More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1310 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 244 aa  507  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 254 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 287 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 271 aa  105  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 272 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 267 aa  98.6  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 271 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 279 aa  85.5  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  25.5 
 
 		 252 aa  82.4  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.3 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.78 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.79 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 260 aa  75.1  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25.58 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 272 aa  73.9  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  22.69 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.71 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  24.44 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 297 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.53 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  26.34 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.1 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  25.48 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  23.01 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  21.82 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  24.28 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 253 aa  62  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 257 aa  62  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  23.11 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.38 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0516  putative transcriptional regulator  41.03 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  23.5 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1925  hypothetical protein  41.03 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3599  hypothetical protein  41.03 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  25.41 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0659  hypothetical protein  41.03 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0955  hypothetical protein  41.03 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3571  hypothetical protein  41.03 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3589  AraC/XylS family transcription factor  39.74 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.843106  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.75 
 
 		 276 aa  58.9  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  21.3 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.19 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.86 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 267 aa  57  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.91 
 
 		 360 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  36 
 
 		 393 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  23.97 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  24.06 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  36 
 
 		 396 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 410 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  36 
 
 		 396 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 357 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 357 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2317  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 257 aa  55.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>