A  53.02 
 
 
424 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2153  rare lipoprotein A  50.41 
 
 
382 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1995  rare lipoprotein A  50.24 
 
 
364 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.359065  normal  0.0392025 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1807  rare lipoprotein A  50.24 
 
 
364 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206051  hitchhiker  0.00189733 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1538  rare lipoprotein A  61.11 
 
 
383 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.516723  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3108  rare lipoprotein A  62.6 
 
 
339 aa  179  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66001  normal  0.467764 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0823  rare lipoprotein A  56.72 
 
 
281 aa  171  2e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0647438  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1705  rare lipoprotein A  45.3 
 
 
367 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1456  rare lipoprotein A  50.97 
 
 
322 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.12367  normal  0.0142155 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3338  sugar fermentation stimulation protein  57.81 
 
 
297 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000024991  normal  0.0181355 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2700  rare lipoprotein A  43.44 
 
 
318 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0617  rare lipoprotein A  51.77 
 
 
332 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0426495  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4804  rare lipoprotein A family  51.77 
 
 
333 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4857  rare lipoprotein A  51.77 
 
 
333 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292191  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3711  rare lipoprotein A  42.53 
 
 
264 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000309694  hitchhiker  0.000358046 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2938  rare lipoprotein A  53.17 
 
 
265 aa  142  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000804744  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01654  rare lipoprotein A  39.5 
 
 
322 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000527551  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4679  rare lipoprotein A  50.35 
 
 
333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362563  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4967  rare lipoprotein A  50.35 
 
 
335 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2845  rare lipoprotein A  44.15 
 
 
311 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000926657  hitchhiker  0.0000043303 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2411  rare lipoprotein A  60.55 
 
 
295 aa  139  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0265  rare lipoprotein A  50.35 
 
 
286 aa  139  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0973741  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0496  rare lipoprotein A, putative  48.06 
 
 
224 aa  138  1e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3795  rare lipoprotein A  49.26 
 
 
337 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.443521  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1470  rare lipoprotein A  55.83 
 
 
282 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00612022  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1109  putative lipoprotein  48.32 
 
 
342 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3488  rare lipoprotein A  42.94 
 
 
265 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000216134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12090  RlpA family lipoprotein  48.32 
 
 
341 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.751179  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4822  lipoprotein, rlpA family  48.25 
 
 
342 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4362  rare lipoprotein A  48.25 
 
 
342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0440112  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3152  rare lipoprotein A  45.06 
 
 
260 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1548  rare lipoprotein A  54.7 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.64973 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08420  Rare lipoprotein, RlpA family  48.32 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.108645  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2537  rare lipoprotein A  49.62 
 
 
243 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.875468  normal  0.18015 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1548  rare lipoprotein A  53.28 
 
 
290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1316  rare lipoprotein A  37.96 
 
 
417 aa  130  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250086  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2496  rare lipoprotein A  53.51 
 
 
310 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2591  rare lipoprotein A  48.18 
 
 
278 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00126384  normal  0.496007 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0175  rare lipoprotein A  42.21 
 
 
324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365013  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04283  rare lipoprotein A  43.86 
 
 
471 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1386  rare lipoprotein A  39.07 
 
 
415 aa  129  8.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.166682  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0241  rare lipoprotein A  54.17 
 
 
381 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1713  putative rare lipoprotein A  50 
 
 
293 aa  129  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0983  rare lipoprotein A  50.88 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.327643  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0471  putative rare lipoprotein A  50 
 
 
263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420345  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004224  rare lipoprotein A precursor  40.36 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1557  rare lipoprotein A  44.97 
 
 
321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000368198  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1089  rare lipoprotein A  40.22 
 
 
277 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000493551  hitchhiker  0.00000747193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3320  rare lipoprotein A  40.22 
 
 
277 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103615  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3278  rare lipoprotein A  40.22 
 
 
277 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396769  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0482  rare lipoprotein A  52.54 
 
 
303 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.241212  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3447  rare lipoprotein A  55.05 
 
 
423 aa  125  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.340294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3456  rare lipoprotein A  39.66 
 
 
277 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000968437  normal  0.0261535 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2856  rare lipoprotein A  49.61 
 
 
154 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1224  lipoproteins  48.55 
 
 
254 aa  125  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2872  rare lipoprotein A  40.54 
 
 
281 aa  125  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232155  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0696  rare lipoprotein A  48.41 
 
 
270 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3528  putative lipoprotein  50.37 
 
 
331 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.257959 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0831  rare lipoprotein A  57.29 
 
 
198 aa  124  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000124271  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0315  rare lipoprotein A  51.33 
 
 
394 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0852  rare lipoprotein A  47.45 
 
 
297 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569682  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0111  rare lipoprotein A  48.76 
 
 
333 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1465  hypothetical protein  45.65 
 
 
273 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2474  rare lipoprotein A  52.07 
 
 
195 aa  123  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.379574  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3152  rare lipoprotein A  42.17 
 
 
370 aa  122  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00554597  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1518  hypothetical protein  44.93 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3300  rare lipoprotein A  46.1 
 
 
259 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.650023 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2298  rare lipoprotein A  50.43 
 
 
238 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01215  hypothetical protein  40.61 
 
 
267 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1199  rare lipoprotein A  39.41 
 
 
361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.670363  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3432  rare lipoprotein A  53.61 
 
 
251 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113167  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0988  rare lipoprotein A  48.74 
 
 
280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000365675  normal  0.010381 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1053  rare lipoprotein A  48.74 
 
 
280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000568388  hitchhiker  0.00641376 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0928  lipoprotein A family protein  54.74 
 
 
206 aa  119  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0992  rare lipoprotein A  48.74 
 
 
280 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257721  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1486  rare lipoprotein A  54.74 
 
 
206 aa  119  7e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.72104  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1179  rare lipoprotein A  41.57 
 
 
375 aa  119  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00815633  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0458  30S ribosomal protein S16 (BS17)  47.37 
 
 
270 aa  119  9e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3267  putative lipoprotein  39.25 
 
 
234 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1152  rare lipoprotein A  57.14 
 
 
335 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4315  rare lipoprotein A  52.78 
 
 
200 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>