98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2771 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  96.44 
 
 		 534 aa  1025    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  83.69 
 
 		 509 aa  833    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 534 aa  1061    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  56.99 
 
 		 502 aa  535  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  56.67 
 
 		 498 aa  526  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  58.39 
 
 		 446 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  50.72 
 
 		 522 aa  464  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  52.39 
 
 		 481 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  51.91 
 
 		 490 aa  455  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  52.13 
 
 		 490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  43.17 
 
 		 481 aa  364  2e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  46.94 
 
 		 449 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  42.69 
 
 		 480 aa  353  5.9999999999999994e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  40.18 
 
 		 473 aa  325  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  42.15 
 
 		 514 aa  317  4e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  42.02 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  39.11 
 
 		 494 aa  299  8e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  39.2 
 
 		 495 aa  298  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  39.91 
 
 		 514 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  39.91 
 
 		 514 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  39.44 
 
 		 493 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  39.34 
 
 		 492 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  35.28 
 
 		 534 aa  283  6.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  38.12 
 
 		 483 aa  279  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  38.34 
 
 		 488 aa  277  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  37.09 
 
 		 507 aa  273  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  36.45 
 
 		 478 aa  271  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  35.58 
 
 		 474 aa  270  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  36.49 
 
 		 444 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  35.68 
 
 		 502 aa  252  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  34.21 
 
 		 480 aa  178  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  26.17 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  28.11 
 
 		 447 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 		 447 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  27.91 
 
 		 447 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  26.36 
 
 		 452 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  26.36 
 
 		 454 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  26.36 
 
 		 452 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  26.36 
 
 		 454 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.47 
 
 		 510 aa  126  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  28.78 
 
 		 453 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  27.52 
 
 		 447 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  25.19 
 
 		 425 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  28.64 
 
 		 422 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  28.64 
 
 		 422 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  26.98 
 
 		 501 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  28.41 
 
 		 396 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  28.41 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.51 
 
 		 456 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.51 
 
 		 456 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  26.88 
 
 		 417 aa  113  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  25.97 
 
 		 453 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  25.57 
 
 		 453 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  25.72 
 
 		 444 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  25.72 
 
 		 444 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  27.62 
 
 		 417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  26.44 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  28.67 
 
 		 456 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  31.23 
 
 		 395 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  26.1 
 
 		 448 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 		 448 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 		 396 aa  102  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.94 
 
 		 418 aa  94.4  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  25.94 
 
 		 418 aa  94.4  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  24.16 
 
 		 476 aa  92.8  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  28.16 
 
 		 482 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  27.34 
 
 		 446 aa  93.2  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 		 485 aa  90.1  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  28.69 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  25.06 
 
 		 490 aa  79.7  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.29 
 
 		 486 aa  76.6  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  24.93 
 
 		 373 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.93 
 
 		 373 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  22.78 
 
 		 455 aa  70.9  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  22.78 
 
 		 455 aa  70.9  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  21.97 
 
 		 454 aa  70.5  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  24.64 
 
 		 492 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  25.06 
 
 		 486 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  25.63 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.46 
 
 		 481 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.46 
 
 		 494 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.46 
 
 		 486 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  22.97 
 
 		 486 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  25.18 
 
 		 484 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  23.76 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 493 aa  57  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  21.43 
 
 		 462 aa  55.8  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  24.19 
 
 		 452 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  21.9 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  21.73 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  31.65 
 
 		 710 aa  44.3  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  26.87 
 
 		 268 aa  44.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>