111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SEA0004 on replicon NC_006663
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  88.55 
 
 		 585 aa  993    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  100 
 
 		 585 aa  1184    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  95.21 
 
 		 585 aa  1079    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  94.81 
 
 		 405 aa  751    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  34.4 
 
 		 585 aa  324  3e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  34.4 
 
 		 585 aa  324  3e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  34.4 
 
 		 585 aa  324  3e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2826  bla regulator protein blaR1  94.9 
 
 		 173 aa  281  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.609781  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  30.72 
 
 		 596 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  31.58 
 
 		 277 aa  125  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  26.96 
 
 		 272 aa  114  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  25.45 
 
 		 283 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  26.87 
 
 		 262 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  29.09 
 
 		 272 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  29.51 
 
 		 262 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  29.96 
 
 		 264 aa  109  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000029774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  28.08 
 
 		 266 aa  107  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  27.31 
 
 		 261 aa  106  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  27.63 
 
 		 262 aa  104  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  28.51 
 
 		 268 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  28.11 
 
 		 263 aa  103  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  26.59 
 
 		 271 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  26.58 
 
 		 265 aa  101  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  29.32 
 
 		 262 aa  101  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  26.13 
 
 		 265 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  29.87 
 
 		 303 aa  100  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  26.22 
 
 		 264 aa  100  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  26.64 
 
 		 262 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  28.64 
 
 		 268 aa  99.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  25.45 
 
 		 295 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  25.45 
 
 		 295 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  25.45 
 
 		 295 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000482216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  25 
 
 		 295 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  25.32 
 
 		 270 aa  98.2  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  25.56 
 
 		 265 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  25.56 
 
 		 265 aa  97.8  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000596311  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  25.45 
 
 		 302 aa  97.1  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  24.45 
 
 		 300 aa  95.5  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  25.62 
 
 		 262 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  25.5 
 
 		 267 aa  94  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  25.45 
 
 		 266 aa  89.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  22.94 
 
 		 271 aa  87.8  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  25.63 
 
 		 271 aa  87.4  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  25.63 
 
 		 271 aa  87.4  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  25.24 
 
 		 260 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  25.43 
 
 		 272 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  31 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  25.86 
 
 		 272 aa  83.6  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  22.94 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  24.19 
 
 		 274 aa  83.2  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  26.61 
 
 		 320 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  26.61 
 
 		 270 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  26.61 
 
 		 270 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  21.17 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  29.95 
 
 		 248 aa  82  0.00000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  27.18 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  25.79 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  28.8 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  25.15 
 
 		 282 aa  79.7  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  26.7 
 
 		 266 aa  79.7  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  26.07 
 
 		 269 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  23.61 
 
 		 272 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  24.01 
 
 		 750 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  25.59 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  25.71 
 
 		 275 aa  74.3  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  25.71 
 
 		 275 aa  74.3  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  27.18 
 
 		 266 aa  72.8  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  22.42 
 
 		 465 aa  72.4  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  28.64 
 
 		 619 aa  70.9  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  23.11 
 
 		 473 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  23.01 
 
 		 281 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  23.11 
 
 		 269 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  21.75 
 
 		 640 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  23.67 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  22.01 
 
 		 269 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  27.57 
 
 		 302 aa  63.5  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  23.29 
 
 		 629 aa  61.2  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  23.29 
 
 		 629 aa  61.2  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  25.93 
 
 		 858 aa  61.2  0.00000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  25.87 
 
 		 589 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  22.61 
 
 		 632 aa  60.5  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  22.95 
 
 		 397 aa  59.7  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  23.39 
 
 		 632 aa  59.3  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  22.71 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  24.26 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  23.74 
 
 		 462 aa  56.6  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  24.36 
 
 		 671 aa  57  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  21.22 
 
 		 562 aa  54.3  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  20.52 
 
 		 581 aa  53.9  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  19.75 
 
 		 617 aa  53.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  19.31 
 
 		 423 aa  52.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  23.04 
 
 		 417 aa  52.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1355  peptidase M56 BlaR1  21.94 
 
 		 519 aa  52.8  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  24.74 
 
 		 541 aa  49.7  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  21.83 
 
 		 405 aa  49.7  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  20.37 
 
 		 719 aa  49.3  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5199  peptidase M56 BlaR1  28.03 
 
 		 477 aa  49.7  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0209  peptidase M56, BlaR1  20.81 
 
 		 660 aa  48.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  19.58 
 
 		 647 aa  48.5  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0676  peptidase M23B  21.08 
 
 		 482 aa  48.1  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>