More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2376 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
528 aa  1057  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  58.12 
 
 
676 aa  413  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.79 
 
 
620 aa  357  4e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.72 
 
 
609 aa  352  8e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.98 
 
 
601 aa  348  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  65.32 
 
 
736 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  62.55 
 
 
743 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  59.21 
 
 
674 aa  340  4e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.12 
 
 
669 aa  339  8e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  51.48 
 
 
687 aa  338  1e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  60.78 
 
 
577 aa  338  2e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  59.17 
 
 
795 aa  338  2e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.79 
 
 
704 aa  337  3e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  65.64 
 
 
576 aa  336  8e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  60.36 
 
 
698 aa  332  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  61.28 
 
 
576 aa  332  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  64.49 
 
 
690 aa  331  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  56.44 
 
 
689 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  60 
 
 
680 aa  329  8e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.03 
 
 
576 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  62.89 
 
 
784 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  62.75 
 
 
598 aa  319  7e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  62.75 
 
 
466 aa  317  3e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  62.35 
 
 
598 aa  317  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  60.64 
 
 
499 aa  310  3e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.26 
 
 
327 aa  310  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  50.65 
 
 
422 aa  300  5e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.85 
 
 
489 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  56.85 
 
 
508 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.09 
 
 
466 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  55.22 
 
 
296 aa  280  5e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.28 
 
 
457 aa  279  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.1 
 
 
501 aa  273  5e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  57.45 
 
 
322 aa  273  7e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  55.27 
 
 
293 aa  270  4e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.32 
 
 
247 aa  270  7e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  53.75 
 
 
372 aa  264  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  53.88 
 
 
286 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  53.53 
 
 
264 aa  247  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  48.4 
 
 
270 aa  238  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  51.1 
 
 
285 aa  223  5e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.47 
 
 
332 aa  191  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.92 
 
 
290 aa  172  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  39.06 
 
 
554 aa  171  3e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.46 
 
 
405 aa  169  9e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
567 aa  169  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.54 
 
 
328 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  38.46 
 
 
624 aa  167  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  36.36 
 
 
386 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  40.74 
 
 
736 aa  164  2e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  36.93 
 
 
556 aa  165  2e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  44.34 
 
 
268 aa  165  2e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  40.39 
 
 
386 aa  164  4e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 
355 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  6.993e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 
355 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.99 
 
 
236 aa  163  8e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  40.77 
 
 
409 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  36.36 
 
 
406 aa  162  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 
354 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22758e-06 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.77 
 
 
408 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  34.26 
 
 
403 aa  161  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.49556e-06 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 
385 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  42.46 
 
 
382 aa  161  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.78 
 
 
686 aa  161  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.84 
 
 
292 aa  160  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  44.84 
 
 
292 aa  160  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  41.88 
 
 
289 aa  160  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  40.25 
 
 
298 aa  159  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.34 
 
 
633 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  41.18 
 
 
290 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
417 aa  158  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.71 
 
 
340 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  35.43 
 
 
344 aa  158  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  40.08 
 
 
260 aa  158  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  43.95 
 
 
251 aa  157  5e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  41.01 
 
 
587 aa  157  6e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.68 
 
 
271 aa  157  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  35.43 
 
 
344 aa  157  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.77 
 
 
355 aa  157  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.58 
 
 
300 aa  156  9e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  4.68714e-08  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  35.43 
 
 
318 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 
291 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.64 
 
 
398 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 
291 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
266 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.12991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 
291 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.84 
 
 
631 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
266 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.80053e-32 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  35.09 
 
 
597 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.36 
 
 
239 aa  154  3e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.24724e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  41.33 
 
 
318 aa  154  3e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  39.08 
 
 
288 aa  154  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  36.43 
 
 
426 aa  154  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  39.92 
 
 
287 aa  154  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  39.5 
 
 
291 aa  154  6e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.5 
 
 
291 aa  154  6e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  40.45 
 
 
268 aa  154  6e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  39.5 
 
 
291 aa  153  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  39.5 
 
 
291 aa  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.74 
 
 
615 aa  153  9e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>