More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3165 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  100 
 
 
459 aa  946    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  37.18 
 
 
461 aa  291  1e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  34.82 
 
 
484 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  36.21 
 
 
520 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  32.82 
 
 
529 aa  226  6e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.81 
 
 
459 aa  219  1e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  33.66 
 
 
470 aa  213  7.999999999999999e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  34.38 
 
 
487 aa  207  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.86 
 
 
489 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  32.84 
 
 
563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  34.5 
 
 
554 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  33.6 
 
 
488 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  33.06 
 
 
556 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  33.69 
 
 
564 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.52 
 
 
441 aa  183  6e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.28 
 
 
512 aa  179  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  32.03 
 
 
441 aa  179  9e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  31.52 
 
 
471 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  32.41 
 
 
518 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.68 
 
 
564 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  32.03 
 
 
494 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  29.69 
 
 
487 aa  167  4e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  31.51 
 
 
494 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 
451 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 
552 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  31.84 
 
 
494 aa  161  3e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  31.84 
 
 
494 aa  161  3e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 
462 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  30.13 
 
 
1250 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.72 
 
 
472 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.63 
 
 
580 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  30.25 
 
 
548 aa  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.88 
 
 
484 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 
472 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.34 
 
 
534 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
503 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  29 
 
 
473 aa  147  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 
426 aa  147  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.15 
 
 
473 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.61 
 
 
472 aa  146  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.5 
 
 
520 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  27.47 
 
 
576 aa  146  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.53 
 
 
567 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  29.46 
 
 
864 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.29 
 
 
677 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.44 
 
 
535 aa  145  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 
576 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.93 
 
 
565 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 
476 aa  144  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 
569 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 
450 aa  143  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.95 
 
 
548 aa  142  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.6 
 
 
609 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.45 
 
 
502 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.53 
 
 
558 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 
506 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.9 
 
 
567 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.59 
 
 
506 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 
609 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  27.42 
 
 
553 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.81 
 
 
475 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 
506 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.86 
 
 
476 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.51 
 
 
501 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.81 
 
 
475 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 
521 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.47 
 
 
681 aa  137  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.57 
 
 
674 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.63 
 
 
545 aa  136  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.94 
 
 
608 aa  136  9e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
458 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 
524 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 
490 aa  134  3e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
476 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
583 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.15 
 
 
547 aa  133  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  28.09 
 
 
723 aa  133  6e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 
488 aa  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.12 
 
 
473 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
520 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.3 
 
 
501 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  30.2 
 
 
598 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
497 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
533 aa  132  2.0000000000000002e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  24.88 
 
 
612 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.88 
 
 
612 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.21 
 
 
608 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
528 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  27.2 
 
 
467 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.41 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.42 
 
 
501 aa  130  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.98 
 
 
566 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  28.17 
 
 
501 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 
507 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  29.97 
 
 
461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.67 
 
 
612 aa  127  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  28.08 
 
 
456 aa  127  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>