137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0017 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  100 
 
 
962 aa  1902  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  48.24 
 
 
943 aa  737  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  37.18 
 
 
968 aa  441  1e-122  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  35.87 
 
 
965 aa  432  1e-119  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  37.23 
 
 
922 aa  422  1e-116  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.77 
 
 
970 aa  418  1e-115  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  31.49 
 
 
948 aa  414  1e-114  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  37.97 
 
 
1540 aa  411  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  35.82 
 
 
918 aa  396  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  36.63 
 
 
986 aa  373  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  32.65 
 
 
944 aa  358  3e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  2.46489e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  31.13 
 
 
854 aa  323  1e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  37.24 
 
 
929 aa  310  1e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  33.46 
 
 
899 aa  307  5e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  29.92 
 
 
887 aa  304  5e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  33.21 
 
 
905 aa  303  9e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  34.56 
 
 
901 aa  293  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.59 
 
 
885 aa  291  6e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  32.04 
 
 
919 aa  286  1e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  34.06 
 
 
832 aa  285  3e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  31.57 
 
 
879 aa  269  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  32 
 
 
927 aa  267  6e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.12 
 
 
944 aa  264  7e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  29.38 
 
 
908 aa  263  9e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.87 
 
 
971 aa  259  1e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  29.43 
 
 
854 aa  245  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  29.49 
 
 
899 aa  236  1e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  30.27 
 
 
883 aa  235  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  28.43 
 
 
888 aa  231  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  28.43 
 
 
888 aa  230  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  28.27 
 
 
888 aa  230  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  29.97 
 
 
860 aa  228  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  29.24 
 
 
921 aa  218  3e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  31.04 
 
 
906 aa  217  8e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.24 
 
 
892 aa  213  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  30.14 
 
 
837 aa  213  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  31.29 
 
 
933 aa  209  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  28.24 
 
 
915 aa  205  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  29.95 
 
 
908 aa  203  1e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  30.42 
 
 
912 aa  203  1e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  27.71 
 
 
823 aa  202  2e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  29.44 
 
 
904 aa  202  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  30.93 
 
 
897 aa  200  9e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  28.19 
 
 
899 aa  199  2e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  30.32 
 
 
871 aa  198  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  28.77 
 
 
899 aa  199  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  28.14 
 
 
885 aa  198  4e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  30 
 
 
907 aa  195  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  28.76 
 
 
912 aa  195  4e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.9 
 
 
860 aa  193  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.37 
 
 
897 aa  192  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  27.69 
 
 
887 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  27.45 
 
 
887 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  29 
 
 
892 aa  172  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  35.84 
 
 
594 aa  169  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.21 
 
 
876 aa  164  5e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  30.72 
 
 
701 aa  161  7e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.85 
 
 
920 aa  158  5e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  32.36 
 
 
897 aa  155  3e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  28.78 
 
 
868 aa  147  8e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  30.32 
 
 
881 aa  147  8e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.06 
 
 
885 aa  147  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  27.8 
 
 
887 aa  136  2e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  28.55 
 
 
871 aa  130  2e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  22 
 
 
737 aa  129  2e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  31.51 
 
 
888 aa  125  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  28.49 
 
 
857 aa  117  9e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  26.56 
 
 
778 aa  112  4e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  28.3 
 
 
729 aa  109  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  28.4 
 
 
795 aa  109  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  25.55 
 
 
750 aa  107  8e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  28.64 
 
 
779 aa  107  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  30.83 
 
 
783 aa  105  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  25.36 
 
 
804 aa  102  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  31.3 
 
 
456 aa  100  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  26.85 
 
 
750 aa  100  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  31.22 
 
 
801 aa  97.8  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  22.22 
 
 
764 aa  95.9  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  24.57 
 
 
763 aa  95.9  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  21.87 
 
 
744 aa  95.1  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23408e-07 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  26.36 
 
 
917 aa  92  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  30.04 
 
 
1027 aa  92  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  27.59 
 
 
781 aa  91.3  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.22 
 
 
736 aa  90.5  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  24.44 
 
 
741 aa  90.1  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  25.06 
 
 
827 aa  87.8  1e-15  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  30.52 
 
 
566 aa  86.3  2e-15  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  29.22 
 
 
775 aa  85.9  3e-15  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  22.5 
 
 
762 aa  84.3  9e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  20.73 
 
 
729 aa  83.2  2e-14  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  22.75 
 
 
741 aa  81.3  8e-14  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  21.54 
 
 
726 aa  79.3  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  38.98 
 
 
873 aa  70.9  1e-10  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  30.43 
 
 
811 aa  69.3  3e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  21.43 
 
 
807 aa  69.7  3e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  29.52 
 
 
791 aa  68.2  8e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  36.84 
 
 
780 aa  67.8  9e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  38.1 
 
 
799 aa  67.4  1e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  22.18 
 
 
784 aa  65.1  6e-09  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  22.51 
 
 
836 aa  64.3  1e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>