More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0091 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
201 aa  405  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.77 
 
 
195 aa  218  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0951622  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.89 
 
 
198 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.886871  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.68 
 
 
201 aa  191  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  51.06 
 
 
202 aa  189  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.8 
 
 
231 aa  185  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.05 
 
 
211 aa  184  6e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.19 
 
 
211 aa  176  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2683  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.92 
 
 
229 aa  171  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.606865  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  50.27 
 
 
190 aa  171  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  50.82 
 
 
190 aa  169  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  50.82 
 
 
190 aa  169  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  52.23 
 
 
184 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  52.26 
 
 
185 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  52.26 
 
 
185 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  52.6 
 
 
183 aa  162  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  50.87 
 
 
188 aa  162  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  51.95 
 
 
182 aa  155  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  49.38 
 
 
278 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.11 
 
 
244 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.11 
 
 
271 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.15 
 
 
240 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.32 
 
 
244 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.67 
 
 
240 aa  151  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.38 
 
 
246 aa  150  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  47.1 
 
 
180 aa  145  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.31 
 
 
263 aa  145  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  46.45 
 
 
181 aa  145  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  48.37 
 
 
187 aa  145  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.31 
 
 
243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.68 
 
 
235 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  46.45 
 
 
181 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.68 
 
 
269 aa  143  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.74 
 
 
234 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  46.45 
 
 
182 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  46.45 
 
 
181 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.69 
 
 
246 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.55 
 
 
198 aa  142  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.36 
 
 
234 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  46.45 
 
 
181 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.01 
 
 
190 aa  142  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
240 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.69 
 
 
250 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.38 
 
 
181 aa  141  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  45.06 
 
 
185 aa  140  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.31 
 
 
181 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  51.7 
 
 
197 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.7 
 
 
234 aa  139  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
181 aa  139  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46 
 
 
185 aa  137  8.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.06 
 
 
253 aa  137  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
248 aa  135  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.54 
 
 
237 aa  135  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.4 
 
 
248 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.4 
 
 
248 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.91 
 
 
234 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.1 
 
 
249 aa  131  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0746  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.61 
 
 
237 aa  131  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.58 
 
 
226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.95 
 
 
249 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
249 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.62 
 
 
226 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.72 
 
 
227 aa  128  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1277  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.85 
 
 
260 aa  128  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.14 
 
 
173 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6449  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.59 
 
 
239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983426  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.58 
 
 
229 aa  125  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.072545  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.83 
 
 
246 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1272  RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
194 aa  124  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.48 
 
 
246 aa  124  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2930  RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
194 aa  124  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.39 
 
 
227 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2701  RNA polymerase sigma factor  46.76 
 
 
194 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.66 
 
 
224 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  45.39 
 
 
168 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.39 
 
 
168 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.81 
 
 
167 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4833  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.83 
 
 
231 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149423  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3523  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
190 aa  116  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1447  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.61 
 
 
192 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.25 
 
 
139 aa  112  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.867072 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.77 
 
 
175 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  40.88 
 
 
193 aa  106  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.42 
 
 
173 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0697361  hitchhiker  0.00510945 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  38.67 
 
 
183 aa  105  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  39.87 
 
 
176 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.64 
 
 
199 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.87 
 
 
176 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1137  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.09 
 
 
157 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
173 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
173 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  37.21 
 
 
187 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
173 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  38.07 
 
 
192 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  39.13 
 
 
187 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
173 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
173 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
173 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.97 
 
 
172 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>