More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3396 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 319 aa  649    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  98.12 
 
 		 319 aa  637    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  73.89 
 
 		 320 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.79 
 
 		 322 aa  442  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.37 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  62.7 
 
 		 315 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  58.96 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  57.83 
 
 		 326 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 		 343 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.32 
 
 		 331 aa  295  5e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.21 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  48.71 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.63 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.67 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  46.2 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  51.34 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.91 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.54 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  51.01 
 
 		 306 aa  279  4e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 306 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  47.3 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 313 aa  278  7e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 344 aa  278  8e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  45.37 
 
 		 305 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  47.17 
 
 		 337 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.89 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 304 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  46.62 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  51.59 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  47.69 
 
 		 349 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  47.45 
 
 		 345 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 377 aa  271  9e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  47.17 
 
 		 336 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.03 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.37 
 
 		 347 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.37 
 
 		 334 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  45.94 
 
 		 334 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.39 
 
 		 321 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  46.52 
 
 		 352 aa  269  5e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  42.72 
 
 		 305 aa  269  5e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 302 aa  267  1e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.59 
 
 		 337 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  48.36 
 
 		 300 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  46.08 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  46.41 
 
 		 311 aa  266  5e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.16 
 
 		 310 aa  265  7e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.08 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  47.47 
 
 		 351 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  45.26 
 
 		 482 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 336 aa  264  2e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.83 
 
 		 356 aa  263  2e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45.36 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  48.43 
 
 		 349 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.79 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  45.99 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 343 aa  263  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  45.45 
 
 		 343 aa  262  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  47.65 
 
 		 341 aa  262  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.32 
 
 		 348 aa  261  1e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.46 
 
 		 326 aa  260  3e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  44.27 
 
 		 346 aa  259  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.51 
 
 		 332 aa  259  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.17 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  48.08 
 
 		 342 aa  259  6e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.96 
 
 		 296 aa  259  6e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  47.9 
 
 		 376 aa  258  8e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.23 
 
 		 308 aa  258  9e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.61 
 
 		 301 aa  258  9e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.04 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.37 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.04 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.04 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.04 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.37 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.04 
 
 		 302 aa  256  5e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.37 
 
 		 302 aa  255  8e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 347 aa  254  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.35 
 
 		 347 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  43.71 
 
 		 302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  43.38 
 
 		 391 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.26 
 
 		 296 aa  253  4.0000000000000004e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  45.91 
 
 		 342 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 314 aa  253  4.0000000000000004e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.43 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  43.61 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.84 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  44.92 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 		 310 aa  250  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43.73 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  41.96 
 
 		 321 aa  249  5e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  44.55 
 
 		 324 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.19 
 
 		 312 aa  248  7e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.21 
 
 		 329 aa  248  1e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.59 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>