More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0305 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0305  OmpA/MotB domain protein  100 
 
 		 169 aa  337  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.270512  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  49.04 
 
 		 374 aa  105  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2727  OmpA/MotB  44.34 
 
 		 398 aa  104  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  53 
 
 		 429 aa  103  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1570  OmpA/MotB domain-containing protein  40.62 
 
 		 498 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583575 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1035  OmpA/MotB domain protein  48.11 
 
 		 360 aa  103  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  45.54 
 
 		 466 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5600  OmpA/MotB domain protein  44.34 
 
 		 537 aa  102  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.372086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  47.52 
 
 		 333 aa  99  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  45.54 
 
 		 454 aa  97.4  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4257  OmpA/MotB  33.8 
 
 		 215 aa  96.7  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  46 
 
 		 468 aa  96.3  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2107  OmpA/MotB domain-containing protein  45.19 
 
 		 417 aa  95.9  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.425223  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  46.53 
 
 		 333 aa  96.3  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0753  outer membrane protein, OmpA family  38.79 
 
 		 222 aa  95.5  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0070  OmpA/MotB domain protein  42.86 
 
 		 458 aa  95.1  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.870169 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 		 459 aa  95.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 		 459 aa  95.1  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2385  OmpA/MotB domain protein  45.19 
 
 		 416 aa  94.7  5e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  45 
 
 		 466 aa  94  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  40.5 
 
 		 440 aa  94  9e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0914  OmpA/MotB  39.25 
 
 		 368 aa  92.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.412467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1731  OmpA/MotB domain protein  42.86 
 
 		 623 aa  92.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.134193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0746  V-type H(+)-translocating pyrophosphatase  42.45 
 
 		 890 aa  92  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.34227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  47 
 
 		 447 aa  92.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  43.81 
 
 		 321 aa  92  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  44.12 
 
 		 209 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  44.12 
 
 		 209 aa  90.9  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  45 
 
 		 457 aa  90.9  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6933  OmpA/MotB domain protein  41.12 
 
 		 630 aa  91.3  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1209  OmpA/MotB domain-containing protein  44.12 
 
 		 369 aa  90.9  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.469659  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4115  OmpA/MotB domain protein  38.69 
 
 		 525 aa  90.9  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1016  OmpA/MotB domain protein  43.14 
 
 		 217 aa  90.5  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000464743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4901  hypothetical protein  43.81 
 
 		 1987 aa  90.5  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.958107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  42.06 
 
 		 218 aa  90.5  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  41.58 
 
 		 434 aa  90.1  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0280  OmpA/MotB domain-containing protein  39.42 
 
 		 215 aa  90.5  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0488759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3482  OmpA/MotB family outer membrane protein  43.14 
 
 		 217 aa  90.5  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2185  outer membrane protein  42.86 
 
 		 694 aa  90.5  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.138653 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03402  predicted outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0160  OmpA/MotB domain protein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4028  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 220 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0388504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0164  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1563  OmpA/MotB domain protein  42.06 
 
 		 231 aa  89.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398665  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4928  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3840  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 220 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  43.4 
 
 		 230 aa  89.4  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3974  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.4  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3924  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 220 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.835288 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4047  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03353  hypothetical protein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0697  OmpA/MotB domain-containing protein  39.37 
 
 		 487 aa  89.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3873  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3968  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 220 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3859  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 220 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3753  putative outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 		 219 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4333  porin  37.93 
 
 		 221 aa  89  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  44.23 
 
 		 344 aa  89  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  42.31 
 
 		 344 aa  89  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3975  OmpA/MotB domain protein  41.35 
 
 		 1026 aa  89  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0116692  normal  0.107099 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0218  OmpA/MotB domain-containing protein  43.27 
 
 		 642 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3037  OmpA/MotB domain protein  40.95 
 
 		 432 aa  88.2  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  41.18 
 
 		 209 aa  88.2  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3522  OmpA/MotB domain-containing protein  41.12 
 
 		 270 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  43.27 
 
 		 344 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  36.8 
 
 		 401 aa  87.8  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2084  OmpA/MotB domain-containing protein  44.66 
 
 		 337 aa  87.8  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000772765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0753  OmpA domain-containing protein  41.12 
 
 		 464 aa  87.4  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.767935 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 		 376 aa  87.4  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0285  hypothetical protein  41.58 
 
 		 364 aa  87.4  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000131916  decreased coverage  0.000000274042 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0019  OmpA/MotB domain-containing protein  35.4 
 
 		 510 aa  87.4  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0746655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2441  OmpA/MotB domain-containing protein  40.19 
 
 		 215 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000422184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5107  OmpA/MotB domain protein  40.95 
 
 		 673 aa  87  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0634849 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1825  OmpA/MotB  40.19 
 
 		 215 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000764276  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2436  OmpA/MotB domain-containing protein  40.19 
 
 		 215 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140056  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5036  ompA family protein  37.74 
 
 		 222 aa  85.9  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1284  OmpA/MotB domain protein  39.1 
 
 		 456 aa  85.9  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3730  OmpA/MotB domain protein  42.31 
 
 		 440 aa  86.3  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1944  OmpA/MotB domain protein  42.31 
 
 		 445 aa  86.3  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000859012 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0858  OmpA/MotB domain-containing protein  40.19 
 
 		 214 aa  86.3  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000645517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0631  OmpA/MotB  43.27 
 
 		 463 aa  86.3  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04793  OmpA family protein  41.12 
 
 		 241 aa  86.3  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188001  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0354  OmpA/MotB domain-containing protein  40 
 
 		 236 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  40.37 
 
 		 326 aa  86.3  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1671  OmpA/MotB domain-containing protein  39.05 
 
 		 229 aa  85.9  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1995  OmpA/MotB domain-containing protein  41.18 
 
 		 388 aa  85.5  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000205838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  41.35 
 
 		 351 aa  85.5  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5767  OmpA/MotB family protein  39.25 
 
 		 214 aa  85.5  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00312455  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1782  OmpA/MotB domain-containing protein  39.25 
 
 		 288 aa  85.5  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000133592  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2146  OmpA/MotB domain-containing protein  38.68 
 
 		 218 aa  85.5  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.47635  normal  0.386424 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3825  OmpA/MotB domain-containing protein  44.95 
 
 		 729 aa  85.5  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  41.35 
 
 		 210 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2768  OmpA/MotB  41.18 
 
 		 294 aa  85.1  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.961309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5086  OmpA/MotB domain protein  44.12 
 
 		 533 aa  85.5  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  44.76 
 
 		 543 aa  85.1  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  40.95 
 
 		 417 aa  85.1  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2320  OmpA/MotB domain protein  40.38 
 
 		 331 aa  85.1  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2454  outer membrane protein  43.14 
 
 		 402 aa  84.7  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1255  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins-like  41.18 
 
 		 422 aa  84.7  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.201684  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2141  outer membrane protein  35.85 
 
 		 510 aa  84.7  5e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.496848  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>