60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1590 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  100 
 
 		 754 aa  1561    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  34.12 
 
 		 462 aa  171  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  33.86 
 
 		 728 aa  156  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  31.05 
 
 		 719 aa  152  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  32.72 
 
 		 322 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  30.4 
 
 		 614 aa  146  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  31.08 
 
 		 442 aa  119  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  27.16 
 
 		 858 aa  115  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  25.15 
 
 		 397 aa  94  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  31.94 
 
 		 302 aa  93.6  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  23.44 
 
 		 617 aa  90.9  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  25.66 
 
 		 747 aa  88.2  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  25.57 
 
 		 647 aa  85.1  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  26.51 
 
 		 465 aa  79.3  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  23.84 
 
 		 750 aa  79  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  25.6 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0164  peptidase M56 BlaR1  25.67 
 
 		 210 aa  70.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.285582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1355  peptidase M56 BlaR1  25.45 
 
 		 519 aa  70.1  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  22.83 
 
 		 619 aa  70.1  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  21.88 
 
 		 585 aa  65.5  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  21.88 
 
 		 585 aa  65.5  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  21.88 
 
 		 585 aa  65.5  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  23.08 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  22.38 
 
 		 562 aa  64.7  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  24.48 
 
 		 417 aa  63.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  23.29 
 
 		 596 aa  63.5  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  29.79 
 
 		 632 aa  63.5  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2185  transporter, putative  27.04 
 
 		 438 aa  63.9  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  21.48 
 
 		 640 aa  62  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  25.11 
 
 		 423 aa  61.2  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  23.08 
 
 		 671 aa  61.2  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  23.2 
 
 		 632 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4940  peptidase M56 BlaR1  27.75 
 
 		 583 aa  58.9  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0209  peptidase M56, BlaR1  22.73 
 
 		 660 aa  58.2  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  22.88 
 
 		 629 aa  58.2  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  22.88 
 
 		 629 aa  58.2  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  26.92 
 
 		 361 aa  56.2  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1836  peptidase M56 BlaR1  24 
 
 		 524 aa  55.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  28.24 
 
 		 598 aa  54.7  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  24.05 
 
 		 589 aa  53.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3587  hypothetical protein  25.19 
 
 		 1122 aa  52.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479804  normal  0.0414977 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  30 
 
 		 581 aa  52.8  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0288  peptidase M56 BlaR1  25.67 
 
 		 651 aa  52.8  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.139173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  24.84 
 
 		 299 aa  52  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4715  peptidase M56 BlaR1  30.84 
 
 		 465 aa  52  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0923928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  26.17 
 
 		 590 aa  52  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3210  peptidase M56, BlaR1  24.89 
 
 		 672 aa  52  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6521  TonB family protein  30 
 
 		 413 aa  48.9  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.829855  normal  0.244151 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3888  peptidase M56, BlaR1  27.72 
 
 		 631 aa  49.3  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5187  peptidase M56 BlaR1  20.51 
 
 		 750 aa  49.3  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3722  peptidase M56 BlaR1  27.22 
 
 		 631 aa  48.5  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.616369  normal  0.219221 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1288  peptidase M56 BlaR1  22.73 
 
 		 647 aa  48.1  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.778723  normal  0.21473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  24.06 
 
 		 403 aa  47.4  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  28.03 
 
 		 557 aa  47.4  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2141  peptidase M23B  30.5 
 
 		 649 aa  46.6  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.506727 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07781  hypothetical protein  22.45 
 
 		 624 aa  45.8  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  30.69 
 
 		 541 aa  45.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2771  peptidase M56, BlaR1  22.7 
 
 		 515 aa  44.3  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0768816  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3668  peptidase M56 BlaR1  25.58 
 
 		 509 aa  43.9  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5135  peptidase M56 BlaR1  23.53 
 
 		 529 aa  43.9  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0670655  normal  0.0929527 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>