81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3127 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  100 
 
 
462 aa  941  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  67.99 
 
 
728 aa  435  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  52.6 
 
 
719 aa  342  8e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  53.7 
 
 
614 aa  338  1e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  52.88 
 
 
322 aa  330  4e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  30.33 
 
 
747 aa  207  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0164  peptidase M56 BlaR1  43.91 
 
 
210 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.285582  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  41.36 
 
 
754 aa  164  4e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  30.67 
 
 
302 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  24.68 
 
 
647 aa  131  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  30.67 
 
 
442 aa  125  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  28.38 
 
 
750 aa  119  9e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  25.93 
 
 
858 aa  116  7e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1474  hypothetical protein  81.33 
 
 
81 aa  116  8e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  32.4 
 
 
617 aa  112  2e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  25.82 
 
 
465 aa  106  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  28.87 
 
 
397 aa  104  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  30.29 
 
 
404 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  24.61 
 
 
619 aa  99  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  25.8 
 
 
562 aa  96.3  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  21.47 
 
 
640 aa  94.4  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  22.16 
 
 
632 aa  91.7  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  22.16 
 
 
629 aa  91.3  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  22.16 
 
 
629 aa  91.3  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  27.37 
 
 
585 aa  89  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  27.37 
 
 
585 aa  89  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  27.37 
 
 
585 aa  89  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  26.13 
 
 
405 aa  82  2e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  27.49 
 
 
417 aa  81.6  3e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  23.92 
 
 
632 aa  80.5  6e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  28.33 
 
 
403 aa  80.1  9e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  32.89 
 
 
361 aa  77  6e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  23.14 
 
 
589 aa  77.4  6e-13  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  28.04 
 
 
671 aa  73.6  7e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  25.34 
 
 
596 aa  72.4  2e-11  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1355  peptidase M56 BlaR1  28.29 
 
 
519 aa  70.9  5e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  32.09 
 
 
299 aa  70.5  6e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  27.5 
 
 
423 aa  66.2  1e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  28.39 
 
 
598 aa  66.2  1e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  25.11 
 
 
413 aa  64.7  3e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  36.07 
 
 
581 aa  65.1  3e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1843  hypothetical protein  31.78 
 
 
319 aa  64.3  4e-09  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.17396  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  28.05 
 
 
467 aa  63.9  5e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  22.95 
 
 
557 aa  62  2e-08  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  26.3 
 
 
541 aa  62.4  2e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2185  transporter, putative  28.92 
 
 
438 aa  61.6  2e-08  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0288  peptidase M56 BlaR1  28.14 
 
 
651 aa  62  2e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.139173  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0433  hypothetical protein  29.41 
 
 
313 aa  61.2  3e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3210  peptidase M56, BlaR1  26.54 
 
 
672 aa  60.8  4e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4383  TonB domain/peptidase M56 domain-containing protein  29.22 
 
 
700 aa  59.7  1e-07  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2141  peptidase M23B  32.54 
 
 
649 aa  58.9  2e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.506727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5199  peptidase M56 BlaR1  34.65 
 
 
477 aa  57.4  5e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  25.46 
 
 
590 aa  57.4  5e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2640  TonB family protein  34.57 
 
 
447 aa  56.6  8e-07  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.120192  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1288  peptidase M56 BlaR1  23.76 
 
 
647 aa  55.8  1e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.778723  normal  0.21473 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0209  peptidase M56, BlaR1  22.83 
 
 
660 aa  55.8  2e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5967  peptidase M56 BlaR1  27.11 
 
 
621 aa  54.7  4e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.627257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3722  peptidase M56 BlaR1  32.94 
 
 
631 aa  54.7  4e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.616369  normal  0.219221 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2059  hypothetical protein  30.82 
 
 
203 aa  53.9  5e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0850085  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1016  peptidase M56 BlaR1  25.75 
 
 
379 aa  53.5  8e-06  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.196488  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3888  peptidase M56, BlaR1  32.23 
 
 
631 aa  53.1  9e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5187  peptidase M56 BlaR1  29.27 
 
 
750 aa  53.1  1e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336784  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2771  peptidase M56, BlaR1  25.49 
 
 
515 aa  53.1  1e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0768816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1836  peptidase M56 BlaR1  25.98 
 
 
524 aa  52.8  1e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07465  hypothetical protein  27.05 
 
 
563 aa  51.6  3e-05  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3733  peptidase M56 BlaR1  27.38 
 
 
596 aa  51.6  3e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.394398  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4715  peptidase M56 BlaR1  20.3 
 
 
465 aa  50.1  8e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0923928  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5135  peptidase M56 BlaR1  25.47 
 
 
529 aa  50.1  8e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0670655  normal  0.0929527 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  27.01 
 
 
585 aa  49.7  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  23.74 
 
 
585 aa  49.3  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  31.48 
 
 
585 aa  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2769  peptidase M56, BlaR1  22.22 
 
 
601 aa  48.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158209  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4940  peptidase M56 BlaR1  27.04 
 
 
583 aa  47  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3134  BlaR1 peptidase M56 domain protein  26.32 
 
 
381 aa  46.6  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  34.88 
 
 
405 aa  46.2  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0676  peptidase M23B  28.16 
 
 
482 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3668  peptidase M56 BlaR1  33.67 
 
 
509 aa  45.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6521  TonB family protein  26.87 
 
 
413 aa  45.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.829855  normal  0.244151 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07981  TonB  24.4 
 
 
467 aa  45.8  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.347175  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2323  penicillin binding protein  56.72 
 
 
72 aa  44.7  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07781  hypothetical protein  23.94 
 
 
624 aa  43.5  0.007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>