More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6004 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  100 
 
 
378 aa  755  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  76.88 
 
 
393 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  51.62 
 
 
441 aa  371  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.62 
 
 
441 aa  371  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  53.31 
 
 
377 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.64 
 
 
446 aa  368  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  54.47 
 
 
447 aa  363  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  54.7 
 
 
384 aa  363  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  51.09 
 
 
406 aa  360  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  54.6 
 
 
399 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  52.03 
 
 
402 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.59 
 
 
385 aa  354  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.78 
 
 
399 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.93 
 
 
398 aa  342  4e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  53.95 
 
 
398 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  51.96 
 
 
401 aa  329  5e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.72 
 
 
394 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.14 
 
 
384 aa  325  9e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  47.04 
 
 
386 aa  321  1e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.59 
 
 
384 aa  321  2e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  47.85 
 
 
385 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  47.7 
 
 
367 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  45.63 
 
 
428 aa  306  5e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  44.14 
 
 
392 aa  305  1e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  48.1 
 
 
386 aa  305  1e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.64 
 
 
395 aa  303  3e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  48.59 
 
 
391 aa  303  3e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  46.24 
 
 
430 aa  302  8e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.63 
 
 
433 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.25 
 
 
390 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  46.3 
 
 
400 aa  300  4e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  47.93 
 
 
391 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.82 
 
 
422 aa  298  1e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.32 
 
 
392 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  49.85 
 
 
397 aa  297  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  47.32 
 
 
408 aa  297  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  43.88 
 
 
409 aa  296  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.47 
 
 
396 aa  296  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  42.19 
 
 
395 aa  296  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  42.19 
 
 
395 aa  296  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  42.19 
 
 
388 aa  296  5e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  43.62 
 
 
397 aa  295  6e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  43.62 
 
 
397 aa  295  6e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  43.62 
 
 
397 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  43.62 
 
 
397 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  43.62 
 
 
397 aa  295  6e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.62 
 
 
397 aa  295  6e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  43.62 
 
 
409 aa  295  7e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  43.62 
 
 
409 aa  295  8e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  44.81 
 
 
382 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  42.37 
 
 
386 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.74 
 
 
391 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  45.13 
 
 
394 aa  294  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46 
 
 
424 aa  294  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  47.32 
 
 
400 aa  294  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  46.15 
 
 
430 aa  293  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.66 
 
 
386 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  47.75 
 
 
391 aa  292  6e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  41.92 
 
 
395 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  2.30672e-08 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  42.39 
 
 
405 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  43.68 
 
 
385 aa  288  9e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  43.41 
 
 
385 aa  287  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  45.5 
 
 
395 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  43.41 
 
 
385 aa  287  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  40.57 
 
 
386 aa  287  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  6.22308e-11  normal  0.342064 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.41 
 
 
385 aa  286  3e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  43.41 
 
 
385 aa  286  3e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  43.41 
 
 
385 aa  286  3e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  43.41 
 
 
385 aa  286  3e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.10651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  45.9 
 
 
398 aa  286  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  43.13 
 
 
385 aa  284  2e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  42.47 
 
 
397 aa  284  2e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  43.13 
 
 
385 aa  284  2e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 
405 aa  283  3e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.57 
 
 
423 aa  282  6e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  45.24 
 
 
434 aa  282  8e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  40.61 
 
 
379 aa  282  8e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.98 
 
 
436 aa  282  8e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  44.07 
 
 
384 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  44.07 
 
 
384 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 
381 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.01 
 
 
442 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.57 
 
 
469 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.01 
 
 
383 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.79 
 
 
384 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  44.57 
 
 
433 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  43.48 
 
 
423 aa  280  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  43.92 
 
 
415 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  44.63 
 
 
379 aa  279  4e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  43.79 
 
 
384 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  44.51 
 
 
385 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  44.51 
 
 
385 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  44.51 
 
 
385 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  42.06 
 
 
386 aa  278  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  43.36 
 
 
387 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  42.49 
 
 
386 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  45.48 
 
 
385 aa  275  1e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  44.26 
 
 
412 aa  275  1e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  40.6 
 
 
417 aa  274  2e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  43.71 
 
 
380 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>