More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5390 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
181 aa  360  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  82.22 
 
 
181 aa  299  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  74.86 
 
 
198 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  63.91 
 
 
183 aa  220  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  60.47 
 
 
181 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  60.47 
 
 
181 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.23 
 
 
190 aa  209  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  59.88 
 
 
181 aa  208  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  59.54 
 
 
180 aa  208  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  59.88 
 
 
182 aa  207  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.89 
 
 
240 aa  207  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.32 
 
 
240 aa  207  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  59.88 
 
 
181 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.17 
 
 
185 aa  204  8e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  57.74 
 
 
190 aa  198  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  56.9 
 
 
190 aa  197  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.43 
 
 
244 aa  197  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  56.9 
 
 
190 aa  197  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.43 
 
 
246 aa  197  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  59.43 
 
 
271 aa  197  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.43 
 
 
244 aa  197  9e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.43 
 
 
243 aa  195  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  58.86 
 
 
263 aa  194  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  54.44 
 
 
185 aa  190  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  53.85 
 
 
185 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  53.45 
 
 
184 aa  189  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  56.52 
 
 
188 aa  184  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  54.14 
 
 
182 aa  181  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2701  RNA polymerase sigma factor  59.39 
 
 
194 aa  174  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1272  RNA polymerase sigma factor  58.79 
 
 
194 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2930  RNA polymerase sigma factor  58.79 
 
 
194 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  56.49 
 
 
197 aa  171  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.24 
 
 
246 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  53.8 
 
 
187 aa  169  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.8 
 
 
249 aa  168  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.49 
 
 
246 aa  168  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.57 
 
 
253 aa  167  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.63 
 
 
246 aa  167  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0746  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  63.4 
 
 
237 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.6 
 
 
249 aa  166  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  51.19 
 
 
185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  63.08 
 
 
139 aa  165  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.867072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.49 
 
 
234 aa  164  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.79 
 
 
250 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.7 
 
 
240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.69 
 
 
234 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.14 
 
 
226 aa  161  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.98 
 
 
249 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.78 
 
 
234 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.13 
 
 
237 aa  159  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.8 
 
 
234 aa  158  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  55.92 
 
 
226 aa  157  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.14 
 
 
269 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.14 
 
 
235 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.14 
 
 
234 aa  155  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1277  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.04 
 
 
260 aa  155  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6449  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.13 
 
 
239 aa  155  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983426  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.16 
 
 
229 aa  155  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.072545  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.31 
 
 
181 aa  155  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.19 
 
 
248 aa  152  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.26 
 
 
227 aa  151  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
248 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.63 
 
 
248 aa  150  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4833  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.71 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149423  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.56 
 
 
227 aa  144  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.04 
 
 
211 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
201 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.96 
 
 
231 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.67 
 
 
224 aa  135  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  50 
 
 
202 aa  135  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  48.63 
 
 
278 aa  131  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.98 
 
 
195 aa  128  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0951622  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.51 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.57 
 
 
211 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  48.03 
 
 
168 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.03 
 
 
168 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.74 
 
 
173 aa  124  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.59 
 
 
167 aa  121  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1137  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.97 
 
 
157 aa  118  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.28 
 
 
173 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0697361  hitchhiker  0.00510945 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.21 
 
 
175 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1447  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.65 
 
 
192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2683  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.51 
 
 
229 aa  114  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.606865  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.21 
 
 
163 aa  112  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3522  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.31 
 
 
173 aa  110  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.971097 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.82 
 
 
182 aa  107  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.38 
 
 
198 aa  108  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.886871  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
172 aa  105  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
168 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
168 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  37.93 
 
 
166 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.99 
 
 
180 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5597  ECF family sigma factor  39.46 
 
 
174 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  39.61 
 
 
172 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0132  sigma-70 region 2 domain-containing protein  57.3 
 
 
184 aa  102  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  38.93 
 
 
193 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  40.54 
 
 
179 aa  102  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.26 
 
 
173 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40.26 
 
 
173 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40.26 
 
 
173 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>