More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0002 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 408 aa  786    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.22 
 
 		 396 aa  422  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.92 
 
 		 388 aa  412  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.28 
 
 		 386 aa  409  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.42 
 
 		 398 aa  404  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  54.22 
 
 		 398 aa  396  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.66 
 
 		 375 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.29 
 
 		 398 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.29 
 
 		 398 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  52.29 
 
 		 398 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  51.33 
 
 		 402 aa  382  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.64 
 
 		 378 aa  377  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  51.21 
 
 		 379 aa  366  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  54.68 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.12 
 
 		 408 aa  368  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.84 
 
 		 379 aa  364  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.62 
 
 		 396 aa  362  5.0000000000000005e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.82 
 
 		 378 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.04 
 
 		 380 aa  350  3e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.48 
 
 		 377 aa  343  2e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.93 
 
 		 376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 		 377 aa  341  1e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.45 
 
 		 376 aa  335  1e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  47.51 
 
 		 384 aa  333  4e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.16 
 
 		 387 aa  332  9e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.5 
 
 		 374 aa  330  4e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  45.73 
 
 		 402 aa  328  7e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.96 
 
 		 378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.01 
 
 		 374 aa  326  4.0000000000000003e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.08 
 
 		 374 aa  325  6e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  46.06 
 
 		 365 aa  325  1e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.01 
 
 		 376 aa  322  9.000000000000001e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.06 
 
 		 383 aa  321  1.9999999999999998e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.93 
 
 		 378 aa  319  6e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.23 
 
 		 380 aa  317  3e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.17 
 
 		 377 aa  316  4e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  44.6 
 
 		 379 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  45.88 
 
 		 386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  41.36 
 
 		 374 aa  291  1e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  42.96 
 
 		 364 aa  280  5e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  32.77 
 
 		 374 aa  228  2e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  34.72 
 
 		 374 aa  226  6e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  37.66 
 
 		 433 aa  220  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  38.39 
 
 		 404 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.55 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.55 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.49 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.6 
 
 		 378 aa  157  4e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.79 
 
 		 369 aa  156  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.68 
 
 		 374 aa  152  8e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  27.17 
 
 		 376 aa  152  1e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  25.24 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.73 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 		 366 aa  149  9e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  25.49 
 
 		 366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 385 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.09 
 
 		 375 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 366 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 		 366 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  26.95 
 
 		 367 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  29.86 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 		 366 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.6 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.92 
 
 		 374 aa  140  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.52 
 
 		 366 aa  140  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  29.83 
 
 		 367 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 380 aa  139  1e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.83 
 
 		 367 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.45 
 
 		 367 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.83 
 
 		 367 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  29.58 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  27.66 
 
 		 369 aa  138  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  28.02 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  28.02 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.39 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.66 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  28.83 
 
 		 394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.48 
 
 		 365 aa  137  4e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 		 366 aa  137  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 		 366 aa  137  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 		 366 aa  137  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 393 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 393 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  27.35 
 
 		 366 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>