More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0066 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0066  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 231 aa  473  1e-133  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0596195  hitchhiker  0.0096121 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1803  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.95 
 
 		 237 aa  300  1e-80  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.77 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11621  tRNA/rRNA methyltransferase  42.5 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640948  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11611  tRNA/rRNA methyltransferase  40.88 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2433  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.24 
 
 		 231 aa  111  9e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11471  tRNA/rRNA methyltransferase  34.22 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1594  SpoU rRNA methylase  36.65 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08981  tRNA/rRNA methyltransferase  35.78 
 
 		 249 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.723919 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0071  RNA methyltransferase  38.61 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.17974  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11341  tRNA/rRNA methyltransferase  38.31 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.427943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.34 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4224  TrmA family RNA methyltransferase  36.41 
 
 		 245 aa  102  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.71 
 
 		 235 aa  101  8e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1407  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.81 
 
 		 243 aa  101  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2349  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.86 
 
 		 243 aa  101  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2399  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.86 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.52 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15301  tRNA/rRNA methyltransferase  39.61 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.877523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0545  RNA methyltransferase  35.68 
 
 		 257 aa  99.4  4e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  37.63 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3875  RNA methyltransferase  36.94 
 
 		 248 aa  98.6  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250027  normal  0.0540864 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1345  RNA methyltransferase  36.84 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1137  hypothetical protein  37.2 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.836144 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1335  RNA methyltransferase  36.18 
 
 		 234 aa  96.7  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1375  RNA methyltransferase  36.48 
 
 		 243 aa  95.9  5e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0566977  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0618  RNA methyltransferase  36.18 
 
 		 234 aa  95.5  6e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.570279  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1340  RNA methyltransferase  35.53 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.34341  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0716  tRNA/rRNA methyltransferase  33.54 
 
 		 253 aa  94.4  1e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  30 
 
 		 245 aa  93.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1602  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.77 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.289024  normal  0.479369 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1009  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.1 
 
 		 251 aa  93.2  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.197865  normal  0.0384423 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  33.16 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3864  putative RNA methyltransferase  31.72 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000175162  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  38.71 
 
 		 257 aa  92  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.03 
 
 		 248 aa  92  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  38.71 
 
 		 257 aa  91.7  9e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3670  putative RNA methyltransferase  32.04 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0532  putative RNA methyltransferase  30.43 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.669488  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1301  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.45 
 
 		 249 aa  91.7  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.375594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1148  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  30.82 
 
 		 262 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  32.26 
 
 		 286 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04279  predicted rRNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04244  hypothetical protein  33.33 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.474668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5013  putative RNA methyltransferase  32.47 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.129781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5917  putative RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.579463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1949  RNA methyltransferase TrmH, group 1  30.38 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  37.95 
 
 		 287 aa  87.8  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.48 
 
 		 276 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3595  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4639  putative RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0771017  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5002  putative RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.985383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3654  putative RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.749587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4953  putative RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.396739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  35.76 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  35.76 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  35.62 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  34.07 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  30.81 
 
 		 281 aa  86.3  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  32.18 
 
 		 267 aa  86.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4951  putative RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  33.16 
 
 		 245 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.16 
 
 		 245 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  30.29 
 
 		 254 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  32.2 
 
 		 291 aa  86.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5009  putative RNA methyltransferase  32.47 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.954337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  34.78 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  32.2 
 
 		 276 aa  85.9  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  34.78 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.48 
 
 		 276 aa  85.9  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  34.78 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4923  putative RNA methyltransferase  32.47 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000405999  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  29.96 
 
 		 267 aa  85.5  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.51 
 
 		 245 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0682  putative RNA methyltransferase  32.05 
 
 		 228 aa  85.5  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000176803  normal  0.146747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  32.7 
 
 		 261 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4957  putative RNA methyltransferase  31.82 
 
 		 228 aa  85.1  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.914631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0768  RNA methyltransferase  33.97 
 
 		 232 aa  85.1  9e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00615258  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  33.94 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  32.37 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  29.41 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  30.92 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0861  RNA methyltransferase  30 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.242897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  29.83 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  28.15 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  26.99 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  28.09 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  34.44 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  31.02 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0571  putative RNA methyltransferase  32.24 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.918985  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  29.32 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  32.54 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  31.02 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  33.53 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  34.87 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  28.69 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  33.14 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.14 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  33.14 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  33.14 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>