More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1159 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
234 aa  471  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  97.86 
 
 
237 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  82.4 
 
 
234 aa  384  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  63.59 
 
 
229 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.072545  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  58.29 
 
 
226 aa  231  5e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  58.17 
 
 
226 aa  227  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57 
 
 
234 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0746  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  61.14 
 
 
237 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.55 
 
 
234 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  59.55 
 
 
269 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.55 
 
 
235 aa  210  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6449  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.4 
 
 
239 aa  208  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983426  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.25 
 
 
246 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.68 
 
 
227 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.32 
 
 
234 aa  203  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.52 
 
 
240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.59 
 
 
250 aa  197  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1277  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.19 
 
 
260 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4833  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.18 
 
 
231 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149423  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.73 
 
 
240 aa  192  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  60.51 
 
 
183 aa  191  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.04 
 
 
227 aa  191  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.47 
 
 
246 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.73 
 
 
244 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.73 
 
 
271 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.4 
 
 
249 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.2 
 
 
244 aa  186  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49 
 
 
263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.56 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.47 
 
 
246 aa  182  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0132  sigma-70 region 2 domain-containing protein  57.31 
 
 
184 aa  182  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  55.62 
 
 
188 aa  179  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.17 
 
 
249 aa  177  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.58 
 
 
253 aa  177  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  53.75 
 
 
190 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.26 
 
 
243 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.21 
 
 
190 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  54.19 
 
 
190 aa  172  5e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  54.19 
 
 
190 aa  172  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.32 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.22 
 
 
198 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  52.87 
 
 
185 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  52.23 
 
 
185 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.49 
 
 
181 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.03 
 
 
185 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  50.93 
 
 
184 aa  162  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  50.65 
 
 
182 aa  161  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  54 
 
 
181 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  54 
 
 
181 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  50.62 
 
 
180 aa  159  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  50.62 
 
 
181 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  53.33 
 
 
181 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  52.6 
 
 
182 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.8 
 
 
181 aa  158  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.58 
 
 
224 aa  155  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.29 
 
 
181 aa  155  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.72 
 
 
248 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
248 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
248 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  48.8 
 
 
187 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  52.41 
 
 
197 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  47.06 
 
 
202 aa  143  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1272  RNA polymerase sigma factor  50.34 
 
 
194 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2930  RNA polymerase sigma factor  50.34 
 
 
194 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2701  RNA polymerase sigma factor  50.36 
 
 
194 aa  138  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  46.2 
 
 
185 aa  138  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.5 
 
 
201 aa  138  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.93 
 
 
231 aa  136  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.34 
 
 
167 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.91 
 
 
201 aa  133  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  48.28 
 
 
168 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.51 
 
 
211 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.28 
 
 
168 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  44.1 
 
 
278 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.24 
 
 
211 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.62 
 
 
195 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0951622  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2683  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.11 
 
 
229 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.606865  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3523  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.57 
 
 
190 aa  120  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.05 
 
 
139 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.867072 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1137  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.74 
 
 
157 aa  115  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1447  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.31 
 
 
192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5597  ECF family sigma factor  41.29 
 
 
174 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.13 
 
 
166 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.14 
 
 
183 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.85 
 
 
173 aa  105  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.67 
 
 
173 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0697361  hitchhiker  0.00510945 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
173 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
173 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
173 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
173 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
173 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
173 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.45 
 
 
175 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.41 
 
 
180 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5820  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.13 
 
 
175 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.41 
 
 
173 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.62 
 
 
173 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  38.65 
 
 
176 aa  99  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.65 
 
 
176 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>