More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH_0774 on replicon NC_007799
Organism: Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
307 aa  613  1e-175  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  75.65 
 
 
308 aa  479  1e-134  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  44.33 
 
 
307 aa  250  2e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.44 
 
 
348 aa  175  7e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.75 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  33.02 
 
 
346 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  29.28 
 
 
468 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  33.12 
 
 
346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  29.28 
 
 
468 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.54 
 
 
320 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  30.36 
 
 
469 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  35.89 
 
 
333 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  30.03 
 
 
457 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  29.74 
 
 
446 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  35.54 
 
 
333 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  34.15 
 
 
318 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.37 
 
 
354 aa  159  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  35.19 
 
 
333 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  29.93 
 
 
471 aa  159  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.02 
 
 
330 aa  158  8e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.55 
 
 
368 aa  158  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.15 
 
 
318 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.15 
 
 
332 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.66 
 
 
348 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.13 
 
 
458 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 
330 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.89 
 
 
330 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  30.46 
 
 
501 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  31.92 
 
 
329 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  30.62 
 
 
325 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.87 
 
 
327 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  30.32 
 
 
326 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  30.72 
 
 
330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.65 
 
 
326 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  30.56 
 
 
412 aa  150  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  33.66 
 
 
330 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  31.17 
 
 
405 aa  150  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.92 
 
 
315 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  30.46 
 
 
453 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  29.8 
 
 
455 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  30.72 
 
 
348 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.17 
 
 
327 aa  149  6e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.04 
 
 
318 aa  149  6e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  30.13 
 
 
444 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.87 
 
 
305 aa  149  8e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.67 
 
 
315 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  32.61 
 
 
316 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  32.61 
 
 
334 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.81 
 
 
330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  31.32 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.77 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.67 
 
 
318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  30.15 
 
 
349 aa  146  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.75 
 
 
436 aa  146  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.58 
 
 
339 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.45 
 
 
314 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  32.03 
 
 
278 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  26.32 
 
 
364 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  29.61 
 
 
411 aa  142  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  31.15 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  29.66 
 
 
317 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  30.48 
 
 
324 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  31.15 
 
 
334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  31.15 
 
 
334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  32.26 
 
 
329 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  29.84 
 
 
315 aa  139  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  29.9 
 
 
318 aa  139  8.999999999999999e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  30.67 
 
 
323 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  36.77 
 
 
226 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 
353 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.86 
 
 
316 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  30.84 
 
 
334 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  29.43 
 
 
312 aa  135  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.25 
 
 
315 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  29.58 
 
 
343 aa  135  9e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.38 
 
 
331 aa  135  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.8 
 
 
328 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.58 
 
 
338 aa  134  3e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  35 
 
 
264 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  29.94 
 
 
318 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.87 
 
 
352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.77 
 
 
323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  29.75 
 
 
344 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.87 
 
 
327 aa  132  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  29.17 
 
 
312 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  29.84 
 
 
313 aa  132  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  30.03 
 
 
341 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.39 
 
 
319 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  29.43 
 
 
344 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 
325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  30.75 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.84 
 
 
300 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.16 
 
 
326 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  31.56 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.52 
 
 
333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  29.6 
 
 
346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>