More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3289 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 410 aa  847    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  56.39 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  53.45 
 
 		 409 aa  468  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  56.09 
 
 		 406 aa  462  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  56.39 
 
 		 407 aa  462  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  55.67 
 
 		 406 aa  457  1e-127  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  55.98 
 
 		 398 aa  457  1e-127  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  38.54 
 
 		 416 aa  268  2e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  36.88 
 
 		 434 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  36.97 
 
 		 421 aa  252  1e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 		 425 aa  243  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  36.1 
 
 		 429 aa  241  1e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 421 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  35.8 
 
 		 430 aa  238  1e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  34.48 
 
 		 451 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  34.53 
 
 		 430 aa  233  3e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  35.82 
 
 		 443 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 433 aa  232  9e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  34.29 
 
 		 443 aa  231  1e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 422 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 430 aa  230  3e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 423 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 423 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  36.23 
 
 		 417 aa  228  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  34.74 
 
 		 419 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  35.21 
 
 		 418 aa  228  2e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 413 aa  224  2e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.99 
 
 		 416 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  34.96 
 
 		 415 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  34.08 
 
 		 445 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 417 aa  223  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  34.72 
 
 		 415 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  35.21 
 
 		 415 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 415 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  34.72 
 
 		 415 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 415 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 		 419 aa  219  1e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  35.65 
 
 		 432 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  34.8 
 
 		 414 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 427 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 421 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  31.68 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 417 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 427 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  32.52 
 
 		 411 aa  216  5e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  36.91 
 
 		 399 aa  215  9e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 431 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  32.51 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 		 429 aa  214  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 431 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  32.92 
 
 		 427 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 413 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 417 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  36.44 
 
 		 859 aa  213  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 412 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 420 aa  212  9e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 421 aa  212  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 		 415 aa  212  9e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  31.76 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 419 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 419 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 421 aa  212  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  32.04 
 
 		 416 aa  212  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  33.01 
 
 		 421 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 445 aa  211  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  34 
 
 		 419 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  32.59 
 
 		 402 aa  211  2e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 403 aa  211  2e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 		 437 aa  210  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 418 aa  211  3e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  33.08 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 414 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  35.89 
 
 		 859 aa  210  4e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 421 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 448 aa  209  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  34.53 
 
 		 433 aa  210  5e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 415 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  32.45 
 
 		 423 aa  210  5e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 414 aa  209  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 415 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  32.61 
 
 		 421 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 412 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 412 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 440 aa  208  1e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  31.8 
 
 		 420 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 		 412 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 		 436 aa  207  3e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 436 aa  206  4e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 412 aa  207  4e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  32.45 
 
 		 421 aa  206  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 419 aa  206  6e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  32.93 
 
 		 421 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 		 432 aa  206  8e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 415 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 422 aa  206  9e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>