118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_5859 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  77.89 
 
 		 585 aa  877    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 584 aa  1202    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  52.39 
 
 		 612 aa  581  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  52.2 
 
 		 571 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  48.82 
 
 		 547 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  41.89 
 
 		 575 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  44.5 
 
 		 589 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  41.61 
 
 		 611 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  39.87 
 
 		 633 aa  375  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  40.86 
 
 		 563 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  40.86 
 
 		 561 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  39.71 
 
 		 616 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  37.52 
 
 		 577 aa  363  7.0000000000000005e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  37.81 
 
 		 561 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  33.63 
 
 		 557 aa  274  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  34.33 
 
 		 576 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.8 
 
 		 575 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.27 
 
 		 565 aa  255  2.0000000000000002e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  33.39 
 
 		 578 aa  233  6e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  30.05 
 
 		 590 aa  229  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  33.45 
 
 		 564 aa  217  4e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  31.02 
 
 		 565 aa  204  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  34.75 
 
 		 597 aa  190  5.999999999999999e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  33.25 
 
 		 398 aa  186  9e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 		 556 aa  181  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  27.77 
 
 		 557 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.16 
 
 		 572 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  46.47 
 
 		 360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  43.86 
 
 		 436 aa  139  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.86 
 
 		 532 aa  138  3.0000000000000003e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.57 
 
 		 528 aa  136  9e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.85 
 
 		 471 aa  134  5e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.17 
 
 		 447 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  39.68 
 
 		 386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  42.24 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  37.38 
 
 		 442 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  32.22 
 
 		 429 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.64 
 
 		 520 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.47 
 
 		 238 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.79 
 
 		 423 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  34.39 
 
 		 451 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  24.9 
 
 		 538 aa  106  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  32.8 
 
 		 368 aa  91.3  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.94 
 
 		 401 aa  91.3  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.65 
 
 		 477 aa  90.1  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.75 
 
 		 237 aa  90.1  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.18 
 
 		 495 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.02 
 
 		 441 aa  86.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.09 
 
 		 492 aa  84  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  31.15 
 
 		 419 aa  83.2  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  29.08 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  31.87 
 
 		 405 aa  80.9  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  21.96 
 
 		 490 aa  80.5  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  29.93 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.75 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.14 
 
 		 514 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  28.06 
 
 		 323 aa  76.3  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.98 
 
 		 433 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 511 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  24.68 
 
 		 479 aa  75.5  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  53.52 
 
 		 86 aa  74.7  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  31.14 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 426 aa  73.2  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  36.36 
 
 		 151 aa  72.8  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.32 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.04 
 
 		 419 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.04 
 
 		 419 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 		 390 aa  66.2  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.49 
 
 		 464 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  26.47 
 
 		 501 aa  62  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.35 
 
 		 642 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30 
 
 		 458 aa  60.1  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  21.49 
 
 		 495 aa  59.3  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  22.77 
 
 		 547 aa  59.3  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  27.63 
 
 		 180 aa  59.3  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  31.33 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 587 aa  57.4  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.79 
 
 		 444 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 454 aa  55.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  21.28 
 
 		 407 aa  55.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.05 
 
 		 394 aa  55.5  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3440  N-6 DNA methylase  25.97 
 
 		 629 aa  55.5  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000836739  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  18.76 
 
 		 476 aa  54.3  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 		 402 aa  54.3  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  33.04 
 
 		 595 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 457 aa  53.1  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 433 aa  53.5  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  25 
 
 		 459 aa  53.5  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3246  hypothetical protein  33.93 
 
 		 454 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  64.1 
 
 		 460 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.44 
 
 		 419 aa  51.2  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  36.36 
 
 		 450 aa  50.8  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  65.79 
 
 		 532 aa  51.2  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  23.24 
 
 		 483 aa  50.4  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0285  N-6 DNA methylase  27.82 
 
 		 634 aa  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 290 aa  48.9  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>