More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1486 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 579 aa  1124    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  63.72 
 
 		 631 aa  611  9.999999999999999e-175  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  46.62 
 
 		 572 aa  410  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  46.14 
 
 		 591 aa  402  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.46 
 
 		 567 aa  397  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.16 
 
 		 568 aa  390  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.83 
 
 		 573 aa  372  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  43.42 
 
 		 573 aa  373  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.45 
 
 		 571 aa  375  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  42.86 
 
 		 566 aa  373  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 		 565 aa  360  4e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  46.14 
 
 		 588 aa  353  2.9999999999999997e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.11 
 
 		 566 aa  348  1e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  42.66 
 
 		 592 aa  346  6e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  42.73 
 
 		 577 aa  338  9.999999999999999e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.53 
 
 		 580 aa  335  1e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.09 
 
 		 544 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  41.62 
 
 		 556 aa  327  5e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 		 595 aa  317  5e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  40.35 
 
 		 568 aa  311  2e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.35 
 
 		 568 aa  311  2e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 		 568 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  41.13 
 
 		 536 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.28 
 
 		 566 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.28 
 
 		 566 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.28 
 
 		 566 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.51 
 
 		 535 aa  301  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 578 aa  298  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 		 559 aa  296  9e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.9 
 
 		 525 aa  285  2.0000000000000002e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 		 575 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  39.75 
 
 		 578 aa  280  7e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.96 
 
 		 543 aa  273  9e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  37.48 
 
 		 573 aa  257  4e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  35.05 
 
 		 549 aa  256  8e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 		 568 aa  253  7e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 		 535 aa  248  2e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  36.67 
 
 		 543 aa  247  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 		 590 aa  240  5e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 571 aa  219  7.999999999999999e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  38.52 
 
 		 401 aa  194  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 		 550 aa  188  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  40.43 
 
 		 673 aa  159  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  35.19 
 
 		 391 aa  155  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  40.81 
 
 		 795 aa  155  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  38.99 
 
 		 392 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  43.08 
 
 		 535 aa  146  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  30.23 
 
 		 635 aa  143  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 		 409 aa  142  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  34.32 
 
 		 385 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.21 
 
 		 456 aa  134  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 		 421 aa  110  9.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  38.65 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  30.79 
 
 		 851 aa  103  9e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5541  sensor histidine kinase, putative  22.66 
 
 		 523 aa  103  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.54 
 
 		 665 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5201  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 393 aa  102  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.849708 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5592  sensor histidine kinase  22.66 
 
 		 523 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0341  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 725 aa  100  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0143238  hitchhiker  0.0051816 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5109  sensor histidine kinase  22.52 
 
 		 523 aa  99.4  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5092  two-component sensor protein  22.46 
 
 		 523 aa  98.6  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1296  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.08 
 
 		 386 aa  98.6  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5507  sensor histidine kinase  22.46 
 
 		 523 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  31.82 
 
 		 828 aa  97.4  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  22.64 
 
 		 523 aa  97.1  9e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5416  sensor histidine kinase  22.4 
 
 		 516 aa  95.9  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 		 464 aa  95.5  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1421  ATPase domain-containing protein  34.67 
 
 		 484 aa  95.1  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.595659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5536  sensor histidine kinase  22.66 
 
 		 523 aa  94  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 		 545 aa  93.6  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 544 aa  94  8e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 		 682 aa  93.6  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.790064  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 545 aa  90.9  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 373 aa  89  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0022  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 		 487 aa  88.2  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000238684 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1285  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 		 742 aa  88.6  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.57 
 
 		 352 aa  87.8  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1992  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 		 574 aa  87.8  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0873865  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3651  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 		 345 aa  87  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.375417  normal  0.773266 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3079  histidine kinase  32.68 
 
 		 223 aa  87  9e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2047  sensor histidine kinase  26.85 
 
 		 372 aa  86.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.362734  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2612  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4486  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.59 
 
 		 582 aa  85.5  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4870  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 		 566 aa  86.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125677  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2045  sensor histidine kinase  26.85 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2264  sensor histidine kinase  27.34 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.361221  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2108  sensor histidine kinase  27.24 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18330  histidine kinase  33.02 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0693  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 		 474 aa  84  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0974  putative signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 		 584 aa  84  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.575526  normal  0.658515 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8244  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.98 
 
 		 357 aa  83.2  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.249642 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2292  sensor histidine kinase  26.95 
 
 		 365 aa  83.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 552 aa  83.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4606  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 417 aa  83.2  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0890367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2289  sensor histidine kinase  26.46 
 
 		 372 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.25894e-17 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02210  signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 372 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6138  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.45 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.278868  normal  0.229544 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5200  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 		 695 aa  82.4  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>